27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_6218 on replicon NC_007972
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012849  Rpic12D_5278  hypothetical protein  60.24 
 
 		 774 aa  899    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0366308  normal  0.984041 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1637  putative DNA repair ATPase  60.24 
 
 		 774 aa  899    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.383866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6218  putative DNA repair ATPase  100 
 
 		 757 aa  1527    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.657002 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6786  putative ATPase involved in DNA repair  52.57 
 
 		 773 aa  748    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.732843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2237  putative DNA repair ATPase  36.84 
 
 		 820 aa  439  1e-121  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.079976 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1571  putative DNA repair ATPase  36.05 
 
 		 822 aa  427  1e-118  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.490564  normal  0.107556 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2558  putative DNA repair ATPase  34.53 
 
 		 818 aa  416  1e-114  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.591835 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3731  putative DNA repair ATPase  36.86 
 
 		 808 aa  411  1e-113  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.835682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4320  putative DNA repair ATPase  33.13 
 
 		 810 aa  379  1e-104  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.480369  normal  0.867818 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0823  SMC protein-like protein  30.26 
 
 		 910 aa  64.3  0.000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.465313  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3111  exonuclease SbcC  27.66 
 
 		 1008 aa  57.4  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3179  SMC domain-containing protein  24.3 
 
 		 1023 aa  55.8  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0019664  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3009  exonuclease SbcC  27.13 
 
 		 1008 aa  55.8  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.291694  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0549  exonuclease SbcC, putative  22.17 
 
 		 859 aa  55.5  0.000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0961  SMC domain protein  24.88 
 
 		 891 aa  53.1  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000356641  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0711  SMC domain-containing protein  27.17 
 
 		 994 aa  50.1  0.0002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  decreased coverage  0.00173757  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0525  SMC domain-containing protein  23.55 
 
 		 859 aa  49.7  0.0002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0315541  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2951  SMC domain protein  24.73 
 
 		 1031 aa  50.1  0.0002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00128287  unclonable  0.000000102622 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11550  ATP-dependent dsDNA exonuclease SbcC  30.47 
 
 		 1137 aa  47.8  0.0007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.055976  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01270  DNA repair ATPase  32.56 
 
 		 1047 aa  47.8  0.0008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3877  exonuclease SbcC  21.56 
 
 		 1016 aa  47.4  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.371142  normal  0.0827458 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1142  SMC domain protein  22.44 
 
 		 857 aa  46.2  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0905  SMC domain-containing protein  23.04 
 
 		 1022 aa  46.2  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.995306  hitchhiker  0.000299578 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4561  exonuclease SbcC  26.4 
 
 		 1007 aa  45.8  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3541  exonuclease SbcC  28.69 
 
 		 1003 aa  45.4  0.003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.757761  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0696  exonuclease SbcC  25.79 
 
 		 1007 aa  44.7  0.007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0521  SMC domain protein  22.97 
 
 		 1011 aa  44.3  0.008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>