34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5906 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5906  putative tricarboxylic transport membrane protein  100 
 
 		 160 aa  305  2.0000000000000002e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.896471  normal  0.308497 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6111  hypothetical protein  32.43 
 
 		 164 aa  81.6  0.000000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4256  putative tricarboxylic transport membrane protein  35.2 
 
 		 163 aa  74.3  0.0000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.313811  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3918  putative tricarboxylic transport membrane protein  31.15 
 
 		 165 aa  68.9  0.00000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0635614  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3635  hypothetical protein  28.57 
 
 		 163 aa  67.8  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0832  integral membrane protein  39.68 
 
 		 172 aa  66.6  0.0000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.0000357641  normal  0.309934 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3335  hypothetical protein  27.95 
 
 		 163 aa  66.2  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.122468 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3314  putative tricarboxylic transport membrane protein  37.9 
 
 		 161 aa  65.5  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.188099  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0307  putative tricarboxylic transport membrane protein  30.2 
 
 		 164 aa  63.9  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3247  integral membrane protein  32.05 
 
 		 168 aa  58.5  0.00000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.461302  normal  0.795605 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3236  integral membrane protein  33.8 
 
 		 168 aa  57.4  0.00000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.687326  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3298  integral membrane protein  33.8 
 
 		 168 aa  57.4  0.00000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.172548  normal  0.0280313 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0595  putative integral membrane protein  34.4 
 
 		 167 aa  55.5  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00342772 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3501  integral membrane protein  33.8 
 
 		 166 aa  55.1  0.0000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.543403  normal  0.33628 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2071  hypothetical protein  32.43 
 
 		 183 aa  54.7  0.0000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.953764  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1643  hypothetical protein  31.76 
 
 		 183 aa  54.3  0.0000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0922744  normal  0.0412546 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3550  hypothetical protein  29.53 
 
 		 182 aa  53.5  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3430  hypothetical protein  28.19 
 
 		 157 aa  52.4  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.784858  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1394  integral membrane protein  32 
 
 		 170 aa  51.2  0.000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.070776  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4434  putative tricarboxylic transport membrane protein  25.71 
 
 		 146 aa  51.2  0.000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1419  TRAP-T family transporter small inner membrane subunit  33.58 
 
 		 163 aa  50.8  0.000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.218634  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3074  putative tricarboxylic transport membrane protein  35.26 
 
 		 156 aa  50.4  0.000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.183188 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3489  TRAP-T family transporter small inner membrane subunit  32.84 
 
 		 163 aa  49.3  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1235  hypothetical protein  28.76 
 
 		 170 aa  49.7  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.422621 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0067  integral membrane protein  34.25 
 
 		 188 aa  48.5  0.00003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.841697 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2568  hypothetical protein  32.5 
 
 		 164 aa  48.1  0.00005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0024808 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3441  hypothetical protein  26.9 
 
 		 163 aa  48.1  0.00005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00151639  normal  0.878549 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2147  hypothetical protein  27.75 
 
 		 198 aa  46.6  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2519  hypothetical protein  26.58 
 
 		 189 aa  45.8  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0448156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3010  hypothetical protein  26.87 
 
 		 185 aa  44.7  0.0005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.313991  normal  0.844306 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0362  putative tricarboxylic transport membrane protein  28.03 
 
 		 157 aa  41.6  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.190244  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3103  hypothetical protein  28.24 
 
 		 203 aa  41.6  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.531887  normal  0.721362 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8067  hypothetical protein  27.1 
 
 		 178 aa  40.8  0.007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3005  integral membrane protein  27.5 
 
 		 172 aa  40.8  0.008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0295794 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>