More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0060 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_0060  sensor histidine kinase  100 
 
 
348 aa  709    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0052  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  87.93 
 
 
348 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00327886 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0060  ATPase domain-containing protein  87.64 
 
 
348 aa  600  1e-170  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000213269 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0054  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  87.64 
 
 
348 aa  596  1e-169  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000245191 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0052  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  80.98 
 
 
348 aa  579  1e-164  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0049  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  74.64 
 
 
348 aa  530  1e-149  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.230731  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0057  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  74.49 
 
 
348 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  unclonable  0.0000063575 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4302  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  74.49 
 
 
348 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.269088  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0056  histidine kinase  74.2 
 
 
348 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001286  osmosensitive K+ channel histidine kinase KdpD  52.68 
 
 
344 aa  353  2.9999999999999997e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.135426  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4478  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  53.35 
 
 
356 aa  348  6e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000020806 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04384  sensor protein KdpD  37.69 
 
 
886 aa  163  5.0000000000000005e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4547  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  37.14 
 
 
907 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.657625 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0288  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  36.75 
 
 
891 aa  156  5.0000000000000005e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.399581 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4239  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  39.29 
 
 
894 aa  155  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1885  sensor protein KdpD  37 
 
 
913 aa  155  1e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.899073  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2695  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  36.73 
 
 
897 aa  149  5e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0787652  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1158  osmosensitive K+ channel Signal transduction histidine kinase  37.09 
 
 
897 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1099  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  35.71 
 
 
896 aa  148  1.0000000000000001e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0205  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  32.8 
 
 
905 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0504011  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6071  two component sensor kinase  36.48 
 
 
902 aa  147  2.0000000000000003e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1171  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 
356 aa  147  3e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3078  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  34.78 
 
 
886 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3123  histidine kinase  31.44 
 
 
356 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0950  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  34 
 
 
902 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.102044  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3716  sensor protein KdpD  36.12 
 
 
914 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0665  osmosensitive K+ channel His kinase sensor  33.47 
 
 
907 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.952242 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1268  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  34.15 
 
 
887 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2926  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  34.15 
 
 
887 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0197  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  33.6 
 
 
907 aa  143  5e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.262626  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2483  sensor histidine kinase KdpD  34.16 
 
 
885 aa  142  6e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3227  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  35.04 
 
 
890 aa  142  6e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1224  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  36.2 
 
 
889 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3410  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  35.47 
 
 
907 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2436  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  34.58 
 
 
888 aa  140  3e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.747553 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2214  sensor histidine kinase KdpD  33.46 
 
 
910 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.428081  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24520  osmosensory K+channel histidine protein kinase, KdpD  35.68 
 
 
874 aa  140  3.9999999999999997e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.889371  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0236  osmosensitive K channel His kinase sensor  32.24 
 
 
905 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3779  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  31.85 
 
 
912 aa  139  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4158  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  35.24 
 
 
884 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.930921  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1710  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  35.24 
 
 
884 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4648  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  32.17 
 
 
900 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3764  histidine kinase  33.47 
 
 
545 aa  137  3.0000000000000003e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.285896 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3637  two-component sensor KdpD  37.32 
 
 
885 aa  136  4e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6335  sensory histidine kinase in two-component regulatory system wtih KdpE, regulation of potassium translocation  31.9 
 
 
905 aa  137  4e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0342372 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43350  two-component sensor KdpD  36.84 
 
 
885 aa  136  4e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.619422  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2823  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  33.61 
 
 
901 aa  136  6.0000000000000005e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2605  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  33.47 
 
 
892 aa  135  7.000000000000001e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3483  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  34.78 
 
 
884 aa  135  8e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0181  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  31.84 
 
 
905 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2050  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  35.43 
 
 
887 aa  134  3e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.296359 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3103  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.47 
 
 
522 aa  133  6e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2245  sensor protein KdpD  34.53 
 
 
887 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.199032  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5361  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  31.73 
 
 
897 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0303077 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3236  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  32.02 
 
 
900 aa  131  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.734401  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3730  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  34.36 
 
 
884 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2273  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  35.25 
 
 
895 aa  130  4.0000000000000003e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4030  osmosensitive K+ channel Signal transduction histidine kinase  33.48 
 
 
883 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.706395 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0743  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.79 
 
 
342 aa  128  1.0000000000000001e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1460  ATP-binding region ATPase domain protein  27.6 
 
 
341 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0119826  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2095  histidine kinase  32.19 
 
 
539 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0892  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  33.09 
 
 
902 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5839  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  31.38 
 
 
902 aa  126  7e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.243698  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1874  Osmosensitive K channel His kinase sensor  33.45 
 
 
895 aa  125  8.000000000000001e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.743469  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2991  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  32.58 
 
 
894 aa  125  1e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3503  histidine kinase  31 
 
 
387 aa  125  1e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6751  Osmosensitive K channel His kinase sensor  31.95 
 
 
902 aa  123  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0748  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.97 
 
 
815 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3385  two-component sensor kinase KDPD transcription regulator protein  33.33 
 
 
937 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3779  Osmosensitive K channel His kinase sensor  32.87 
 
 
857 aa  120  3.9999999999999996e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.135978  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1446  histidine kinase  29.41 
 
 
486 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10590  sensory histidine protein kinase  32.11 
 
 
488 aa  118  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0943  histidine kinase  32.1 
 
 
530 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.215183  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0940  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.1 
 
 
530 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.104669  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3803  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  31 
 
 
846 aa  117  3e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.109811  normal  0.511029 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0464  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.61 
 
 
614 aa  117  3e-25  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.778528  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0387  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.79 
 
 
502 aa  117  3.9999999999999997e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0436  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  30.71 
 
 
851 aa  116  5e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2541  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.9 
 
 
503 aa  116  6e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0250  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.13 
 
 
541 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4254  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.68 
 
 
514 aa  115  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1864  ATPase domain-containing protein  30.1 
 
 
371 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1495  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.87 
 
 
579 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0041  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  31.86 
 
 
967 aa  114  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.538382  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1027  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.12 
 
 
473 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2494  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.9 
 
 
489 aa  112  7.000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.228009 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1437  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.21 
 
 
640 aa  112  9e-24  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0464  sensor histidine kinase  32.11 
 
 
497 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472628  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3766  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.5 
 
 
466 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.120654 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0881  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.82 
 
 
590 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1080  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  31.08 
 
 
902 aa  110  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.987638  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0300  Osmosensitive K channel His kinase sensor  30.17 
 
 
850 aa  110  3e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.569489 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3273  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.8 
 
 
585 aa  110  3e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2843  Osmosensitive K channel His kinase sensor  31.82 
 
 
926 aa  110  4.0000000000000004e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0708  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.84 
 
 
453 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1513  Osmosensitive K channel His kinase sensor  28.89 
 
 
832 aa  110  5e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.919123  normal  0.325958 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4762  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  32.38 
 
 
850 aa  110  5e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.400421  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2503  two-component regulatory protein sensor kinase  32.08 
 
 
906 aa  110  5e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2122  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.82 
 
 
464 aa  110  5e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0244  histidine kinase  31.6 
 
 
391 aa  109  8.000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.300489  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>