33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1944 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1944  hypothetical protein  100 
 
 		 191 aa  390  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.80802  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3137  hypothetical protein  61.93 
 
 		 182 aa  226  1e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2666  hypothetical protein  59.66 
 
 		 186 aa  221  4e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0474278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2174  rhodanese domain-containing protein  60.12 
 
 		 186 aa  211  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0733283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5950  hypothetical protein  43.23 
 
 		 187 aa  125  4.0000000000000003e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2734  rhodanese domain-containing protein  42.86 
 
 		 212 aa  124  9e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.470499 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1778  hypothetical protein  44 
 
 		 195 aa  121  8e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0417428  normal  0.25156 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0023  rhodanese  43.05 
 
 		 176 aa  119  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5755  hypothetical protein  41.72 
 
 		 177 aa  114  7.999999999999999e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.665172 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4226  hypothetical protein  41.25 
 
 		 193 aa  111  6e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.969803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5980  hypothetical protein  41.06 
 
 		 173 aa  110  9e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0649226  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3940  hypothetical protein  36.93 
 
 		 181 aa  107  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0479  hypothetical protein  38.46 
 
 		 182 aa  102  5e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.678283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2581  rhodanese  34.84 
 
 		 175 aa  97.8  9e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1239  rhodanese  34.84 
 
 		 175 aa  97.4  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.42785  normal  0.523254 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0685  hypothetical protein  31.67 
 
 		 182 aa  92.8  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.382868  normal  0.795521 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2110  rhodanese  33.57 
 
 		 195 aa  92.8  3e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.256611  normal  0.281314 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1774  rhodanese  33.57 
 
 		 195 aa  92  4e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.455468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1942  hypothetical protein  33.55 
 
 		 175 aa  91.3  8e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.916806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1737  rhodanese  34.27 
 
 		 195 aa  90.9  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.241778  normal  0.511151 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3184  rhodanese  30.54 
 
 		 200 aa  90.9  1e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.58966 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1963  rhodanese  29.37 
 
 		 198 aa  70.9  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.159462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0008  rhodanese-like protein  24.06 
 
 		 380 aa  53.1  0.000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.612514 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0273  rhodanese domain-containing protein  30.37 
 
 		 136 aa  46.6  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0113819 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03971  hypothetical protein  40 
 
 		 144 aa  44.3  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0787  Rhodanese domain protein  36.36 
 
 		 154 aa  43.5  0.002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.403999  normal  0.138616 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1524  rhodanese domain-containing protein  24.46 
 
 		 162 aa  42.4  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000164896  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2503  rhodanese-related sulfurtransferase  44 
 
 		 112 aa  42.7  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.314097 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1038  rhodanese domain-containing protein  34.48 
 
 		 174 aa  41.6  0.007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1015  Rhodanese domain protein  34.48 
 
 		 174 aa  41.6  0.007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3213  putative inner membrane protein  32.14 
 
 		 174 aa  41.2  0.01  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3910  putative inner membrane protein  32.14 
 
 		 172 aa  41.2  0.01  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.347321 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2948  putative inner membrane protein  32.14 
 
 		 174 aa  41.2  0.01  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>