117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3584 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3584  hypothetical protein  100 
 
 		 206 aa  426  1e-118  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2998  transcriptional regulator  92.23 
 
 		 206 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00441752  normal  0.169259 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3079  transcriptional regulator  91.75 
 
 		 206 aa  395  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0625169  normal  0.749503 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3176  transcriptional regulator  91.75 
 
 		 206 aa  394  1e-109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1113  putative transcriptional regulator  83.17 
 
 		 207 aa  355  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818822 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3278  putative transcriptional regulator  82.67 
 
 		 207 aa  355  2.9999999999999997e-97  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0971152 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1011  putative transcriptional regulator  82.67 
 
 		 207 aa  353  1e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1018  putative transcriptional regulator  80.58 
 
 		 210 aa  351  5.9999999999999994e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1080  putative transcriptional regulator  82.18 
 
 		 207 aa  349  2e-95  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0995  hypothetical protein  64.56 
 
 		 206 aa  287  7e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0915  putative transcriptional regulator  64.39 
 
 		 218 aa  285  2e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.949391 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0091  hypothetical protein  61.95 
 
 		 205 aa  278  4e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0888  putative transcriptional regulator  63.24 
 
 		 211 aa  277  9e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1048  putative transcriptional regulator  60.98 
 
 		 207 aa  268  4e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2786  putative transcriptional regulator  59.9 
 
 		 208 aa  255  3e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.788805 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00716  hypothetical protein  49.01 
 
 		 204 aa  207  1e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001755  predicted transcriptional regulator  48.78 
 
 		 206 aa  207  1e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0263515  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2239  hypothetical protein  48.28 
 
 		 205 aa  197  9e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4997  putative transcriptional regulator  44.17 
 
 		 222 aa  184  7e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1711  putative transcriptional regulator  43.28 
 
 		 210 aa  181  8.000000000000001e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.42173  normal  0.540015 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4136  hypothetical protein  46.27 
 
 		 214 aa  179  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3788  hypothetical protein  46.27 
 
 		 222 aa  179  2e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0018  putative transcriptional regulator  45.77 
 
 		 214 aa  177  9e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1289  hypothetical protein  43.2 
 
 		 253 aa  175  4e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4801  putative transcriptional regulator  45.85 
 
 		 207 aa  175  4e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000472031 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0435  putative transcriptional regulator  45.64 
 
 		 199 aa  174  9e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.341746  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1043  hypothetical protein  42.72 
 
 		 223 aa  173  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0030  hypothetical protein  42.72 
 
 		 223 aa  173  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0384  hypothetical protein  42.72 
 
 		 223 aa  173  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1579  hypothetical protein  42.72 
 
 		 223 aa  173  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.145631  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1494  hypothetical protein  42.72 
 
 		 223 aa  173  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1200  hypothetical protein  42.72 
 
 		 223 aa  173  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0108281  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0077  transcriptional regulator  42.72 
 
 		 246 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.53122  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1452  putative transcriptional regulator  43.84 
 
 		 217 aa  170  1e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.293298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3358  putative transcriptional regulator  42.5 
 
 		 220 aa  170  1e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0338727  normal  0.270871 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1246  putative transcriptional regulator  41.5 
 
 		 203 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.628425 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5538  putative transcriptional regulator  40 
 
 		 209 aa  161  7e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.912326  normal  0.622551 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4804  putative transcriptional regulator  38.12 
 
 		 210 aa  158  4e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000646734 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0028  transcriptional regulator  39.9 
 
 		 217 aa  157  8e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.572077  normal  0.204969 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0896  putative transcriptional regulator  41.09 
 
 		 207 aa  156  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.610602 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1733  transcriptional regulator  32.52 
 
 		 214 aa  105  5e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.86463 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2284  transcriptional regulator  31.4 
 
 		 214 aa  103  2e-21  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.123055 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03001  regulatory proteins, AsnC family protein  32.2 
 
 		 215 aa  101  1e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.764788 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3070  transcriptional regulator, TrmB  29.58 
 
 		 215 aa  99.4  3e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.272047 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1570  putative transcriptional regulator  30.39 
 
 		 219 aa  98.2  7e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.417601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3451  putative transcriptional regulator  30.48 
 
 		 217 aa  96.7  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.225926  hitchhiker  0.00000000543336 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0425  putative transcriptional regulator  30 
 
 		 219 aa  96.7  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.973468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0414  putative transcriptional regulator  30 
 
 		 219 aa  96.3  3e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2493  putative transcriptional regulator  31.34 
 
 		 211 aa  95.1  6e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0117208  normal  0.769487 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3726  putative transcriptional regulator  31.53 
 
 		 212 aa  94.7  9e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.110577  hitchhiker  0.00164762 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1134  putative transcriptional regulator  31.07 
 
 		 273 aa  94  1e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.767556  normal  0.0484804 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3238  putative transcriptional regulator  30.54 
 
 		 211 aa  92.4  4e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.990793 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3558  putative transcriptional regulator  26.37 
 
 		 210 aa  89.7  2e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4354  transcriptional regulator  29.09 
 
 		 228 aa  89.7  3e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.898255 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5097  DeoR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 210 aa  88.2  9e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4828  DeoR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 210 aa  88.2  9e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00756639  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4669  DeoR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 210 aa  88.2  9e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4686  DeoR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 210 aa  88.2  9e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000645179  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5193  DeoR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 210 aa  88.2  9e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.076054  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5064  transcriptional regulator, DeoR family  27.72 
 
 		 210 aa  88.2  9e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0402  putative transcriptional regulator  33.82 
 
 		 214 aa  87.4  1e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5102  transcriptional regulator, DeoR family  27.23 
 
 		 210 aa  87.4  1e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.211932  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0136  transcriptional regulator, DeoR family  26.24 
 
 		 210 aa  87.4  1e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.790585  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2275  putative transcriptional regulator  26.74 
 
 		 237 aa  87.8  1e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00171437  normal  0.131971 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0423  transcriptional regulator  28.31 
 
 		 227 aa  86.7  3e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.956901  normal  0.107177 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5103  transcriptional regulator, DeoR family  26.24 
 
 		 210 aa  85.9  4e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.411801  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2382  regulatory protein ArsR  27.05 
 
 		 274 aa  85.5  5e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.307498  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2175  transcriptional regulator TrmB  29.57 
 
 		 203 aa  82.8  0.000000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.168136  normal  0.574645 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2063  putative transcriptional regulator  30.22 
 
 		 280 aa  82.4  0.000000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21960  predicted transcriptional regulator  26.52 
 
 		 275 aa  82  0.000000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.153457  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4781  putative transcriptional regulator  25.25 
 
 		 210 aa  80.9  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1139  putative transcriptional regulator  26.23 
 
 		 252 aa  78.2  0.00000000000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.140272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2471  transcriptional regulator  29.52 
 
 		 238 aa  76.3  0.0000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13330  predicted transcriptional regulator  26.49 
 
 		 238 aa  76.3  0.0000000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.763143  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2510  putative transcriptional regulator  26.09 
 
 		 236 aa  75.9  0.0000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2435  transcriptional regulator  29.52 
 
 		 238 aa  75.5  0.0000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.412292  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2480  transcriptional regulator  29.52 
 
 		 238 aa  75.5  0.0000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.337028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2060  MarR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 235 aa  74.7  0.0000000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000000547125  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1166  putative transcriptional regulator  28.89 
 
 		 221 aa  72.4  0.000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.582095 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0795  putative transcriptional regulator  26.51 
 
 		 234 aa  72  0.000000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.164821  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2341  putative transcriptional regulator  25.96 
 
 		 270 aa  70.1  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.265482 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2102  transcriptional regulator  26 
 
 		 289 aa  69.7  0.00000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.697253  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1356  putative transcriptional regulator  28.02 
 
 		 248 aa  69.7  0.00000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2543  putative transcriptional regulator  25.25 
 
 		 199 aa  69.7  0.00000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14610  predicted transcriptional regulator  28.45 
 
 		 245 aa  68.6  0.00000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.330701  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0303  transcriptional regulator, TrmB  29.8 
 
 		 209 aa  68.2  0.00000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.320797  normal  0.117195 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0961  putative transcriptional regulator  26.26 
 
 		 225 aa  66.6  0.0000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.189509  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1973  putative transcriptional regulator  27.49 
 
 		 254 aa  65.9  0.0000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.490943 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1844  putative transcriptional regulator  24 
 
 		 271 aa  65.9  0.0000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000755788 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2549  transcriptional regulator  26.92 
 
 		 240 aa  65.1  0.0000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.12553  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3678  putative transcriptional regulator  26.98 
 
 		 245 aa  65.1  0.0000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.12072  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2441  putative transcriptional regulator  27.72 
 
 		 244 aa  65.1  0.0000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.47008  normal  0.125946 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0707  transcriptional regulator, TrmB  27.64 
 
 		 209 aa  63.2  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11480  predicted transcriptional regulator  26.8 
 
 		 209 aa  63.2  0.000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.902569  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2732  putative transcriptional regulator  25.12 
 
 		 220 aa  62.4  0.000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0409175 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2262  putative transcriptional regulator  25.91 
 
 		 253 aa  61.6  0.000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.148405 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1670  putative transcriptional regulator  29.47 
 
 		 270 aa  60.5  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0587994  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2223  putative transcriptional regulator  24.88 
 
 		 280 aa  60.8  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000435551  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3084  regulatory protein, ArsR  28.04 
 
 		 248 aa  58.2  0.00000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.00550431  normal  0.268013 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16120  transcriptional regulator  27.57 
 
 		 269 aa  57.8  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.778634  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>