94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1813 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_1813  peptidase M15B and M15C, D,D-carboxypeptidase VanY/endolysins  100 
 
 
238 aa  493  1e-139  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.877549  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1764  peptidase M15B and M15C, D,D-carboxypeptidase VanY/endolysins  54.75 
 
 
236 aa  259  2e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.357856  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1861  peptidase M15B and M15C, D,D-carboxypeptidase VanY/endolysin  51.83 
 
 
250 aa  246  3e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000232027 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2187  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  48.43 
 
 
230 aa  238  4e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.222762  normal  0.0101242 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2368  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  54.98 
 
 
237 aa  236  3e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0245158  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1911  peptidase M15B and M15C, D,D-carboxypeptidase VanY/endolysins  57 
 
 
262 aa  234  9e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.494098  hitchhiker  0.0000706495 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2355  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  54.55 
 
 
237 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0293083  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2419  peptidase M15B and M15C, D,D-carboxypeptidase VanY/endolysin  48.15 
 
 
225 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.128484  decreased coverage  0.00000107328 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1856  peptidase M15B and M15C, D,D-carboxypeptidase VanY/endolysins  57 
 
 
270 aa  233  3e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.636269  hitchhiker  0.0000000136741 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1991  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  54.11 
 
 
237 aa  233  3e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00373445  hitchhiker  0.0000000547334 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2122  peptidase M15B and M15C, D,D-carboxypeptidase VanY/endolysins  56.5 
 
 
270 aa  232  5e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.737189  hitchhiker  0.000240208 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2124  peptidase M15B and M15C, D,D-carboxypeptidase VanY/endolysin  54.42 
 
 
238 aa  231  9e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.105158  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2472  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase-related protein  56.16 
 
 
252 aa  229  2e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2471  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  53.25 
 
 
237 aa  227  1e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00142049  normal  0.0767721 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1646  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase-related protein  54.5 
 
 
212 aa  210  1e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.806668 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1990  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  51.31 
 
 
192 aa  199  3e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02545  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  45.21 
 
 
232 aa  169  4e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.457217  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2193  peptidase M15B and M15C, D,D-carboxypeptidase VanY/endolysins  42.86 
 
 
233 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3368  putative D,D-carboxypeptidase-related protein  40.93 
 
 
219 aa  161  8.000000000000001e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0527224 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1079  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  41.33 
 
 
226 aa  159  3e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.234165  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1254  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  46.41 
 
 
225 aa  157  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3140  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  46.41 
 
 
225 aa  157  1e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1371  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  46.41 
 
 
225 aa  157  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3502  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  52.35 
 
 
224 aa  154  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002796  D,D-carboxypeptidase-related protein  39.73 
 
 
232 aa  153  2.9999999999999998e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3180  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  38.05 
 
 
240 aa  153  2.9999999999999998e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.036098  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1429  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  41.75 
 
 
232 aa  152  4e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2444  peptidase M15B and M15C, D,D-carboxypeptidase VanY/endolysins  38.97 
 
 
223 aa  148  6e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.54345  normal  0.0897342 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1168  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  45.09 
 
 
224 aa  149  6e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0190476  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3163  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  45.66 
 
 
224 aa  148  8e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000280398  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0579  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase-related protein  37.95 
 
 
238 aa  145  6e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2977  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  37.95 
 
 
224 aa  144  1e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0933877  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2376  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  40.11 
 
 
222 aa  142  4e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03184  hypothetical protein  36.74 
 
 
232 aa  141  9.999999999999999e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1735  VanY family protein  40.45 
 
 
224 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09648  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  28.17 
 
 
243 aa  106  4e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.538817  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1065  M15B family D-Ala-D-Ala carboxypeptidase VanY  25.5 
 
 
219 aa  63.2  0.000000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0292  M15B family D-Ala-D-Ala carboxypeptidase VanY  25.14 
 
 
257 aa  60.1  0.00000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3249  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  28.74 
 
 
246 aa  53.1  0.000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000420976  normal  0.257311 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2059  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  28.74 
 
 
246 aa  53.5  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0118703  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1923  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  30.5 
 
 
246 aa  53.1  0.000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.499813  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2101  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  30.5 
 
 
246 aa  53.1  0.000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1885  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  30.5 
 
 
246 aa  53.1  0.000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.699634  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2070  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  30.5 
 
 
246 aa  53.1  0.000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3213  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  26.35 
 
 
259 aa  52.8  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05720  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  24.64 
 
 
275 aa  52.8  0.000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.435379  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0613  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  26.95 
 
 
259 aa  52  0.000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2141  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  29.79 
 
 
246 aa  52  0.000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0859395  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1875  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  29.79 
 
 
246 aa  52  0.000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2169  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  29.79 
 
 
246 aa  52  0.000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.742674  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1919  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  29.79 
 
 
246 aa  51.2  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.345839  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4622  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  26.35 
 
 
259 aa  51.2  0.00001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1557  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  29.08 
 
 
246 aa  50.8  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.260228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1371  carboxypeptidase-like protein  27.65 
 
 
263 aa  50.4  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.919342  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2374  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  28.78 
 
 
495 aa  50.8  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3298  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  24.54 
 
 
243 aa  50.1  0.00003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1631  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  27.06 
 
 
263 aa  49.7  0.00004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.303902  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0084  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  36.14 
 
 
722 aa  49.7  0.00004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.334729  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3005  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  24.54 
 
 
243 aa  49.7  0.00004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.014963  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1934  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  24.54 
 
 
239 aa  49.7  0.00004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.3783  normal  0.159491 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4342  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  25.32 
 
 
259 aa  48.9  0.00008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1636  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  27.13 
 
 
407 aa  48.5  0.00009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3580  M15B family D-Ala-D-Ala carboxypeptidase VanY  28.86 
 
 
269 aa  48.5  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0106036 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4410  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  24.68 
 
 
259 aa  48.1  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4249  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  24.68 
 
 
259 aa  48.1  0.0001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4626  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  24.68 
 
 
259 aa  47.8  0.0001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2541  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  27.5 
 
 
243 aa  48.5  0.0001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.35548e-47 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4261  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  24.68 
 
 
259 aa  48.1  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4750  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  24.68 
 
 
259 aa  48.1  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1686  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  26.28 
 
 
247 aa  47  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000186356  hitchhiker  5.41079e-16 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2526  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  27.5 
 
 
243 aa  47.8  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.080639  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2266  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  27.5 
 
 
243 aa  47.4  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0349976  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0595  putative carboxypeptidase  26.98 
 
 
262 aa  47.4  0.0002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.394484  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10021  putative carboxypeptidase  27.37 
 
 
248 aa  47.8  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.127155 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2349  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  27.5 
 
 
243 aa  47.8  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.732241  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2520  hydrophobic protein  33.77 
 
 
461 aa  46.6  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.534739  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4642  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  24.68 
 
 
259 aa  46.6  0.0003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.218213  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3932  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  26.85 
 
 
264 aa  46.2  0.0004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08221  putative carboxypeptidase  26.9 
 
 
243 aa  46.6  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2308  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  26.88 
 
 
173 aa  46.6  0.0004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000166242  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4641  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  24.05 
 
 
259 aa  46.2  0.0004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0392  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  33.75 
 
 
484 aa  46.2  0.0005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.150656  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4445  M15B family D-Ala-D-Ala carboxypeptidase VanY  36.36 
 
 
284 aa  46.2  0.0005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.585911  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3126  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  26.28 
 
 
248 aa  45.4  0.0007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.17316  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2970  peptidase M15B and M15C, D,D-carboxypeptidase VanY/endolysins  26.09 
 
 
272 aa  45.4  0.0007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0642  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  31.25 
 
 
386 aa  45.1  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3438  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  29.17 
 
 
246 aa  44.7  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000425893 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0595  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  33.77 
 
 
415 aa  44.3  0.002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0309546 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1952  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  30.26 
 
 
391 aa  43.1  0.004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.383383  normal  0.0769479 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1196  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  25 
 
 
244 aa  42.7  0.004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.206054 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0495  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  23.57 
 
 
332 aa  42.7  0.005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.798346  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0109  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  22.79 
 
 
396 aa  42.7  0.005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0583  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  34.12 
 
 
334 aa  42.7  0.005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0146091  hitchhiker  0.000670558 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1224  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  27.07 
 
 
285 aa  42.7  0.005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.878538  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>