48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1637 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_1637  putative DNA repair ATPase  100 
 
 
774 aa  1568    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.383866  normal 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6786  putative ATPase involved in DNA repair  51.16 
 
 
773 aa  743    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.732843  normal 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6218  putative DNA repair ATPase  60.24 
 
 
757 aa  899    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.657002 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5278  hypothetical protein  99.87 
 
 
774 aa  1566    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0366308  normal  0.984041 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2237  putative DNA repair ATPase  35.76 
 
 
820 aa  453  1.0000000000000001e-126  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.079976 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3731  putative DNA repair ATPase  38.85 
 
 
808 aa  448  1.0000000000000001e-124  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.835682  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1571  putative DNA repair ATPase  36.46 
 
 
822 aa  444  1e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.490564  normal  0.107556 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2558  putative DNA repair ATPase  34.8 
 
 
818 aa  429  1e-118  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.591835 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4320  putative DNA repair ATPase  33.57 
 
 
810 aa  392  1e-107  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.480369  normal  0.867818 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3179  SMC domain-containing protein  24.83 
 
 
1023 aa  71.6  0.00000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0019664  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2951  SMC domain protein  24.72 
 
 
1031 aa  62  0.00000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00128287  unclonable  0.000000102622 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3111  exonuclease SbcC  25.5 
 
 
1008 aa  58.9  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3009  exonuclease SbcC  25.5 
 
 
1008 aa  58.9  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.291694  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0549  exonuclease SbcC, putative  25.41 
 
 
859 aa  54.7  0.000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3877  exonuclease SbcC  24.78 
 
 
1016 aa  52.8  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.371142  normal  0.0827458 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4093  SMC domain-containing protein  25.95 
 
 
1022 aa  52.8  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.240758  normal  0.708538 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1257  SMC domain protein  27.22 
 
 
1019 aa  52.4  0.00003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.861215  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4561  exonuclease SbcC  28.35 
 
 
1007 aa  52.4  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0905  SMC domain-containing protein  24.53 
 
 
1022 aa  50.1  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.995306  hitchhiker  0.000299578 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01270  DNA repair ATPase  34.78 
 
 
1047 aa  50.4  0.0001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1142  SMC domain protein  27.45 
 
 
857 aa  49.7  0.0002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2586  chromosome segregation protein SMC  30.17 
 
 
1167 aa  49.7  0.0002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.67731 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_490  DNA repair ATPase  24.63 
 
 
859 aa  48.1  0.0005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1709  exonuclease SbcC  27.34 
 
 
1008 aa  48.5  0.0005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0823  SMC protein-like protein  28.64 
 
 
910 aa  48.1  0.0006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.465313  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3541  exonuclease SbcC  24.81 
 
 
1003 aa  48.1  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.757761  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0124  putative exonuclease  28.47 
 
 
1046 aa  48.1  0.0007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0895241  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2848  exonuclease SbcC  28.32 
 
 
1308 aa  47.8  0.0008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00743  chromosome segregation protein SMC  28.45 
 
 
1167 aa  47.4  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01050  DNA repair ATPase  25.61 
 
 
953 aa  47  0.001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0525  SMC domain-containing protein  24.71 
 
 
859 aa  47.4  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0315541  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2130  chromosome segregation protein  28.45 
 
 
1167 aa  46.6  0.002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.157775  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0052  SMC domain protein  35.64 
 
 
1049 aa  47  0.002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2049  chromosome segregation protein SMC  28.45 
 
 
1167 aa  46.6  0.002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0760  SMC domain protein  35.85 
 
 
1165 aa  46.2  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000289262  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10590  DNA repair ATPase  32 
 
 
1081 aa  45.8  0.003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.659565  hitchhiker  0.0000000614784 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1732  chromosome segregation protein SMC  37.14 
 
 
1167 aa  45.4  0.004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109943  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1551  SMC domain-containing protein  25.96 
 
 
824 aa  45.4  0.004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.875451  normal  0.721096 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0480  hypothetical protein  25.97 
 
 
1194 aa  45.4  0.004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1457  chromosome segregation protein SMC  34.29 
 
 
1173 aa  45.1  0.005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2451  SMC domain-containing protein  26.56 
 
 
1232 aa  45.1  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1674  chromosome segregation protein SMC  23.26 
 
 
1198 aa  45.1  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0693113  normal  0.0408996 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0961  SMC domain protein  23.61 
 
 
891 aa  44.7  0.006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000356641  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0084  exonuclease sbcC  27.75 
 
 
1039 aa  44.7  0.006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2026  chromosome segregation SMC protein  31.43 
 
 
1168 aa  44.7  0.006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.557942  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0696  exonuclease SbcC  26.83 
 
 
1007 aa  44.3  0.009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11550  ATP-dependent dsDNA exonuclease SbcC  29.96 
 
 
1137 aa  44.3  0.009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.055976  n/a   
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0037  RecF/RecN/SMC domain-containing protein  25.63 
 
 
638 aa  43.9  0.01  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000359393  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>