More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_2338 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008261  CPF_2338  ABC transporter, permease protein  100 
 
 
318 aa  639    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2050  sugar transport system (permease) (binding protein dependent transporter)  99.06 
 
 
318 aa  635    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0145  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.35 
 
 
307 aa  369  1e-101  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.71 
 
 
310 aa  322  6e-87  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2570  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.78 
 
 
311 aa  270  2e-71  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0596  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.46 
 
 
301 aa  267  2e-70  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1710  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.36 
 
 
300 aa  257  2e-67  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0696  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.18 
 
 
303 aa  246  4.9999999999999997e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000104269  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29180  carbohydrate ABC transporter membrane protein  35.83 
 
 
320 aa  209  6e-53  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0762  ABC-type sugar transport system, permease component  42.44 
 
 
300 aa  202  8e-51  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0168345  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0930  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.3 
 
 
294 aa  199  3.9999999999999996e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.369342  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0851  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.66 
 
 
299 aa  193  3e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0152  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.62 
 
 
304 aa  192  7e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1917  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.78 
 
 
305 aa  191  1e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0958924  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1439  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.65 
 
 
296 aa  190  2e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.890968  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04180  carbohydrate ABC transporter membrane protein  40.29 
 
 
327 aa  190  2.9999999999999997e-47  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.46 
 
 
311 aa  189  7e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2707  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.32 
 
 
296 aa  187  2e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2552  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.4 
 
 
300 aa  186  4e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1120  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.91 
 
 
289 aa  186  6e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.258106  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2191  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.51 
 
 
301 aa  183  3e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2332  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.89 
 
 
294 aa  182  7e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0086  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.3 
 
 
294 aa  181  1e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.117881  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.02 
 
 
296 aa  181  2e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.23 
 
 
297 aa  181  2e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1102  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.95 
 
 
293 aa  181  2e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05730  carbohydrate ABC transporter membrane protein  35.96 
 
 
313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.709273  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3112  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.17 
 
 
290 aa  180  2.9999999999999997e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.64 
 
 
302 aa  179  4.999999999999999e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1562  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  37.04 
 
 
290 aa  179  5.999999999999999e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0590274  normal  0.820789 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3314  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.11 
 
 
290 aa  177  2e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1580  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.15 
 
 
300 aa  177  2e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0394  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.32 
 
 
303 aa  177  2e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2092  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.62 
 
 
292 aa  176  4e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000117143  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1767  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.02 
 
 
335 aa  176  4e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0172593  normal  0.0301205 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1581  ABC-type sugar transport system, permease component  38.46 
 
 
287 aa  174  9.999999999999999e-43  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1291  hypothetical protein  36.27 
 
 
299 aa  174  9.999999999999999e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.60035 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.96 
 
 
317 aa  174  1.9999999999999998e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1873  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.4 
 
 
287 aa  173  2.9999999999999996e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.168129  normal  0.121755 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.79 
 
 
296 aa  172  6.999999999999999e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0368  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.51 
 
 
309 aa  172  7.999999999999999e-42  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13610  carbohydrate ABC transporter membrane protein  34.87 
 
 
329 aa  171  1e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.230685  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.85 
 
 
322 aa  171  2e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.44 
 
 
301 aa  171  2e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5563  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.56 
 
 
304 aa  171  2e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.451353 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1015  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.28 
 
 
296 aa  169  8e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17880  carbohydrate ABC transporter membrane protein  33.1 
 
 
315 aa  168  1e-40  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.223186  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10100  carbohydrate ABC transporter membrane protein  38.24 
 
 
285 aa  168  1e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.849454 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.61 
 
 
320 aa  167  2e-40  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01650  carbohydrate ABC transporter membrane protein  30.77 
 
 
308 aa  167  2e-40  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.4 
 
 
298 aa  167  2e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000904661  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.52 
 
 
313 aa  165  9e-40  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0225892  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0665  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.93 
 
 
295 aa  165  1.0000000000000001e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000136095  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.39 
 
 
281 aa  165  1.0000000000000001e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00144741  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.89 
 
 
290 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2655  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.22 
 
 
306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3820  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.6 
 
 
306 aa  162  8.000000000000001e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.475945  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20500  carbohydrate ABC transporter membrane protein  34.4 
 
 
306 aa  162  8.000000000000001e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00619116  normal  0.339841 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33160  carbohydrate ABC transporter membrane protein  32.59 
 
 
312 aa  160  2e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.410884  normal  0.713959 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0340  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.25 
 
 
302 aa  160  2e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.52 
 
 
320 aa  160  3e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1980  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.84 
 
 
313 aa  160  4e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.64 
 
 
299 aa  159  5e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4680  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.45 
 
 
317 aa  158  1e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00968788  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2804  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.37 
 
 
311 aa  158  1e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.257697  hitchhiker  0.00295081 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4936  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.56 
 
 
326 aa  157  2e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00903447  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0411  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.44 
 
 
315 aa  157  3e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0664825 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1611  putative transport system integral membrane protein  37.28 
 
 
303 aa  156  4e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.875629  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.86 
 
 
294 aa  155  7e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.576664  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2661  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.43 
 
 
307 aa  155  7e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1189  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.46 
 
 
314 aa  155  7e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.635742  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.18 
 
 
293 aa  154  1e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.460606  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2457  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.49 
 
 
307 aa  155  1e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.37 
 
 
307 aa  154  2e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.392519  normal  0.062239 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6723  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
284 aa  154  2e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.340463  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2731  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.52 
 
 
283 aa  153  4e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.528009  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.04 
 
 
318 aa  152  5e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.451347  normal  0.228121 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3568  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38 
 
 
408 aa  150  2e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0280  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.8 
 
 
289 aa  148  9e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.912812 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02850  carbohydrate ABC transporter membrane protein  31.48 
 
 
302 aa  144  2e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2999  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.91 
 
 
309 aa  142  7e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.16 
 
 
297 aa  142  8e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1548  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.23 
 
 
330 aa  138  1e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0364153  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0122  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.74 
 
 
292 aa  135  9e-31  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.14 
 
 
321 aa  131  1.0000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.499176  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1991  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.37 
 
 
286 aa  130  3e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0255  ABC-type maltose transport system, permease component  29.83 
 
 
276 aa  122  6e-27  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1006  MalG-type ABC sugar transport system permease component  29.88 
 
 
335 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.541487  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3241  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.27 
 
 
300 aa  115  8.999999999999998e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.84 
 
 
302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.176875  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0927  MalG-type ABC sugar transport systems permease component  29.31 
 
 
335 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0503767  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.19 
 
 
283 aa  114  2.0000000000000002e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.267777  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.18 
 
 
304 aa  113  4.0000000000000004e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4035  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.74 
 
 
275 aa  112  7.000000000000001e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2366  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.81 
 
 
288 aa  112  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.125554  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07090  carbohydrate ABC transporter membrane protein  30.74 
 
 
297 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484771  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3031  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.19 
 
 
277 aa  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.33 
 
 
286 aa  110  3e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1729  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.23 
 
 
275 aa  110  3e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2716  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  30.07 
 
 
293 aa  108  9.000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.684184  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>