35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3561 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3561  sigma-70 factor  100 
 
 		 178 aa  362  1e-99  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.373178  normal  0.402899 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0537  sigma-70 factor  46.47 
 
 		 170 aa  158  4e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513194  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1224  sigma-70 factor  46.71 
 
 		 177 aa  142  2e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1808  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.17 
 
 		 166 aa  133  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.712122  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1230  adventurous gliding motility protein S  41.61 
 
 		 163 aa  124  6e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.096115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1596  biopolymer transport protein  41.88 
 
 		 162 aa  116  1.9999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.756839  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2955  hypothetical protein  43.42 
 
 		 185 aa  111  7.000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3071  hypothetical protein  32.93 
 
 		 166 aa  97.4  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4453  adventurous gliding motility protein S  30.43 
 
 		 194 aa  77.8  0.00000000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.106423  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4308  adventurous gliding motility protein S  33.33 
 
 		 194 aa  76.6  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4463  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.89 
 
 		 194 aa  75.9  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.272834  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4444  adventurous gliding motility protein S  31.89 
 
 		 194 aa  75.5  0.0000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0444  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.34 
 
 		 165 aa  74.7  0.0000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1227  tolR protein  26.42 
 
 		 146 aa  52.4  0.000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1460  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.66 
 
 		 138 aa  51.6  0.000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0705  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.62 
 
 		 152 aa  48.1  0.00007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.105618  normal  0.350278 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0661  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.84 
 
 		 150 aa  46.2  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.602006  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0696  protein TolR  23.84 
 
 		 150 aa  46.2  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.76246  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0695  protein TolR  23.84 
 
 		 150 aa  46.2  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1392  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.49 
 
 		 142 aa  45.4  0.0004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000255119  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1158  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.87 
 
 		 139 aa  45.4  0.0004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.399556  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2673  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.87 
 
 		 139 aa  45.4  0.0004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0536  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.3 
 
 		 143 aa  44.7  0.0007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000196939  hitchhiker  0.000000905807 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3390  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.11 
 
 		 187 aa  44.7  0.0007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.170146  normal  0.328506 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0594  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.5 
 
 		 143 aa  43.5  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000395657  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1525  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.42 
 
 		 144 aa  43.1  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0168753  normal  0.844163 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.8 
 
 		 137 aa  42.4  0.003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1460  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.53 
 
 		 158 aa  42.7  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  27.85 
 
 		 136 aa  42.4  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3544  biopolymer transport protein ExbD  25.17 
 
 		 156 aa  42  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2566  biopolymer transport TolR  23.81 
 
 		 145 aa  42  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000208666  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2955  putative TolR-like translocation protein  24.68 
 
 		 142 aa  41.6  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.163827  normal  0.682621 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1220  biopolymer transport protein TolR  25.49 
 
 		 150 aa  41.6  0.007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.336788  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1249  biopolymer transport, TolR  25.49 
 
 		 150 aa  41.6  0.007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1736  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.39 
 
 		 139 aa  41.2  0.008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.109286  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>