48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0880 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0880  anti-sigma-factor antagonist  100 
 
 		 101 aa  192  9e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.156501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5024  hypothetical protein  69.31 
 
 		 102 aa  140  8e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57830  hypothetical protein  68.32 
 
 		 102 aa  136  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4443  STAS domain protein  59.41 
 
 		 101 aa  122  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.846038  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12890  STAS family protein  63.37 
 
 		 102 aa  121  3e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4137  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  62.24 
 
 		 101 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0867  anti-sigma-factor antagonist (STAS)  60.2 
 
 		 101 aa  96.3  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.991385  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0962  toluene-tolerance protein  56.12 
 
 		 100 aa  90.9  5e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0969  anti-sigma-factor antagonist  56.12 
 
 		 100 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4253  anti-sigma-factor antagonist  53.06 
 
 		 100 aa  87.4  6e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1001  hypothetical protein  57.95 
 
 		 93 aa  82.8  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2783  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  35.96 
 
 		 123 aa  56.2  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.309096  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2219  anti-sigma-factor antagonist  38.2 
 
 		 109 aa  54.3  0.0000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03182  STAS domain protein  37.29 
 
 		 102 aa  48.5  0.00003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0118  anti-sigma-factor antagonist  26.19 
 
 		 111 aa  47.8  0.00005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1966  STAS domain-containing protein  30.21 
 
 		 120 aa  46.6  0.0001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.104039  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2116  anti-sigma-factor antagonist  29.03 
 
 		 104 aa  45.8  0.0002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3804  anti-sigma-factor antagonist  33.66 
 
 		 97 aa  45.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.002729  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1334  anti-sigma-factor antagonist  25.29 
 
 		 110 aa  44.7  0.0005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0232359  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2898  anti-sigma-factor antagonist  23.6 
 
 		 104 aa  44.3  0.0005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.195933  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2888  putative signal peptide protein  38.64 
 
 		 103 aa  43.5  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.381064  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1352  anti-sigma-factor antagonist  25.29 
 
 		 110 aa  43.5  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0187779  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3867  Anti-anti-sigma regulatory factor (antagonist of anti-sigma factor)-like protein  27.62 
 
 		 114 aa  43.5  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0564534  normal  0.0300049 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1782  hypothetical protein  37.5 
 
 		 89 aa  42.7  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.921586  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2957  putative signal peptide protein  37.5 
 
 		 115 aa  42.7  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.516221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0557  anti-sigma-factor antagonist  27.37 
 
 		 110 aa  42.4  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.102559  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3672  hypothetical protein  37.5 
 
 		 89 aa  42.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.27307  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3730  hypothetical protein  37.5 
 
 		 89 aa  42.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.302117  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2771  hypothetical protein  37.5 
 
 		 89 aa  42.7  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2721  hypothetical protein  37.5 
 
 		 89 aa  42.7  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.681129  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3233  hypothetical protein  37.5 
 
 		 89 aa  42.7  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.453275  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3990  anti-sigma-factor antagonist  34.04 
 
 		 117 aa  42.7  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000129231  normal  0.121632 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4033  anti-sigma-factor antagonist  29.79 
 
 		 110 aa  41.6  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5145  anti-sigma-factor antagonist  29.41 
 
 		 115 aa  42  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.117847  normal  0.839532 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5017  anti-sigma-factor antagonist  34.88 
 
 		 119 aa  42  0.003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0990  anti sigma b factor antagonist RsbV  26.14 
 
 		 111 aa  41.2  0.005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0501  anti-sigma-factor antagonist  31.76 
 
 		 109 aa  41.2  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.868486 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0926  anti sigma b factor antagonist RsbV  26.14 
 
 		 111 aa  41.2  0.005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3055  anti-sigma factor antagonist  31.82 
 
 		 151 aa  40.8  0.006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3254  sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  35.09 
 
 		 98 aa  40.8  0.007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.200949  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0911  anti-sigma B factor antagonist (RsbV)  26.14 
 
 		 111 aa  40.4  0.008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000190943  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2999  hypothetical protein  36.71 
 
 		 89 aa  40.4  0.008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1031  anti sigma b factor antagonist RsbV  25 
 
 		 112 aa  40.4  0.009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3700  hypothetical protein  42.65 
 
 		 636 aa  40.4  0.009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5531  sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  35.94 
 
 		 93 aa  40.4  0.009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.998099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1322  protein of unknown function DUF140  39.73 
 
 		 382 aa  40.4  0.009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.619547  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0035  anti-sigma-factor antagonist  34.18 
 
 		 116 aa  40.4  0.009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2672  anti-sigma-factor antagonist  29.89 
 
 		 122 aa  40  0.01  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>