More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_20500 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_20500  carbohydrate ABC transporter membrane protein  100 
 
 
306 aa  614  1e-175  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00619116  normal  0.339841 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2804  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  77.96 
 
 
311 aa  464  9.999999999999999e-131  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.257697  hitchhiker  0.00295081 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01650  carbohydrate ABC transporter membrane protein  73.36 
 
 
308 aa  443  1e-123  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33160  carbohydrate ABC transporter membrane protein  66.32 
 
 
312 aa  395  1e-109  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.410884  normal  0.713959 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1562  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  65.98 
 
 
290 aa  390  1e-107  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0590274  normal  0.820789 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.83 
 
 
307 aa  384  1e-105  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.392519  normal  0.062239 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.92 
 
 
313 aa  378  1e-104  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0225892  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3820  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.41 
 
 
306 aa  379  1e-104  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.475945  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0368  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.01 
 
 
309 aa  375  1e-103  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1980  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.89 
 
 
313 aa  371  1e-101  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2999  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.13 
 
 
309 aa  367  1e-100  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2661  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.38 
 
 
307 aa  360  2e-98  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1581  ABC-type sugar transport system, permease component  56.01 
 
 
287 aa  328  9e-89  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2655  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.17 
 
 
306 aa  308  6.999999999999999e-83  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.41 
 
 
297 aa  258  8e-68  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1120  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.08 
 
 
289 aa  244  1.9999999999999999e-63  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.258106  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2332  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.89 
 
 
294 aa  235  5.0000000000000005e-61  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.7 
 
 
290 aa  227  2e-58  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0086  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.7 
 
 
294 aa  224  1e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.117881  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2707  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.38 
 
 
296 aa  224  2e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3112  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
290 aa  219  3.9999999999999997e-56  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3314  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.52 
 
 
290 aa  219  5e-56  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1015  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.63 
 
 
296 aa  216  4e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.59 
 
 
302 aa  216  4e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.52 
 
 
281 aa  214  9.999999999999999e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00144741  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.85 
 
 
311 aa  210  3e-53  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29180  carbohydrate ABC transporter membrane protein  35.6 
 
 
320 aa  209  7e-53  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1439  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
296 aa  208  1e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.890968  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2191  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.93 
 
 
301 aa  207  2e-52  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.78 
 
 
298 aa  206  3e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000904661  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05730  carbohydrate ABC transporter membrane protein  39.22 
 
 
313 aa  206  4e-52  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.709273  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.25 
 
 
297 aa  203  3e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0930  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
294 aa  203  3e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.369342  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.74 
 
 
301 aa  197  1.0000000000000001e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17880  carbohydrate ABC transporter membrane protein  36.25 
 
 
315 aa  197  2.0000000000000003e-49  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.223186  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0394  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.21 
 
 
303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0665  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.84 
 
 
295 aa  197  2.0000000000000003e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000136095  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1873  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.21 
 
 
287 aa  196  3e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.168129  normal  0.121755 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04180  carbohydrate ABC transporter membrane protein  38.11 
 
 
327 aa  196  4.0000000000000005e-49  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.33 
 
 
294 aa  196  6e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.576664  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02850  carbohydrate ABC transporter membrane protein  36.67 
 
 
302 aa  194  1e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10100  carbohydrate ABC transporter membrane protein  38.58 
 
 
285 aa  194  1e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.849454 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.7 
 
 
320 aa  194  2e-48  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1580  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.27 
 
 
300 aa  192  4e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0122  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.11 
 
 
292 aa  192  4e-48  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0152  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.09 
 
 
304 aa  191  9e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1917  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.43 
 
 
305 aa  191  2e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0958924  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2092  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.99 
 
 
292 aa  191  2e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000117143  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6723  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.16 
 
 
284 aa  189  5e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.340463  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0340  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.26 
 
 
302 aa  187  2e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.91 
 
 
296 aa  185  6e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0280  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.58 
 
 
289 aa  186  6e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.912812 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.52 
 
 
318 aa  184  2.0000000000000003e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.451347  normal  0.228121 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13610  carbohydrate ABC transporter membrane protein  36.07 
 
 
329 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.230685  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1291  hypothetical protein  35.96 
 
 
299 aa  183  3e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.60035 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0145  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.94 
 
 
307 aa  182  5.0000000000000004e-45  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0762  ABC-type sugar transport system, permease component  37.74 
 
 
300 aa  182  7e-45  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0168345  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0411  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.08 
 
 
315 aa  180  2.9999999999999997e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0664825 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
322 aa  179  4e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1102  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41 
 
 
293 aa  177  2e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1189  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.79 
 
 
314 aa  176  5e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.635742  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2731  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.4 
 
 
283 aa  176  5e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.528009  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1767  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
335 aa  176  6e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0172593  normal  0.0301205 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2552  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.77 
 
 
300 aa  174  9.999999999999999e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3241  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.95 
 
 
300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.24 
 
 
317 aa  173  2.9999999999999996e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.87 
 
 
320 aa  171  1e-41  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5563  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.75 
 
 
304 aa  171  2e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.451353 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0696  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
303 aa  171  2e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000104269  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0851  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.48 
 
 
299 aa  170  3e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1710  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.67 
 
 
300 aa  170  3e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.32 
 
 
299 aa  169  5e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4680  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.25 
 
 
317 aa  169  7e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00968788  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1611  putative transport system integral membrane protein  39.07 
 
 
303 aa  168  1e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.875629  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2338  ABC transporter, permease protein  33.93 
 
 
318 aa  168  1e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.46 
 
 
296 aa  168  1e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4936  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.97 
 
 
326 aa  168  1e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00903447  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.49 
 
 
310 aa  166  5e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2050  sugar transport system (permease) (binding protein dependent transporter)  33.21 
 
 
318 aa  165  9e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2457  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.36 
 
 
307 aa  160  2e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.48 
 
 
321 aa  157  2e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.499176  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3568  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.49 
 
 
408 aa  157  2e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1548  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.48 
 
 
330 aa  157  3e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0364153  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.69 
 
 
293 aa  153  2.9999999999999998e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.460606  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2570  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.05 
 
 
311 aa  152  5.9999999999999996e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1991  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.08 
 
 
286 aa  152  8.999999999999999e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0596  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.65 
 
 
301 aa  151  1e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.48 
 
 
302 aa  143  3e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.176875  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1729  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.73 
 
 
275 aa  132  6e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0255  ABC-type maltose transport system, permease component  28.88 
 
 
276 aa  132  6.999999999999999e-30  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3806  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.09 
 
 
300 aa  130  3e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2918  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.92 
 
 
290 aa  125  6e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.787566  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.89 
 
 
301 aa  126  6e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.62 
 
 
304 aa  123  4e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0497  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.44 
 
 
306 aa  122  6e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000825086 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4081  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.03 
 
 
275 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3568  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.57 
 
 
315 aa  120  3e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.67 
 
 
295 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0266791 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0791  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.21 
 
 
308 aa  120  3.9999999999999996e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.013285 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20610  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.24 
 
 
273 aa  117  3e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>