40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0468 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0468  plasmid stability protein StbC  100 
 
 		 85 aa  172  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0727  plasmid stability protein StbC  75.29 
 
 		 85 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.460533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5842  plasmid stability protein StbC  72.94 
 
 		 85 aa  131  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3475  plasmid stability protein StbC  67.06 
 
 		 85 aa  114  3.9999999999999997e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.269317 
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0019  plasmid stability protein StbC  61.18 
 
 		 97 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0380378  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3796  Arc domain-containing protein  62.35 
 
 		 79 aa  107  5e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00226949 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3768  plasmid stability protein StbC  63.53 
 
 		 84 aa  106  9.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.411403  normal  0.353495 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0895  plasmid stability protein-like  62.35 
 
 		 91 aa  106  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3028  hypothetical protein  57.65 
 
 		 84 aa  102  2e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0118317 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4675  hypothetical protein  60 
 
 		 87 aa  102  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4189  plasmid stability protein-like protein  58.82 
 
 		 91 aa  100  5e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.848432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3888  hypothetical protein  54.12 
 
 		 89 aa  100  5e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.514707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5670  plasmid stability protein-like protein  57.32 
 
 		 147 aa  100  7e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4711  plasmid stability protein-like protein  58.82 
 
 		 91 aa  97.4  5e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.5275 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2333  plasmid stabilization protein  54.12 
 
 		 84 aa  97.1  7e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.209572 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4335  plasmid stability protein StbC  55.29 
 
 		 84 aa  96.3  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4765  plasmid stabilization protein  51.76 
 
 		 84 aa  95.1  3e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.218672 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1215  putative plasmid stability protein StbC  52.94 
 
 		 84 aa  94.7  4e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3520  putative plasmid stability protein StbC  52.94 
 
 		 84 aa  94.7  4e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.743208 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7720  plasmid stability protein  52.38 
 
 		 84 aa  94.4  5e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2303  plasmid stabilization protein  52.94 
 
 		 84 aa  93.2  9e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.320056  n/a   
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3570  hypothetical protein  55.29 
 
 		 83 aa  93.2  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3193  putative plasmid stabilization protein  55.81 
 
 		 87 aa  92.4  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1779  plasmid stability protein, putative  52.94 
 
 		 84 aa  90.9  5e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1455  plasmid stability protein-like protein  52.94 
 
 		 84 aa  90.9  5e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0948789  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3137  plasmid stabilization protein  51.76 
 
 		 84 aa  89  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.384782  normal  0.487759 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3454  plasmid stabilization protein  51.19 
 
 		 85 aa  88.2  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36410  plasmid stability protein StbC  56.34 
 
 		 71 aa  74.3  0.0000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.937788  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2074  putative plasmid stability protein  42.35 
 
 		 79 aa  72.4  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0207391 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1722  putative stabilization protein  54.76 
 
 		 63 aa  52  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4020  hypothetical protein  55.81 
 
 		 82 aa  52.4  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.482616 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4618  hypothetical protein  40.7 
 
 		 87 aa  47  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0629  hypothetical protein  41.94 
 
 		 79 aa  46.6  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.302428 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4211  hypothetical protein  46.67 
 
 		 81 aa  45.4  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.176867  normal  0.948533 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1046  hypothetical protein  41.94 
 
 		 81 aa  42.4  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0839246  normal  0.176642 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1544  panthotenate metabolism flavoprotein  47.06 
 
 		 83 aa  42.4  0.002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0070081 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3181  hypothetical protein  53.85 
 
 		 91 aa  41.6  0.004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1361  plasmid stability protein, putative  45.45 
 
 		 97 aa  41.2  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.15422  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23560  hypothetical protein  40.58 
 
 		 81 aa  41.2  0.005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.459233  normal  0.445155 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1069  hypothetical protein  40.32 
 
 		 95 aa  40.4  0.008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>