52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2888 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2888  putative signal peptide protein  100 
 
 		 103 aa  201  4e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.381064  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2957  putative signal peptide protein  80.39 
 
 		 115 aa  162  1.0000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.516221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3235  putative signal peptide protein  93.26 
 
 		 103 aa  162  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3254  sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  43.96 
 
 		 98 aa  73.2  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.200949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3233  hypothetical protein  49.4 
 
 		 89 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.453275  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1782  hypothetical protein  49.4 
 
 		 89 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.921586  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3672  hypothetical protein  49.4 
 
 		 89 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.27307  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3730  hypothetical protein  49.4 
 
 		 89 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.302117  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2771  hypothetical protein  49.4 
 
 		 89 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2721  hypothetical protein  49.4 
 
 		 89 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.681129  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3700  hypothetical protein  49.4 
 
 		 636 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3117  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  46 
 
 		 117 aa  69.3  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.235733  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2999  hypothetical protein  48.78 
 
 		 89 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3517  hypothetical protein  46.34 
 
 		 91 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344282  normal  0.476253 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0337  hypothetical protein  47.56 
 
 		 91 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.215327  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0398  hypothetical protein  45.12 
 
 		 91 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0346  hypothetical protein  46.34 
 
 		 91 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.782887  normal  0.290833 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2765  hypothetical protein  53.33 
 
 		 101 aa  62  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3566  hypothetical protein  54.72 
 
 		 97 aa  62  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0915222  hitchhiker  0.0000394569 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0322  hypothetical protein  56.6 
 
 		 91 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0535747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0392  hypothetical protein  50 
 
 		 97 aa  57  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5531  sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  41.57 
 
 		 93 aa  57  0.00000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.998099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3096  putative signal peptide protein  41.67 
 
 		 93 aa  55.1  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.391422  normal  0.253886 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0419  hypothetical protein  46.34 
 
 		 91 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.982454  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2688  hypothetical protein  46.34 
 
 		 91 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0153015  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0690  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  45.45 
 
 		 97 aa  53.5  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1159  sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  41.67 
 
 		 90 aa  53.1  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.306172  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4443  STAS domain protein  31.87 
 
 		 101 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.846038  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3389  sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  44.71 
 
 		 87 aa  52  0.000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0101  sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  43.64 
 
 		 85 aa  51.6  0.000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4137  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  33.71 
 
 		 101 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0100  sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  40 
 
 		 85 aa  50.4  0.000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.000362736  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0721  sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  42.22 
 
 		 89 aa  49.3  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0753  sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  42.22 
 
 		 89 aa  49.3  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2940  sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  41.57 
 
 		 100 aa  48.5  0.00003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.764051  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3397  NTP binding protein  36.56 
 
 		 93 aa  48.9  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1018  sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  41.11 
 
 		 96 aa  47.4  0.00007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0798  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  40.62 
 
 		 89 aa  45.8  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.155006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2402  sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  37.08 
 
 		 89 aa  45.8  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.12497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0241  STAS domain-containing protein  32.35 
 
 		 85 aa  44.3  0.0006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.6128 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4253  anti-sigma-factor antagonist  32.22 
 
 		 100 aa  43.5  0.0009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0969  anti-sigma-factor antagonist  31.11 
 
 		 100 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1001  hypothetical protein  30 
 
 		 93 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0962  toluene-tolerance protein  30 
 
 		 100 aa  43.5  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1966  STAS domain-containing protein  30.21 
 
 		 120 aa  43.5  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.104039  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0341  hypothetical protein  35.96 
 
 		 105 aa  42  0.003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.516535  normal  0.750454 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0162  hypothetical protein  40.32 
 
 		 80 aa  42  0.003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4356  anti-sigma-factor antagonist  37.04 
 
 		 99 aa  41.6  0.004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.36645  normal  0.0117925 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2783  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  30.53 
 
 		 123 aa  41.6  0.004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.309096  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2160  anti-sigma-factor antagonist  29.41 
 
 		 116 aa  40.8  0.006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1895  NTP binding protein  36.05 
 
 		 92 aa  40.4  0.008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0880  anti-sigma-factor antagonist  32.22 
 
 		 101 aa  40.4  0.008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.156501  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>