More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2999 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2999  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 		 287 aa  570  1.0000000000000001e-162  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3346  transcriptional regulator, RpiR family  99.3 
 
 		 287 aa  565  1e-160  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0662  RpiR family transcriptional regulator  54.04 
 
 		 303 aa  255  5e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0928  RpiR family transcriptional regulator  53.03 
 
 		 310 aa  248  8e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3330  RpiR family transcriptional regulator  46.32 
 
 		 305 aa  206  3e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.171087 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1220  transcriptional regulator, RpiR family  47.47 
 
 		 303 aa  205  7e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.930143  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 278 aa  175  8e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 273 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3388  RpiR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 284 aa  166  5.9999999999999996e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1778  RpiR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 281 aa  165  1.0000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.141472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 281 aa  164  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0672  transcriptional regulator, RpiR family  38.02 
 
 		 281 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.654483  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0694  RpiR family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 281 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592918 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5676  RpiR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 323 aa  163  4.0000000000000004e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.321786 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  40.93 
 
 		 281 aa  161  9e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1124  RpiR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 282 aa  159  4e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.673079  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2132  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 641 aa  159  7e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1025  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 638 aa  159  7e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.745776  normal  0.175715 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0625  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  37.94 
 
 		 639 aa  157  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3090  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 641 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2612  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 620 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.85018  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3055  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 641 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.570164  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3001  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 641 aa  157  1e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0778  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 620 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2002  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 620 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0837  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 642 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2433  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 642 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.399098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0926  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 642 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.789642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4068  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 642 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0150237  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1550  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 641 aa  157  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0486  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 642 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0825  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 642 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125163  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0965  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 642 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0899614  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0941  RpiR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 281 aa  157  2e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0472093  normal  0.387072 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3454  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 638 aa  156  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0454105  normal  0.179776 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 282 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 282 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 282 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 282 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 282 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 318 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1216  RpiR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 334 aa  154  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.3152  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2422  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.69 
 
 		 289 aa  152  4e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0329148  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1831  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.97 
 
 		 289 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.197793  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2049  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.94 
 
 		 284 aa  152  7e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000665792  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0652  RpiR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 281 aa  152  8e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  0.0629992 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1223  RpiR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 339 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2447  RpiR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 332 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3444  RpiR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 339 aa  151  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 282 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2634  RpiR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 332 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3409  RpiR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 332 aa  151  1e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.977628  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0365  RpiR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 332 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2336  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.58 
 
 		 284 aa  151  2e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.760972  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3444  RpiR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 332 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1891  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.29 
 
 		 284 aa  150  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1333  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.26 
 
 		 289 aa  150  3e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0116463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2083  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.26 
 
 		 289 aa  150  3e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.688583  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2589  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.26 
 
 		 289 aa  150  3e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00161066  normal  0.817634 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01824  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.9 
 
 		 289 aa  149  4e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000364184  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1787  transcriptional regulator, RpiR family  31.9 
 
 		 289 aa  149  4e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000522748  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2041  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.33 
 
 		 289 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2046  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.33 
 
 		 289 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.45003 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2101  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.33 
 
 		 289 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.928102 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1779  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.9 
 
 		 289 aa  149  4e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0686365  normal  0.239123 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01812  hypothetical protein  31.9 
 
 		 289 aa  149  4e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000387969  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.9 
 
 		 289 aa  149  4e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.90466  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2540  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.22 
 
 		 284 aa  149  4e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0495107  normal  0.0835263 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1237  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.33 
 
 		 289 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.101978  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1361  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.33 
 
 		 289 aa  149  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.812613  hitchhiker  0.000131827 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02633  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.29 
 
 		 284 aa  149  6e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2047  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.94 
 
 		 284 aa  149  8e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.20632 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1928  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.94 
 
 		 284 aa  149  8e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0915843  normal  0.285781 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.62 
 
 		 308 aa  149  8e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2152  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.94 
 
 		 284 aa  149  8e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.284863  normal  0.555524 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2069  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.86 
 
 		 284 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000131353  hitchhiker  0.000414379 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.54 
 
 		 289 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2724  RpiR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 282 aa  146  3e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2080  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.29 
 
 		 286 aa  147  3e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00496237  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2490  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.58 
 
 		 284 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  36.62 
 
 		 299 aa  145  5e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0718  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.86 
 
 		 284 aa  145  6e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3272  RpiR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 289 aa  145  1e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.854433  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4054  RpiR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 287 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.544392  normal  0.902505 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1813  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.22 
 
 		 284 aa  144  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000867158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2174  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.22 
 
 		 284 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.271639  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2255  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.22 
 
 		 284 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000281724  hitchhiker  0.00000550313 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4528  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.22 
 
 		 284 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2242  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.22 
 
 		 284 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1865  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.22 
 
 		 284 aa  143  3e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.22 
 
 		 284 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00123484  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 338 aa  143  4e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.86 
 
 		 282 aa  142  5e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2413  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.22 
 
 		 301 aa  142  5e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000012699  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2023  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.22 
 
 		 289 aa  142  5e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.197371  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2135  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.22 
 
 		 301 aa  142  5e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2245  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.82 
 
 		 289 aa  141  9.999999999999999e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7211  transcriptional regulator, RpiR family  34.59 
 
 		 287 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.84474  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0423  RpiR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 287 aa  140  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2031  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.14 
 
 		 284 aa  139  3.9999999999999997e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0294963  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>