182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2550 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2550  transcriptional regulator-related protein  100 
 
 		 230 aa  471  1e-132  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1787  CRP/FNR family transcriptional regulator  88.7 
 
 		 232 aa  425  1e-118  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.22283  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1316  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  47.91 
 
 		 247 aa  202  3e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.327041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0178  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  45.41 
 
 		 237 aa  188  7e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5290  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.09 
 
 		 239 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.420985  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5568  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.09 
 
 		 239 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1693  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.09 
 
 		 239 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.3052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1684  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.09 
 
 		 239 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5274  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 239 aa  179  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5585  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 239 aa  179  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.808754 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2530  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 244 aa  179  4e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.201087 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1714  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.28 
 
 		 244 aa  179  4e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1669  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 244 aa  178  7e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0359086 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3898  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.17 
 
 		 239 aa  176  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.472058  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4335  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.43 
 
 		 246 aa  174  8e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.157616 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4275  cyclic nucleotide-binding protein  38.43 
 
 		 246 aa  174  8e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4421  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 243 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5104  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 243 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5755  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 243 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.132685 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1786  cyclic nucleotide-binding protein  36.28 
 
 		 255 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.150342  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5994  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.93 
 
 		 235 aa  171  6.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2551  transcriptional regulator-related protein  36.89 
 
 		 255 aa  170  1e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2740  CRP/FNR family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 232 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00150781  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1637  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.41 
 
 		 232 aa  170  2e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0811489  hitchhiker  0.00000101787 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2723  CRP/FNR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 232 aa  169  2e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3820  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  38.32 
 
 		 239 aa  169  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.051999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1115  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 250 aa  169  5e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.804671  normal  0.524469 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0397  CRP/FNR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 244 aa  168  7e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.934312  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1315  CRP/FNR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 238 aa  167  1e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.63413  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.72 
 
 		 246 aa  166  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2043  cyclic nucleotide-binding  37.85 
 
 		 439 aa  166  2.9999999999999998e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0177  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.73 
 
 		 238 aa  166  2.9999999999999998e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1182  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 240 aa  165  4e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.939173  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0542  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 239 aa  162  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.936935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1519  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 239 aa  161  9e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2260  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.41 
 
 		 254 aa  160  1e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3549  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  41.33 
 
 		 239 aa  161  1e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0520  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 239 aa  160  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6495  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 267 aa  159  4e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.956501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5358  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 240 aa  158  5e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1130  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 267 aa  159  5e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.440884 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2132  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 247 aa  158  8e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0511998 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4529  CRP/FNR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 258 aa  158  8e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0459057  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3627  CRP/FNR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 245 aa  157  2e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.460124 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3671  CRP/FNR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 260 aa  156  3e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1647  CRP/FNR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 263 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.362036  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0905  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.5 
 
 		 243 aa  155  7e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2386  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 268 aa  154  8e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.799782  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5841  Crp/Fnr family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 242 aa  154  8e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1390  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.21 
 
 		 236 aa  152  2.9999999999999998e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2891  hypothetical protein  36.24 
 
 		 269 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1963  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 246 aa  152  2.9999999999999998e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.555453  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0045  hypothetical protein  36.24 
 
 		 269 aa  152  4e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0821  hypothetical protein  36.24 
 
 		 312 aa  152  4e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2194  hypothetical protein  36.24 
 
 		 269 aa  152  4e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.396995  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0645  hypothetical protein  36.24 
 
 		 269 aa  152  4e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0659  hypothetical protein  36.24 
 
 		 269 aa  152  4e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2513  hypothetical protein  36.24 
 
 		 269 aa  152  4e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.225416  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2533  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  36.62 
 
 		 245 aa  151  8e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.23322 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1444  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 231 aa  150  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.382452 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4113  CRP/FNR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 260 aa  149  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3639  CRP/FNR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 260 aa  148  5e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3729  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 244 aa  148  6e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0534  hypothetical protein  35.78 
 
 		 344 aa  147  9e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2036  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.411103  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5269  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 340 aa  145  5e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5590  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 242 aa  145  5e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1232  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 257 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000235089 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4389  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 260 aa  142  5e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1916  cyclic nucleotide-binding  36.87 
 
 		 274 aa  142  6e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0876  transcriptional regulator-related protein  32.26 
 
 		 258 aa  140  9.999999999999999e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1537  hypothetical protein  35.91 
 
 		 236 aa  139  3e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1802  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 260 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.642506 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3626  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 239 aa  138  7.999999999999999e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.468145 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5838  cyclic nucleotide-binding  34.26 
 
 		 242 aa  137  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.358125  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0831  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  34.27 
 
 		 255 aa  137  1e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.104237  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4412  cyclic nucleotide-binding protein  33.03 
 
 		 234 aa  136  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.758145 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3301  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 260 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.228531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2702  cyclic nucleotide-binding protein  32.27 
 
 		 230 aa  137  2e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4150  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 260 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0712018  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4216  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 260 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.317081 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1356  hypothetical protein  35.35 
 
 		 236 aa  136  3.0000000000000003e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.073199  normal  0.394003 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2537  transcriptional regulator-related protein  34.72 
 
 		 252 aa  136  3.0000000000000003e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.656483  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1631  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 248 aa  135  4e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4411  cyclic nucleotide-binding protein  36.73 
 
 		 238 aa  135  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.76047 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3744  cyclic nucleotide-binding protein  41.14 
 
 		 247 aa  134  9e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0789  cyclic nucleotide-binding  35.75 
 
 		 240 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.424436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4409  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 236 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.47639 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1448  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 269 aa  132  5e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.957897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1680  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 340 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2397  cyclic nucleotide-binding protein  36.15 
 
 		 243 aa  129  3e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2120  cyclic nucleotide-binding  35.78 
 
 		 243 aa  129  3e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0341739 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3012  cyclic nucleotide-binding protein  34.4 
 
 		 242 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.791421  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3376  cyclic nucleotide-binding protein  34.88 
 
 		 236 aa  125  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1833  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 237 aa  125  5e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2074  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.75 
 
 		 246 aa  125  7e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.83722  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5843  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.53 
 
 		 254 aa  124  9e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.918646  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5568  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 		 239 aa  124  9e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.192457  normal  0.0307688 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2958  cyclic nucleotide-binding  31.19 
 
 		 248 aa  123  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.369311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1943  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 258 aa  123  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.706004  decreased coverage  0.00341057 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>