More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_05730 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_05730  carbohydrate ABC transporter membrane protein  100 
 
 
313 aa  621  1e-177  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.709273  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  81.97 
 
 
311 aa  490  1e-137  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1439  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.17 
 
 
296 aa  313  3.9999999999999997e-84  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.890968  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04180  carbohydrate ABC transporter membrane protein  48.73 
 
 
327 aa  297  1e-79  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1291  hypothetical protein  52.84 
 
 
299 aa  290  3e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.60035 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.26 
 
 
322 aa  280  2e-74  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13610  carbohydrate ABC transporter membrane protein  48.99 
 
 
329 aa  275  1.0000000000000001e-72  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.230685  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10100  carbohydrate ABC transporter membrane protein  51.49 
 
 
285 aa  273  3e-72  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.849454 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0411  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.5 
 
 
315 aa  273  4.0000000000000004e-72  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0664825 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1580  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.62 
 
 
300 aa  270  2.9999999999999997e-71  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5563  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.04 
 
 
304 aa  269  4e-71  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.451353 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1611  putative transport system integral membrane protein  52.16 
 
 
303 aa  266  4e-70  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.875629  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29180  carbohydrate ABC transporter membrane protein  46.65 
 
 
320 aa  264  1e-69  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.58 
 
 
317 aa  263  2e-69  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6723  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.22 
 
 
284 aa  259  3e-68  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.340463  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1767  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.02 
 
 
335 aa  253  4.0000000000000004e-66  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0172593  normal  0.0301205 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.7 
 
 
293 aa  251  8.000000000000001e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.460606  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3112  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.69 
 
 
290 aa  243  3e-63  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.32 
 
 
321 aa  238  1e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.499176  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3314  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.49 
 
 
290 aa  237  2e-61  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.7 
 
 
299 aa  237  2e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0340  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.36 
 
 
302 aa  231  1e-59  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4680  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.01 
 
 
317 aa  224  1e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00968788  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2092  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.57 
 
 
292 aa  221  1.9999999999999999e-56  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000117143  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.61 
 
 
297 aa  221  1.9999999999999999e-56  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1102  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43 
 
 
293 aa  217  2e-55  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0086  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.49 
 
 
294 aa  215  8e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.117881  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.43 
 
 
290 aa  209  4e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3820  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.34 
 
 
306 aa  208  1e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.475945  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1015  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.21 
 
 
296 aa  206  5e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17880  carbohydrate ABC transporter membrane protein  38.13 
 
 
315 aa  205  1e-51  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.223186  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20500  carbohydrate ABC transporter membrane protein  39.22 
 
 
306 aa  204  2e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00619116  normal  0.339841 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1873  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.5 
 
 
287 aa  203  3e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.168129  normal  0.121755 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2332  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.16 
 
 
294 aa  201  9.999999999999999e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4936  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.07 
 
 
326 aa  199  3.9999999999999996e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00903447  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1562  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  37.28 
 
 
290 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0590274  normal  0.820789 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1581  ABC-type sugar transport system, permease component  37.5 
 
 
287 aa  198  1.0000000000000001e-49  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0152  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.76 
 
 
304 aa  197  1.0000000000000001e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01650  carbohydrate ABC transporter membrane protein  36.71 
 
 
308 aa  195  1e-48  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.23 
 
 
281 aa  194  2e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00144741  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2804  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.06 
 
 
311 aa  193  3e-48  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.257697  hitchhiker  0.00295081 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
296 aa  192  5e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0368  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.96 
 
 
309 aa  192  6e-48  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.02 
 
 
320 aa  191  1e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0851  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.14 
 
 
299 aa  191  1e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.07 
 
 
313 aa  189  4e-47  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0225892  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0280  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.28 
 
 
289 aa  187  1e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.912812 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0930  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.15 
 
 
294 aa  186  5e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.369342  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
298 aa  185  9e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000904661  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2661  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.39 
 
 
307 aa  183  3e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0145  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.33 
 
 
307 aa  183  4.0000000000000006e-45  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0762  ABC-type sugar transport system, permease component  40.23 
 
 
300 aa  182  5.0000000000000004e-45  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0168345  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.02 
 
 
296 aa  182  6e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33160  carbohydrate ABC transporter membrane protein  35.61 
 
 
312 aa  180  2e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.410884  normal  0.713959 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2191  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.05 
 
 
301 aa  181  2e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1980  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.89 
 
 
313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2338  ABC transporter, permease protein  35.96 
 
 
318 aa  180  2.9999999999999997e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1120  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.64 
 
 
289 aa  180  2.9999999999999997e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.258106  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2707  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.77 
 
 
296 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.38 
 
 
302 aa  179  4.999999999999999e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2655  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.15 
 
 
306 aa  179  4.999999999999999e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.43 
 
 
301 aa  178  8e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2050  sugar transport system (permease) (binding protein dependent transporter)  35.27 
 
 
318 aa  178  1e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0122  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.13 
 
 
292 aa  177  2e-43  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.82 
 
 
307 aa  177  2e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.392519  normal  0.062239 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0696  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.95 
 
 
303 aa  176  4e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000104269  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2552  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.19 
 
 
300 aa  176  5e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02850  carbohydrate ABC transporter membrane protein  34.53 
 
 
302 aa  176  5e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1710  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.02 
 
 
300 aa  176  5e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0394  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.56 
 
 
303 aa  175  8e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.14 
 
 
320 aa  175  9e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.88 
 
 
318 aa  173  3.9999999999999995e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.451347  normal  0.228121 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1917  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.99 
 
 
305 aa  172  5e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0958924  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.67 
 
 
294 aa  172  5.999999999999999e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.576664  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1189  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.23 
 
 
314 aa  171  1e-41  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.635742  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2999  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
309 aa  170  4e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2570  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.56 
 
 
311 aa  166  6.9999999999999995e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0665  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.08 
 
 
295 aa  163  4.0000000000000004e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000136095  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.65 
 
 
297 aa  160  2e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.79 
 
 
310 aa  160  2e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2731  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.13 
 
 
283 aa  159  4e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.528009  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2457  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.23 
 
 
307 aa  159  8e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1548  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.47 
 
 
330 aa  152  5e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0364153  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1991  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.98 
 
 
286 aa  146  5e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1729  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.66 
 
 
275 aa  146  5e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3241  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
300 aa  144  1e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3568  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.97 
 
 
408 aa  143  5e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.51 
 
 
302 aa  135  9e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.176875  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0255  ABC-type maltose transport system, permease component  30.74 
 
 
276 aa  134  1.9999999999999998e-30  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0596  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.86 
 
 
301 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0205  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.84 
 
 
279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.67338  normal  0.16615 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1358  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.43 
 
 
291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.56 
 
 
301 aa  127  3e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3565  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.96 
 
 
291 aa  126  4.0000000000000003e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.276199 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.39 
 
 
281 aa  124  1e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3322  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.77 
 
 
309 aa  124  3e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0903437  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20610  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.77 
 
 
273 aa  123  4e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2317  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.45 
 
 
299 aa  123  4e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1700  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.97 
 
 
293 aa  123  4e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3122  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.5 
 
 
305 aa  122  6e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.290341 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>