53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2946 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2946  DNA mismatch repair protein  100 
 
 		 222 aa  455  1e-127  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0152588  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2783  DNA mismatch repair protein  75.11 
 
 		 222 aa  343  8.999999999999999e-94  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000862742  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1260  DNA mismatch repair protein  75.58 
 
 		 223 aa  343  1e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000473996  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3130  DNA mismatch repair protein  75.93 
 
 		 223 aa  343  1e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000866065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1183  DNA mismatch repair protein  75.93 
 
 		 223 aa  343  1e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000548416  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1227  DNA mismatch repair protein  75.46 
 
 		 223 aa  342  2.9999999999999997e-93  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000990302  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3044  DNA mismatch repair protein  75.12 
 
 		 223 aa  342  2.9999999999999997e-93  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000824269  normal  0.401343 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2866  DNA mismatch repair protein  75.12 
 
 		 223 aa  342  2.9999999999999997e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000404837  normal  0.419127 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1141  DNA mismatch repair protein  74.65 
 
 		 223 aa  340  1e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000591813  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2948  DNA mismatch repair protein  74.65 
 
 		 223 aa  339  2.9999999999999998e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000886645  normal  0.260318 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1330  DNA mismatch repair protein  74.54 
 
 		 223 aa  335  2.9999999999999997e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1037  DNA mismatch repair protein  71.3 
 
 		 223 aa  331  7.000000000000001e-90  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000023466  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1226  DNA mismatch repair protein  66.82 
 
 		 231 aa  316  2e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000502045  hitchhiker  0.00825632 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1131  DNA mismatch repair protein  67.59 
 
 		 224 aa  315  3e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000941126  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0862  DNA mismatch repair protein  69.91 
 
 		 224 aa  311  4.999999999999999e-84  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000278549  normal  0.0577392 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1020  DNA mismatch repair protein  66.37 
 
 		 223 aa  310  1e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000864463  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004432  DNA mismatch repair endonuclease MutH  58.45 
 
 		 226 aa  281  7.000000000000001e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000291849  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3825  DNA mismatch repair protein  59.29 
 
 		 228 aa  275  4e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000312374  normal  0.472471 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0568  DNA mismatch repair protein  58.56 
 
 		 222 aa  273  1.0000000000000001e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.128312  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00966  DNA mismatch repair protein  57.53 
 
 		 226 aa  273  1.0000000000000001e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3400  DNA mismatch repair protein  60.09 
 
 		 230 aa  273  1.0000000000000001e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00030218  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3199  DNA mismatch repair protein  62.86 
 
 		 228 aa  273  2.0000000000000002e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000169255  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0200  DNA mismatch repair protein  57.27 
 
 		 221 aa  271  7e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.725657  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0903  DNA mismatch repair protein  60.09 
 
 		 231 aa  271  8.000000000000001e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00317572  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3169  DNA mismatch repair protein  60.48 
 
 		 231 aa  268  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000166298  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3218  DNA mismatch repair protein  60.48 
 
 		 231 aa  268  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000631392  hitchhiker  0.00373794 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3152  DNA mismatch repair protein  60.48 
 
 		 231 aa  268  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000922313  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3333  DNA mismatch repair protein  60.48 
 
 		 231 aa  268  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000194607  hitchhiker  0.00919064 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3233  DNA mismatch repair protein  60.48 
 
 		 231 aa  268  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000281601  hitchhiker  0.00000400145 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3273  DNA mismatch repair protein  57.99 
 
 		 230 aa  268  5.9999999999999995e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000145556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0980  DNA mismatch repair protein  57.92 
 
 		 228 aa  267  1e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000587199  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3242  DNA mismatch repair protein  57.92 
 
 		 228 aa  267  1e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.0000000000170849  normal  0.0183168 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1032  DNA mismatch repair protein  57.92 
 
 		 228 aa  267  1e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000109163  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4098  DNA mismatch repair protein  57.34 
 
 		 229 aa  265  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000707245  hitchhiker  0.00136585 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3151  DNA mismatch repair protein  57.34 
 
 		 229 aa  265  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000414624  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0884  DNA mismatch repair protein  57.34 
 
 		 229 aa  265  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000023918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3031  DNA mismatch repair protein  57.34 
 
 		 229 aa  265  4e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000733589  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0859  DNA mismatch repair endonuclease mutH  57.34 
 
 		 229 aa  265  4e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000402017  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02640  hypothetical protein  57.34 
 
 		 229 aa  265  4e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00000402159  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2978  DNA mismatch repair protein  57.34 
 
 		 229 aa  265  4e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.65444e-17  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02679  DNA mismatch repair protein  57.34 
 
 		 229 aa  265  4e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000579311  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2979  DNA mismatch repair protein  57.34 
 
 		 229 aa  265  5e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000162046  decreased coverage  0.00389286 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3019  DNA mismatch repair protein  62.19 
 
 		 228 aa  260  1e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000000328639  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1550  DNA mismatch repair protein  57.49 
 
 		 224 aa  258  3e-68  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0541  DNA mismatch repair protein  54.75 
 
 		 224 aa  254  6e-67  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.962332  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3848  DNA mismatch repair protein  53.18 
 
 		 228 aa  249  3e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.662475  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0501  DNA mismatch repair protein  53.6 
 
 		 224 aa  245  3e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.56276  normal  0.0450922 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03711  DNA mismatch repair protein  54.5 
 
 		 225 aa  243  1.9999999999999999e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.60827  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3626  DNA mismatch repair protein  52.91 
 
 		 222 aa  237  9e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.544284  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2831  DNA mismatch repair protein  47 
 
 		 225 aa  211  1e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1548  DNA mismatch repair protein  40.45 
 
 		 224 aa  184  1.0000000000000001e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1436  DNA mismatch repair protein  40.93 
 
 		 224 aa  179  2e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1358  DNA mismatch repair protein  25.51 
 
 		 502 aa  51.6  0.00001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  unclonable  0.0000249397  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>