175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1916 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_1916  cyclic nucleotide-binding  100 
 
 
274 aa  565  1e-160  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1182  Crp/FNR family transcriptional regulator  67.54 
 
 
240 aa  325  6e-88  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.939173  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0542  Crp/FNR family transcriptional regulator  61.11 
 
 
239 aa  309  2e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.936935  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3820  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  62.5 
 
 
239 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.051999  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1315  CRP/FNR family transcriptional regulator  63.98 
 
 
238 aa  307  1.0000000000000001e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.63413  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1963  CRP/FNR family transcriptional regulator  63.95 
 
 
246 aa  303  2.0000000000000002e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.555453  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1693  Crp/FNR family transcriptional regulator  63.6 
 
 
239 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.3052  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1684  Crp/FNR family transcriptional regulator  63.6 
 
 
239 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5104  Crp/FNR family transcriptional regulator  62.39 
 
 
243 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5290  Crp/FNR family transcriptional regulator  63.6 
 
 
239 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.420985  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5568  Crp/FNR family transcriptional regulator  63.6 
 
 
239 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5755  Crp/FNR family transcriptional regulator  62.39 
 
 
243 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.132685 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4421  Crp/FNR family transcriptional regulator  62.39 
 
 
243 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3898  Crp/FNR family transcriptional regulator  63.6 
 
 
239 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.472058  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0177  Crp/FNR family transcriptional regulator  62.71 
 
 
238 aa  301  8.000000000000001e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2260  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  61.11 
 
 
254 aa  300  2e-80  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5274  Crp/FNR family transcriptional regulator  63.16 
 
 
239 aa  300  2e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5585  Crp/FNR family transcriptional regulator  63.16 
 
 
239 aa  300  2e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.808754 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3549  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  66.52 
 
 
239 aa  299  4e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1647  CRP/FNR family transcriptional regulator  63.52 
 
 
263 aa  296  3e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.362036  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0520  Crp/FNR family transcriptional regulator  61.95 
 
 
239 aa  293  1e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1519  Crp/FNR family transcriptional regulator  61.4 
 
 
239 aa  291  6e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1115  Crp/FNR family transcriptional regulator  61.16 
 
 
250 aa  287  1e-76  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.804671  normal  0.524469 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2132  Crp/FNR family transcriptional regulator  60.17 
 
 
247 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0511998 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2740  CRP/FNR family transcriptional regulator  58.04 
 
 
232 aa  278  6e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00150781  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  61.5 
 
 
246 aa  278  8e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1637  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  57.59 
 
 
232 aa  278  1e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0811489  hitchhiker  0.00000101787 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2386  Crp/FNR family transcriptional regulator  55.9 
 
 
268 aa  276  2e-73  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.799782  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3627  CRP/FNR family transcriptional regulator  58.41 
 
 
245 aa  277  2e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.460124 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0397  CRP/FNR family transcriptional regulator  56.17 
 
 
244 aa  276  4e-73  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.934312  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2723  CRP/FNR family transcriptional regulator  57.59 
 
 
232 aa  275  7e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2551  transcriptional regulator-related protein  55.46 
 
 
255 aa  273  3e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1786  cyclic nucleotide-binding protein  55.98 
 
 
255 aa  271  9e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.150342  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0876  transcriptional regulator-related protein  51.61 
 
 
258 aa  270  2e-71  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2043  cyclic nucleotide-binding  54.59 
 
 
439 aa  266  2e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3626  CRP/FNR family transcriptional regulator  54.74 
 
 
239 aa  266  4e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.468145 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2036  Crp/FNR family transcriptional regulator  51.08 
 
 
255 aa  262  4e-69  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.411103  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1390  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  55.46 
 
 
236 aa  262  4.999999999999999e-69  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5841  Crp/Fnr family transcriptional regulator  54.91 
 
 
242 aa  255  4e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0831  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  50 
 
 
255 aa  255  5e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.104237  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5269  Crp/FNR family transcriptional regulator  56 
 
 
340 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5358  Crp/FNR family transcriptional regulator  53.54 
 
 
240 aa  253  3e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5590  Crp/FNR family transcriptional regulator  56 
 
 
242 aa  253  3e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1680  Crp/FNR family transcriptional regulator  54.51 
 
 
340 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2530  Crp/FNR family transcriptional regulator  49.55 
 
 
244 aa  240  2e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.201087 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1714  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  49.55 
 
 
244 aa  240  2e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6495  Crp/FNR family transcriptional regulator  49.11 
 
 
267 aa  236  2e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.956501  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1669  Crp/FNR family transcriptional regulator  49.11 
 
 
244 aa  237  2e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0359086 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1130  Crp/FNR family transcriptional regulator  48.66 
 
 
267 aa  236  4e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.440884 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0534  hypothetical protein  46.89 
 
 
344 aa  222  7e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0821  hypothetical protein  45.68 
 
 
312 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0045  hypothetical protein  47.35 
 
 
269 aa  216  5e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2194  hypothetical protein  47.35 
 
 
269 aa  216  5e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.396995  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0645  hypothetical protein  47.35 
 
 
269 aa  216  5e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0659  hypothetical protein  47.35 
 
 
269 aa  216  5e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2513  hypothetical protein  47.35 
 
 
269 aa  216  5e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.225416  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2891  hypothetical protein  46.9 
 
 
269 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0905  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.75 
 
 
243 aa  210  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4389  CRP/FNR family transcriptional regulator  45.11 
 
 
260 aa  210  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4113  CRP/FNR family transcriptional regulator  42.68 
 
 
260 aa  209  5e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3639  CRP/FNR family transcriptional regulator  42.68 
 
 
260 aa  209  5e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0678  transcriptional regulator-related protein  45.81 
 
 
259 aa  208  7e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3729  Crp/FNR family transcriptional regulator  44.64 
 
 
244 aa  208  7e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1802  CRP/FNR family transcriptional regulator  44.87 
 
 
260 aa  206  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.642506 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3301  CRP/FNR family transcriptional regulator  44.44 
 
 
260 aa  203  2e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.228531  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4150  CRP/FNR family transcriptional regulator  44.44 
 
 
260 aa  203  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0712018  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4216  CRP/FNR family transcriptional regulator  44.44 
 
 
260 aa  203  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.317081 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4335  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  41.63 
 
 
246 aa  202  5e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.157616 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4275  cyclic nucleotide-binding protein  41.63 
 
 
246 aa  202  5e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5538  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  41.03 
 
 
338 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.13336 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2533  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  40.44 
 
 
245 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.23322 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1444  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.56 
 
 
231 aa  183  3e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.382452 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4411  cyclic nucleotide-binding protein  39.66 
 
 
238 aa  181  1e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.76047 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4412  cyclic nucleotide-binding protein  40.09 
 
 
234 aa  179  2.9999999999999997e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.758145 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1803  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  40.26 
 
 
260 aa  177  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.940968 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4151  cyclic nucleotide-binding protein  39.83 
 
 
260 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.066887  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4215  cyclic nucleotide-binding protein  39.83 
 
 
260 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.32687 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3302  cyclic nucleotide-binding protein  39.83 
 
 
260 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.896655  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5838  cyclic nucleotide-binding  40.25 
 
 
242 aa  176  3e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.358125  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0533  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  37.39 
 
 
279 aa  176  3e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1631  CRP/FNR family transcriptional regulator  40.62 
 
 
248 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4390  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.39 
 
 
262 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0044  hypothetical protein  36.4 
 
 
264 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0820  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  36.4 
 
 
264 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4112  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.39 
 
 
260 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.21872  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3638  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.39 
 
 
260 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.810251  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2890  hypothetical protein  36.4 
 
 
264 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2195  hypothetical protein  36.4 
 
 
264 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0643  hypothetical protein  36.4 
 
 
264 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0657  hypothetical protein  36.4 
 
 
264 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2512  hypothetical protein  36.4 
 
 
264 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.315481  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1356  hypothetical protein  40.17 
 
 
236 aa  169  4e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.073199  normal  0.394003 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2537  transcriptional regulator-related protein  39.56 
 
 
252 aa  167  2e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.656483  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1537  hypothetical protein  39.74 
 
 
236 aa  165  9e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3744  cyclic nucleotide-binding protein  38.33 
 
 
247 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2702  cyclic nucleotide-binding protein  39.65 
 
 
230 aa  162  4.0000000000000004e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1787  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.06 
 
 
232 aa  161  1e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.22283  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4409  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.1 
 
 
236 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.47639 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1316  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  38.43 
 
 
247 aa  157  2e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.327041  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1232  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.36 
 
 
257 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000235089 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>