114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5538 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_5538  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 209 aa  434  1e-121  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.912326  normal  0.622551 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4804  putative transcriptional regulator  65.55 
 
 		 210 aa  293  1e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000646734 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1246  putative transcriptional regulator  58.5 
 
 		 203 aa  242  3e-63  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.628425 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3358  putative transcriptional regulator  52.45 
 
 		 220 aa  225  3e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0338727  normal  0.270871 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1043  hypothetical protein  53.73 
 
 		 223 aa  211  7e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0030  hypothetical protein  53.73 
 
 		 223 aa  211  7e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0384  hypothetical protein  53.73 
 
 		 223 aa  211  7e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1579  hypothetical protein  53.73 
 
 		 223 aa  211  7e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.145631  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1494  hypothetical protein  53.73 
 
 		 223 aa  211  7e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1200  hypothetical protein  53.73 
 
 		 223 aa  211  7e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0108281  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0077  transcriptional regulator  53.73 
 
 		 246 aa  210  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.53122  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1289  hypothetical protein  52.24 
 
 		 253 aa  205  4e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1452  putative transcriptional regulator  51.72 
 
 		 217 aa  204  9e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.293298  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0896  putative transcriptional regulator  51.2 
 
 		 207 aa  203  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.610602 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4997  putative transcriptional regulator  47.52 
 
 		 222 aa  194  5.000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0435  putative transcriptional regulator  52.06 
 
 		 199 aa  193  2e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.341746  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4136  hypothetical protein  47.03 
 
 		 214 aa  174  6e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3788  hypothetical protein  47.03 
 
 		 222 aa  174  6e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1711  putative transcriptional regulator  43.63 
 
 		 210 aa  174  9.999999999999999e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.42173  normal  0.540015 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0018  putative transcriptional regulator  46.53 
 
 		 214 aa  172  2.9999999999999996e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00716  hypothetical protein  39.39 
 
 		 204 aa  170  1e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001755  predicted transcriptional regulator  39 
 
 		 206 aa  168  7e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0263515  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1048  putative transcriptional regulator  39.7 
 
 		 207 aa  167  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2786  putative transcriptional regulator  40.4 
 
 		 208 aa  166  2e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.788805 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1011  putative transcriptional regulator  42.71 
 
 		 207 aa  166  2e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1018  putative transcriptional regulator  42.71 
 
 		 210 aa  166  2e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1113  putative transcriptional regulator  42.21 
 
 		 207 aa  166  2e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818822 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3278  putative transcriptional regulator  42.21 
 
 		 207 aa  166  2e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0971152 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1080  putative transcriptional regulator  42.21 
 
 		 207 aa  165  4e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3079  transcriptional regulator  40 
 
 		 206 aa  164  5.9999999999999996e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0625169  normal  0.749503 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2998  transcriptional regulator  40 
 
 		 206 aa  164  6.9999999999999995e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00441752  normal  0.169259 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3176  transcriptional regulator  39.5 
 
 		 206 aa  161  5.0000000000000005e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3584  hypothetical protein  40 
 
 		 206 aa  161  7e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0091  hypothetical protein  38.38 
 
 		 205 aa  157  8e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0995  hypothetical protein  39 
 
 		 206 aa  157  8e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0915  putative transcriptional regulator  40 
 
 		 218 aa  156  2e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.949391 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0888  putative transcriptional regulator  41.71 
 
 		 211 aa  155  3e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2239  hypothetical protein  37.31 
 
 		 205 aa  152  2e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0028  transcriptional regulator  39.59 
 
 		 217 aa  151  5e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.572077  normal  0.204969 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4801  putative transcriptional regulator  32.66 
 
 		 207 aa  132  3e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000472031 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0414  putative transcriptional regulator  31.78 
 
 		 219 aa  118  7.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0425  putative transcriptional regulator  31.78 
 
 		 219 aa  117  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.973468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3451  putative transcriptional regulator  32.88 
 
 		 217 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.225926  hitchhiker  0.00000000543336 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4354  transcriptional regulator  34.65 
 
 		 228 aa  114  6.9999999999999995e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.898255 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3070  transcriptional regulator, TrmB  31.58 
 
 		 215 aa  112  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.272047 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1570  putative transcriptional regulator  33.17 
 
 		 219 aa  103  2e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.417601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0423  transcriptional regulator  31.55 
 
 		 227 aa  101  6e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.956901  normal  0.107177 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3238  putative transcriptional regulator  32.68 
 
 		 211 aa  100  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.990793 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3726  putative transcriptional regulator  32.68 
 
 		 212 aa  100  2e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.110577  hitchhiker  0.00164762 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1733  transcriptional regulator  28.37 
 
 		 214 aa  96.7  2e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.86463 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3558  putative transcriptional regulator  25.59 
 
 		 210 aa  97.1  2e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2060  MarR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 235 aa  96.7  3e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000000547125  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0402  putative transcriptional regulator  33.17 
 
 		 214 aa  96.3  3e-19  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2284  transcriptional regulator  30.35 
 
 		 214 aa  96.3  3e-19  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.123055 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03001  regulatory proteins, AsnC family protein  30.11 
 
 		 215 aa  89.7  3e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.764788 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0136  transcriptional regulator, DeoR family  23.9 
 
 		 210 aa  86.7  2e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.790585  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0795  putative transcriptional regulator  26.03 
 
 		 234 aa  85.1  7e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.164821  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5097  DeoR family transcriptional regulator  23.33 
 
 		 210 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4828  DeoR family transcriptional regulator  23.33 
 
 		 210 aa  83.2  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00756639  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4669  DeoR family transcriptional regulator  23.33 
 
 		 210 aa  83.2  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5193  DeoR family transcriptional regulator  23.33 
 
 		 210 aa  83.2  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.076054  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5103  transcriptional regulator, DeoR family  23.33 
 
 		 210 aa  83.2  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.411801  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5064  transcriptional regulator, DeoR family  23.33 
 
 		 210 aa  83.2  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4686  DeoR family transcriptional regulator  23.33 
 
 		 210 aa  82.4  0.000000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000645179  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5102  transcriptional regulator, DeoR family  22.86 
 
 		 210 aa  82  0.000000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.211932  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4781  putative transcriptional regulator  22.77 
 
 		 210 aa  81.6  0.000000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13330  predicted transcriptional regulator  28.43 
 
 		 238 aa  77  0.0000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.763143  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2063  putative transcriptional regulator  28.72 
 
 		 280 aa  75.5  0.0000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1166  putative transcriptional regulator  27.14 
 
 		 221 aa  74.3  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.582095 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2275  putative transcriptional regulator  27.08 
 
 		 237 aa  72.4  0.000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00171437  normal  0.131971 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0707  transcriptional regulator, TrmB  27.67 
 
 		 209 aa  72  0.000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2262  putative transcriptional regulator  28.34 
 
 		 253 aa  72  0.000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.148405 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2493  putative transcriptional regulator  29.21 
 
 		 211 aa  71.6  0.000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0117208  normal  0.769487 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0303  transcriptional regulator, TrmB  27.67 
 
 		 209 aa  70.5  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.320797  normal  0.117195 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2543  putative transcriptional regulator  28.28 
 
 		 199 aa  69.3  0.00000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2549  transcriptional regulator  28.02 
 
 		 240 aa  68.6  0.00000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.12553  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2175  transcriptional regulator TrmB  27.87 
 
 		 203 aa  68.2  0.00000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.168136  normal  0.574645 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1844  putative transcriptional regulator  24.17 
 
 		 271 aa  62.8  0.000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000755788 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0414  putative transcriptional regulator  22.97 
 
 		 220 aa  62.4  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.802259  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1356  putative transcriptional regulator  26.73 
 
 		 248 aa  61.2  0.00000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1134  putative transcriptional regulator  26.47 
 
 		 273 aa  60.8  0.00000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.767556  normal  0.0484804 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2382  regulatory protein ArsR  25.68 
 
 		 274 aa  60.1  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.307498  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2387  transcriptional regulator protein-like protein  25.29 
 
 		 250 aa  58.9  0.00000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.328356  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2681  putative transcriptional regulator  24.7 
 
 		 223 aa  58.9  0.00000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.381379  normal  0.0939386 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0961  putative transcriptional regulator  22.28 
 
 		 225 aa  58.5  0.00000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.189509  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2296  putative transcriptional regulator  29.38 
 
 		 216 aa  57.8  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000000358822  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2102  transcriptional regulator  24.64 
 
 		 289 aa  57  0.0000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.697253  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2510  putative transcriptional regulator  23.76 
 
 		 236 aa  56.6  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1973  putative transcriptional regulator  25.62 
 
 		 254 aa  56.6  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.490943 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2819  putative transcriptional regulator  26.49 
 
 		 216 aa  53.1  0.000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1139  putative transcriptional regulator  22.66 
 
 		 252 aa  52  0.000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.140272  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11480  predicted transcriptional regulator  26.29 
 
 		 209 aa  51.6  0.000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.902569  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1629  putative transcriptional regulator  25.93 
 
 		 213 aa  51.2  0.00001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.346983  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21960  predicted transcriptional regulator  23.2 
 
 		 275 aa  50.8  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.153457  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2964  putative transcriptional regulator  24.04 
 
 		 258 aa  50.8  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2341  putative transcriptional regulator  25.96 
 
 		 270 aa  49.7  0.00003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.265482 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38980  predicted transcriptional regulator  27.84 
 
 		 227 aa  48.5  0.00007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.224928 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2471  transcriptional regulator  24.63 
 
 		 238 aa  48.1  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5988  putative transcriptional regulator  23.15 
 
 		 270 aa  47.8  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.423891  normal  0.331781 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2435  transcriptional regulator  24.63 
 
 		 238 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.412292  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>