97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0416 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0416  hypothetical protein  100 
 
 		 116 aa  233  6e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2262  hypothetical protein  54.26 
 
 		 112 aa  99  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2477  hypothetical protein  47.83 
 
 		 105 aa  84  7e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3403  RND family efflux transporter MFP subunit  43.88 
 
 		 122 aa  77.8  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4764  RND family efflux transporter MFP subunit  43.88 
 
 		 122 aa  77.8  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.132756  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4113  RND family efflux transporter MFP subunit  43.88 
 
 		 122 aa  77.8  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3979  hypothetical protein  46.32 
 
 		 115 aa  77  0.00000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5685  RND family efflux transporter MFP subunit  43.43 
 
 		 116 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0152011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6281  RND family efflux transporter MFP subunit  38.74 
 
 		 116 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.358593 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4052  Tn4652, TnpA repressor protein TnpC, putative  46.25 
 
 		 115 aa  68.6  0.00000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5848  RND family efflux transporter MFP subunit  40.19 
 
 		 115 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4456  hypothetical protein  40.19 
 
 		 115 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5183  RND family efflux transporter MFP subunit  41.58 
 
 		 121 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3912  hypothetical protein  40.19 
 
 		 115 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.438117  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3346  RND family efflux transporter MFP subunit  40.59 
 
 		 122 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0733  hypothetical protein  30.93 
 
 		 112 aa  64.3  0.0000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.124707  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2039  hypothetical protein  38.32 
 
 		 115 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.821645  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0538  hypothetical protein  34.78 
 
 		 95 aa  62.4  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3490  hypothetical protein  38.71 
 
 		 112 aa  61.6  0.000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.982364 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3377  hypothetical protein  45.71 
 
 		 105 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2239  hypothetical protein  45.71 
 
 		 113 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0333  hypothetical protein  45.71 
 
 		 113 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0320  hypothetical protein  45.71 
 
 		 113 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2045  hypothetical protein  45.71 
 
 		 113 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3047  hypothetical protein  45.71 
 
 		 113 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4560  hypothetical protein  39.58 
 
 		 116 aa  60.5  0.000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3489  hypothetical protein  40 
 
 		 118 aa  60.5  0.000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4353  RND family efflux transporter MFP subunit  43.04 
 
 		 115 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0871487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0493  hypothetical protein  44.44 
 
 		 94 aa  60.5  0.000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.119099 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2763  hypothetical protein  39.13 
 
 		 115 aa  60.5  0.000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0515  hypothetical protein  45.71 
 
 		 151 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3892  RND family efflux transporter MFP subunit  43.04 
 
 		 115 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1958  RND family efflux transporter MFP subunit  40.37 
 
 		 115 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3914  hypothetical protein  44.26 
 
 		 108 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.248976  normal  0.907588 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2720  hypothetical protein  33.05 
 
 		 113 aa  59.3  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00719919  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4028  hypothetical protein  44.26 
 
 		 108 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0335786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2010  RND family efflux transporter MFP subunit  38.6 
 
 		 118 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0715  hypothetical protein  42.31 
 
 		 121 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.115312  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0623  hypothetical protein  38.6 
 
 		 118 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1637  hypothetical protein  41.98 
 
 		 123 aa  58.5  0.00000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.214754  normal  0.040207 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3415  hypothetical protein  39 
 
 		 114 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4752  hypothetical protein  39 
 
 		 114 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.533115  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6290  hypothetical protein  41.1 
 
 		 115 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.104471 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4101  hypothetical protein  39 
 
 		 114 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.385135 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1203  hypothetical protein  39.76 
 
 		 120 aa  57.4  0.00000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4550  hypothetical protein  40.58 
 
 		 117 aa  56.6  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6069  hypothetical protein  42.68 
 
 		 111 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387914  normal  0.0699917 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2293  hypothetical protein  43.06 
 
 		 120 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.119473  normal  0.136633 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3354  hypothetical protein  40.74 
 
 		 116 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1032  hypothetical protein  45.71 
 
 		 94 aa  55.5  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1033  protein of unknown function DUF305  40.58 
 
 		 234 aa  55.5  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.784993 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2196  hypothetical protein  33.9 
 
 		 114 aa  56.2  0.0000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5684  hypothetical protein  41.67 
 
 		 95 aa  55.5  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2581  hypothetical protein  40.28 
 
 		 236 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.405095 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0116  hypothetical protein  45.71 
 
 		 97 aa  55.1  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2907  hypothetical protein  39.29 
 
 		 133 aa  55.1  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.580394  normal  0.0129637 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5191  hypothetical protein  39.51 
 
 		 116 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.255118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4171  RND family efflux transporter MFP subunit  40.51 
 
 		 114 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.339982  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1260  blue (type1) copper domain-containing protein  43.06 
 
 		 272 aa  53.9  0.0000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0922125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5034  periplasmic copper-binding protein  50 
 
 		 123 aa  52.8  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.152463 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2551  hypothetical protein  44.05 
 
 		 136 aa  52.4  0.000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1205  hypothetical protein  36.17 
 
 		 135 aa  52  0.000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.258156  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2603  hypothetical protein  36.17 
 
 		 136 aa  52  0.000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.516618  normal  0.513308 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1093  hypothetical protein  34.94 
 
 		 101 aa  50.4  0.000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0471  hypothetical protein  41.18 
 
 		 145 aa  50.4  0.000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1332  hypothetical protein  36.27 
 
 		 114 aa  50.1  0.00001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7872  hypothetical protein  40 
 
 		 94 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4016  heavy metal efflux system protein  36.84 
 
 		 108 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6521  putative periplasmic copper binding protein  44.29 
 
 		 98 aa  50.1  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2654  hypothetical protein  41.07 
 
 		 98 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.706229  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2580  hypothetical protein  46.27 
 
 		 94 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.36216 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1463  hypothetical protein  34.21 
 
 		 114 aa  49.3  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0174  hypothetical protein  28.81 
 
 		 120 aa  49.3  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.984641  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5388  hypothetical protein  40 
 
 		 113 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141167 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4604  hypothetical protein  39.47 
 
 		 94 aa  48.9  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.647307  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0069  cation efflux system domain-containing protein  41.89 
 
 		 116 aa  49.3  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.323301 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4901  hypothetical protein  31.43 
 
 		 104 aa  48.9  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2667  hypothetical protein  39.66 
 
 		 113 aa  47.8  0.00005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.866517  normal  0.305815 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5864  hypothetical protein  39.66 
 
 		 95 aa  47.8  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4823  hypothetical protein  38.16 
 
 		 94 aa  47.4  0.00007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.186817 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4270  hypothetical protein  35.06 
 
 		 99 aa  47  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.248193 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1626  putative cation efflux system transmembrane protein  38.67 
 
 		 542 aa  44.7  0.0004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.182447 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1810  conserved hypothetical periplasmic protein  42.86 
 
 		 112 aa  44.3  0.0005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.128399  normal  0.523018 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  36.11 
 
 		 538 aa  43.9  0.0007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05404  putative signal peptide protein  43.08 
 
 		 114 aa  43.9  0.0007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2320  hypothetical protein  41.57 
 
 		 114 aa  43.5  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5386  CzcB family heavy metal RND efflux membrane fusion protein  35.44 
 
 		 490 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5354  putative signal peptide protein  44.64 
 
 		 112 aa  42.7  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.02455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2549  secretion protein HlyD  34.94 
 
 		 490 aa  42  0.003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5286  putative signal peptide protein  39.81 
 
 		 112 aa  42  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.903888  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1645  conserved hypothetical signal peptide protein  39.81 
 
 		 112 aa  42  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.191944  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2428  heavy metal efflux system protein, putative  25.64 
 
 		 120 aa  41.2  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.162369  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2057  hypothetical protein  25.64 
 
 		 120 aa  41.2  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.754499  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.74 
 
 		 537 aa  40.8  0.006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0316  hypothetical protein  33.33 
 
 		 100 aa  40.8  0.006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0877405  normal  0.0871096 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3365  hypothetical protein  35 
 
 		 107 aa  40.8  0.006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000106692  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9842  hypothetical protein  41.18 
 
 		 94 aa  40.4  0.009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>