112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS04806 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS04806  1-aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase  100 
 
 
345 aa  719    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.375399  normal  0.36141 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4042  2OG-Fe(II) oxygenase  32.17 
 
 
339 aa  110  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_39543  predicted protein  27.04 
 
 
355 aa  105  1e-21  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.159789  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5009  2OG-Fe(II) oxygenase  30.1 
 
 
330 aa  104  3e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.455169  normal  0.73905 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4357  2OG-Fe(II) oxygenase  29.09 
 
 
327 aa  96.7  5e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1639  2OG-Fe(II) oxygenase  27.4 
 
 
346 aa  95.5  1e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.459164  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1850  2OG-Fe(II) oxygenase  27.56 
 
 
346 aa  95.9  1e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.617074  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1897  2OG-Fe(II) oxygenase  27.56 
 
 
346 aa  95.9  1e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.995168  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1831  2OG-Fe(II) oxygenase  27.56 
 
 
346 aa  95.9  1e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3331  2OG-Fe(II) oxygenase  31.18 
 
 
340 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3655  2OG-Fe(II) oxygenase  30.94 
 
 
340 aa  93.6  5e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1362  2OG-Fe(II) oxygenase  25.45 
 
 
341 aa  93.2  6e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.310836  normal  0.0218299 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_51291  predicted protein  27.12 
 
 
300 aa  92  1e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.964092  normal  0.399853 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_36774  predicted protein  27.12 
 
 
300 aa  92  1e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.169141  normal  0.0126038 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5231  2OG-Fe(II) oxygenase  26.1 
 
 
351 aa  92  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0672  2OG-Fe(II) oxygenase  28.32 
 
 
343 aa  91.3  2e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0856  2OG-Fe(II) oxygenase  27.3 
 
 
313 aa  90.1  5e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.46878  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1140  2OG-Fe(II) oxygenase  28.37 
 
 
316 aa  90.1  5e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.592265  normal  0.158878 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2435  2OG-Fe(II) oxygenase  25.74 
 
 
318 aa  89  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000377785  normal  0.0745566 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5111  2OG-Fe(II) oxygenase  26.52 
 
 
335 aa  89  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.141171  normal  0.0243264 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2219  2OG-Fe(II) oxygenase  24.36 
 
 
341 aa  82.8  0.000000000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.127604  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1818  putative oxidoreductase  27.16 
 
 
329 aa  82.8  0.000000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.645361 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0670  2OG-Fe(II) oxygenase  28.24 
 
 
347 aa  82.4  0.000000000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.635295 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3169  2OG-Fe(II) oxygenase  27.65 
 
 
346 aa  82.4  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000235169 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1377  2OG-Fe(II) oxygenase  27.54 
 
 
300 aa  81.6  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.537796  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4845  2OG-Fe(II) oxygenase  27.05 
 
 
329 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.266793  normal  0.0471084 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03672  conserved hypothetical protein  25.57 
 
 
335 aa  80.5  0.00000000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.278231  normal  0.0460454 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1333  2OG-Fe(II) oxygenase family oxidoreductase  26.1 
 
 
330 aa  80.1  0.00000000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.73522  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1380  2OG-Fe(II) oxygenase family protein  25.08 
 
 
353 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.87154  normal  0.0133355 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0530  2OG-Fe(II) oxygenase family oxidoreductase  27.38 
 
 
330 aa  79  0.0000000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1214  2OG-Fe(II) oxygenase family oxidoreductase  26.79 
 
 
330 aa  77.8  0.0000000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.982444  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0758  oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family  26.28 
 
 
321 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG02390  conserved hypothetical protein  27.53 
 
 
367 aa  76.6  0.0000000000006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1340  2OG-Fe(II) oxygenase  28.42 
 
 
343 aa  76.3  0.0000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0498174  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4351  2OG-Fe(II) oxygenase  26.51 
 
 
337 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2334  2OG-Fe(II) oxygenase  29.96 
 
 
350 aa  73.6  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.202196 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_11188  oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G00230)  24.05 
 
 
349 aa  73.2  0.000000000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0316  2OG-Fe(II) oxygenase  24.11 
 
 
334 aa  73.2  0.000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5615  2OG-Fe(II) oxygenase  25.1 
 
 
367 aa  72.8  0.000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.783104  normal  0.336051 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2508  2OG-Fe(II) oxygenase family protein  26.24 
 
 
347 aa  72  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.107596  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4252  2OG-Fe(II) oxygenase  24.52 
 
 
344 aa  71.6  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2663  2OG-Fe(II) oxygenase family oxidoreductase  27.18 
 
 
355 aa  71.6  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2744  2OG-Fe(II) oxygenase  27.18 
 
 
355 aa  71.2  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0775  2OG-Fe(II) oxygenase  26.98 
 
 
343 aa  70.9  0.00000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.214657  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2632  2OG-Fe(II) oxygenase  25.24 
 
 
344 aa  70.5  0.00000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00051  conserved hypothetical protein: thymine dioxygenase (Eurofung)  23.84 
 
 
350 aa  70.1  0.00000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.862893  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3490  2OG-Fe(II) oxygenase  28.26 
 
 
343 aa  69.7  0.00000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.948158  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3553  2OG-Fe(II) oxygenase  28.26 
 
 
343 aa  69.7  0.00000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.379896  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3503  2OG-Fe(II) oxygenase  28.26 
 
 
343 aa  69.7  0.00000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  decreased coverage  0.00994559  normal  0.800786 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2858  2OG-Fe(II) oxygenase family protein  25.15 
 
 
337 aa  69.7  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.863693  normal  0.0710897 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0662  2OG-Fe(II) oxygenase family protein  26.09 
 
 
321 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.937654 
 
 
-
 
NC_006691  CNF01370  conserved hypothetical protein  24.15 
 
 
330 aa  68.2  0.0000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2885  2OG-Fe(II) oxygenase  23.57 
 
 
337 aa  68.6  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0728  2OG-Fe(II) oxygenase  25.33 
 
 
334 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_07953  conserved hypothetical protein  26.22 
 
 
338 aa  67.4  0.0000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.679163  normal  0.189791 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4845  2OG-Fe(II) oxygenase  24.85 
 
 
334 aa  67  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1625  2OG-Fe(II) oxygenase  26.06 
 
 
339 aa  66.2  0.0000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00179201 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01810  putative oxidoreductase  23.37 
 
 
320 aa  65.9  0.0000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.773533  normal  0.461944 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10026  oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G11160)  23.08 
 
 
358 aa  65.5  0.000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.558826  normal  0.219855 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2980  oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family  25.94 
 
 
337 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00391841  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3789  2OG-Fe(II) oxygenase  23.62 
 
 
352 aa  64.7  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3166  2OG-Fe(II) oxygenase  25.94 
 
 
335 aa  64.3  0.000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.64138  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0225  putative oxidoreductase  23.37 
 
 
320 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7168  hypothetical protein  24.1 
 
 
352 aa  64.3  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.04303  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1734  2OG-Fe(II) oxygenase  25 
 
 
306 aa  63.5  0.000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00619984  normal  0.435492 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0315  2OG-Fe(II) oxygenase  23.28 
 
 
334 aa  63.2  0.000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5574  2OG-Fe(II) oxygenase  25 
 
 
321 aa  62  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0311  2OG-Fe(II) oxygenase  23.28 
 
 
334 aa  62.4  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1242  2OG-Fe(II) oxygenase  23.03 
 
 
352 aa  62.4  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.888679 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02390  conserved hypothetical protein  25.3 
 
 
341 aa  61.6  0.00000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4256  2OG-Fe(II) oxygenase  24.52 
 
 
406 aa  60.8  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.798604  normal  0.385246 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2602  2OG-Fe(II) oxygenase  22.83 
 
 
348 aa  60.8  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_44178  predicted protein  23.86 
 
 
378 aa  60.1  0.00000006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4579  2OG-Fe(II) oxygenase  25.67 
 
 
349 aa  59.7  0.00000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC02720  conserved hypothetical protein  25.07 
 
 
345 aa  59.3  0.0000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1992  2OG-Fe(II) oxygenase  29.09 
 
 
281 aa  59.3  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011693  PHATRDRAFT_49924  predicted protein  23.05 
 
 
564 aa  58.2  0.0000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00526  conserved hypothetical protein  27.36 
 
 
332 aa  57.4  0.0000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.333094 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2994  2OG-Fe(II) oxygenase  24.9 
 
 
320 aa  57  0.0000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.12104 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_31468  predicted protein  22.08 
 
 
341 aa  56.2  0.0000008  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.561665  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_10323  oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G14880)  24.1 
 
 
375 aa  55.8  0.000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.168786  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4054  2OG-Fe(II) oxygenase  26.14 
 
 
319 aa  55.5  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.96316 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0672  2OG-Fe(II) oxygenase  24.42 
 
 
321 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1330  2OG-Fe(II) oxygenase  25.54 
 
 
311 aa  54.7  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.000246979  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4741  putative 2OG-Fe(II) oxygenase  25.08 
 
 
330 aa  54.7  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00486881  normal  0.120796 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29289  predicted protein  22.7 
 
 
584 aa  53.1  0.000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2834  2OG-Fe(II) oxygenase  25.08 
 
 
311 aa  52.8  0.000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.155948  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2580  2OG-Fe(II) oxygenase  25.48 
 
 
319 aa  52  0.00001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0477  2OG-Fe(II) oxygenase  24.76 
 
 
320 aa  52.4  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.784236  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1265  2OG-Fe(II) oxygenase  25.09 
 
 
356 aa  51.6  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.602158  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0182  2OG-Fe(II) oxygenase  27.33 
 
 
311 aa  52  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.58926 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1040  2OG-Fe(II) oxygenase  25.1 
 
 
309 aa  50.8  0.00003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.93578 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_17574  predicted protein  22.73 
 
 
323 aa  51.2  0.00003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.769732  normal  0.690692 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45097  predicted protein  26.01 
 
 
233 aa  50.1  0.00006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1002  2OG-Fe(II) oxygenase  26.79 
 
 
318 aa  49.7  0.00007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3772  2OG-Fe(II) oxygenase  23.67 
 
 
348 aa  48.1  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10948  oxidoreductase  24.26 
 
 
316 aa  46.6  0.0006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.452034  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02668  oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G00750)  21.56 
 
 
353 aa  45.8  0.001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0894035  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2705  2OG-Fe(II) oxygenase  24.72 
 
 
328 aa  45.8  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.384991  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0261  2OG-Fe(II) oxygenase  23.76 
 
 
333 aa  45.4  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>