29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3940 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3940  hypothetical protein  100 
 
 		 181 aa  371  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0479  hypothetical protein  64.29 
 
 		 182 aa  211  2.9999999999999995e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.678283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5950  hypothetical protein  60.65 
 
 		 187 aa  205  3e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5755  hypothetical protein  57.52 
 
 		 177 aa  191  7e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.665172 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1778  hypothetical protein  57.62 
 
 		 195 aa  184  4e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0417428  normal  0.25156 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5980  hypothetical protein  59.21 
 
 		 173 aa  173  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0649226  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2581  rhodanese  48.55 
 
 		 175 aa  162  3e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1239  rhodanese  47.4 
 
 		 175 aa  160  7e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.42785  normal  0.523254 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1942  hypothetical protein  50.32 
 
 		 175 aa  154  8e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.916806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0023  rhodanese  47.13 
 
 		 176 aa  143  1e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2734  rhodanese domain-containing protein  46.1 
 
 		 212 aa  138  3.9999999999999997e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.470499 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2174  rhodanese domain-containing protein  39.87 
 
 		 186 aa  118  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0733283  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2666  hypothetical protein  39.22 
 
 		 186 aa  117  7e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0474278  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3137  hypothetical protein  36.67 
 
 		 182 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1944  hypothetical protein  35.8 
 
 		 191 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.80802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3184  rhodanese  36.69 
 
 		 200 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.58966 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1737  rhodanese  42.55 
 
 		 195 aa  106  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.241778  normal  0.511151 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0685  hypothetical protein  36.78 
 
 		 182 aa  102  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.382868  normal  0.795521 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2110  rhodanese  37.36 
 
 		 195 aa  102  3e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.256611  normal  0.281314 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1774  rhodanese  37.36 
 
 		 195 aa  101  5e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.455468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4226  hypothetical protein  40.52 
 
 		 193 aa  101  5e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.969803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1963  rhodanese  41.55 
 
 		 198 aa  92  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.159462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0713  rhodanese domain-containing protein  31.47 
 
 		 142 aa  53.5  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3307  rhodanese domain-containing protein  39.13 
 
 		 179 aa  50.4  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.350362 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0806  rhodanese-like protein  38.81 
 
 		 173 aa  50.4  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1524  rhodanese domain-containing protein  26.55 
 
 		 162 aa  47.8  0.00009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000164896  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1172  Rhodanese domain protein  37.88 
 
 		 173 aa  46.6  0.0002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.561833 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0555  rhodanese domain-containing protein  34.33 
 
 		 173 aa  45.1  0.0006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.149088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3197  rhodanese-like protein  27.07 
 
 		 152 aa  42.7  0.003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.247323  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>