More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0340 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_0340  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
302 aa  610  1e-173  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3314  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.32 
 
 
290 aa  271  1e-71  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3112  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.91 
 
 
290 aa  263  2e-69  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05730  carbohydrate ABC transporter membrane protein  44.36 
 
 
313 aa  231  9e-60  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.709273  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2092  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
292 aa  228  8e-59  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000117143  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29180  carbohydrate ABC transporter membrane protein  39.39 
 
 
320 aa  227  2e-58  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
297 aa  221  8e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.17 
 
 
311 aa  216  2.9999999999999998e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13610  carbohydrate ABC transporter membrane protein  41.45 
 
 
329 aa  209  3e-53  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.230685  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1102  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
293 aa  209  4e-53  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.47 
 
 
298 aa  207  2e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000904661  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0411  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.55 
 
 
315 aa  206  3e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0664825 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.03 
 
 
281 aa  206  3e-52  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00144741  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.79 
 
 
322 aa  204  2e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10100  carbohydrate ABC transporter membrane protein  40.3 
 
 
285 aa  202  5e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.849454 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2332  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
294 aa  202  8e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1439  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.78 
 
 
296 aa  201  9.999999999999999e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.890968  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04180  carbohydrate ABC transporter membrane protein  38.6 
 
 
327 aa  200  3e-50  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5563  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.33 
 
 
304 aa  200  3e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.451353 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2191  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.75 
 
 
301 aa  199  5e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1580  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.46 
 
 
300 aa  196  3e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.56 
 
 
317 aa  196  3e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.33 
 
 
290 aa  196  4.0000000000000005e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1120  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.26 
 
 
289 aa  196  5.000000000000001e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.258106  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0368  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.03 
 
 
309 aa  192  4e-48  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1015  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.89 
 
 
296 aa  192  7e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0930  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.12 
 
 
294 aa  192  7e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.369342  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1581  ABC-type sugar transport system, permease component  35.45 
 
 
287 aa  192  9e-48  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1291  hypothetical protein  39.26 
 
 
299 aa  189  5e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.60035 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1611  putative transport system integral membrane protein  42.34 
 
 
303 aa  187  2e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.875629  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1562  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  34.47 
 
 
290 aa  185  7e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0590274  normal  0.820789 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1873  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.42 
 
 
287 aa  184  2.0000000000000003e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.168129  normal  0.121755 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6723  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.05 
 
 
284 aa  183  3e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.340463  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2804  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.8 
 
 
311 aa  183  3e-45  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.257697  hitchhiker  0.00295081 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.57 
 
 
296 aa  183  4.0000000000000006e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0280  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.78 
 
 
289 aa  181  9.000000000000001e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.912812 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1767  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.97 
 
 
335 aa  181  1e-44  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0172593  normal  0.0301205 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2661  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.22 
 
 
307 aa  180  2e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17880  carbohydrate ABC transporter membrane protein  30.59 
 
 
315 aa  179  4.999999999999999e-44  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.223186  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.89 
 
 
321 aa  178  8e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.499176  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20500  carbohydrate ABC transporter membrane protein  36 
 
 
306 aa  178  1e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00619116  normal  0.339841 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33160  carbohydrate ABC transporter membrane protein  33.58 
 
 
312 aa  176  4e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.410884  normal  0.713959 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.35 
 
 
313 aa  176  5e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0225892  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0696  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.89 
 
 
303 aa  175  7e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000104269  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.24 
 
 
302 aa  175  7e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3820  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.07 
 
 
306 aa  174  9.999999999999999e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.475945  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.51 
 
 
296 aa  174  9.999999999999999e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3241  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.91 
 
 
300 aa  174  9.999999999999999e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0665  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.97 
 
 
295 aa  174  1.9999999999999998e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000136095  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.11 
 
 
301 aa  172  3.9999999999999995e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0086  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.82 
 
 
294 aa  172  6.999999999999999e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.117881  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2655  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.95 
 
 
306 aa  172  7.999999999999999e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1917  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.78 
 
 
305 aa  171  1e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0958924  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.25 
 
 
293 aa  170  2e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.460606  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0145  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.41 
 
 
307 aa  170  3e-41  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4680  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
317 aa  170  3e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00968788  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01650  carbohydrate ABC transporter membrane protein  32.11 
 
 
308 aa  169  8e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0152  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.55 
 
 
304 aa  168  9e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1980  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.9 
 
 
313 aa  167  2e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2707  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
296 aa  166  5e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.2 
 
 
307 aa  166  5.9999999999999996e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.392519  normal  0.062239 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.07 
 
 
320 aa  164  1.0000000000000001e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.92 
 
 
294 aa  163  3e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.576664  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2999  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.69 
 
 
309 aa  163  4.0000000000000004e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.13 
 
 
299 aa  162  5.0000000000000005e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4936  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.43 
 
 
326 aa  162  7e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00903447  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0122  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.01 
 
 
292 aa  162  8.000000000000001e-39  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2338  ABC transporter, permease protein  30.25 
 
 
318 aa  160  2e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1710  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.29 
 
 
300 aa  160  2e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2050  sugar transport system (permease) (binding protein dependent transporter)  29.89 
 
 
318 aa  159  5e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02850  carbohydrate ABC transporter membrane protein  33.95 
 
 
302 aa  159  5e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2552  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.18 
 
 
300 aa  158  9e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2570  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.94 
 
 
311 aa  158  9e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0851  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.34 
 
 
299 aa  157  2e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0394  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.68 
 
 
303 aa  157  2e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.23 
 
 
318 aa  157  2e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.451347  normal  0.228121 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2716  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  32.34 
 
 
293 aa  156  4e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.684184  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.58 
 
 
273 aa  155  7e-37  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0255  ABC-type maltose transport system, permease component  30.24 
 
 
276 aa  154  1e-36  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.97 
 
 
301 aa  155  1e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.36 
 
 
297 aa  151  1e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5582  ABC transporter membrane spanning protein (galacturonic acid)  31.6 
 
 
293 aa  150  4e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.542291  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.49 
 
 
299 aa  149  6e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0352539  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5335  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.31 
 
 
278 aa  149  7e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.716321  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.97 
 
 
278 aa  148  9e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.482027  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.87 
 
 
295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.48115  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0762  ABC-type sugar transport system, permease component  31.48 
 
 
300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0168345  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3568  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.36 
 
 
315 aa  147  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.45 
 
 
320 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.79 
 
 
310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0525  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.41 
 
 
282 aa  146  4.0000000000000006e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.641488  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7346  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  32.31 
 
 
278 aa  146  5e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1189  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.77 
 
 
314 aa  145  6e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.635742  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1101  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.09 
 
 
280 aa  145  9e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3568  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.47 
 
 
408 aa  145  1e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20610  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.14 
 
 
273 aa  143  3e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.45 
 
 
390 aa  143  3e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2317  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.82 
 
 
299 aa  143  4e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0623  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.67 
 
 
285 aa  142  9e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.587185  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.8 
 
 
298 aa  142  9e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>