26 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2234 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2234  cupin 2, barrel  100 
 
 		 159 aa  328  1e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.328045 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3226  hypothetical protein  83.65 
 
 		 167 aa  276  7e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2463  Cupin 2 conserved barrel domain protein  78.85 
 
 		 165 aa  254  4e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0556151  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2183  cupin 2, barrel  75.51 
 
 		 166 aa  241  3.9999999999999997e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0487258  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0323  Cupin 2 conserved barrel domain protein  62.5 
 
 		 151 aa  191  5e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0901  Cupin 2 conserved barrel domain-containing protein  59.18 
 
 		 151 aa  188  2.9999999999999997e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.554615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1243  Cupin 2 conserved barrel domain protein  61.97 
 
 		 161 aa  175  3e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.942705 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2000  hypothetical protein  59.7 
 
 		 156 aa  163  6.9999999999999995e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1167  cupin 2 domain-containing protein  45 
 
 		 152 aa  128  3e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168838 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1883  Cupin 2 conserved barrel domain protein  45.59 
 
 		 157 aa  126  9.000000000000001e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0468  cupin 2 domain-containing protein  43.95 
 
 		 157 aa  120  9.999999999999999e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1373  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  38.84 
 
 		 551 aa  84.7  4e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_88029  predicted protein  34.01 
 
 		 741 aa  61.6  0.000000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0692998 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0389  cupin 2 domain-containing protein  36.36 
 
 		 122 aa  50.8  0.000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2026  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.14 
 
 		 116 aa  48.9  0.00003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0456493  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0432  cupin region  27.96 
 
 		 117 aa  48.1  0.00005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.583729  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2408  cupin 2 domain-containing protein  34.18 
 
 		 100 aa  44.7  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.231406 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1684  cupin 2 domain-containing protein  29.76 
 
 		 162 aa  44.3  0.0007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.124264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1750  cupin 2 domain-containing protein  29.76 
 
 		 162 aa  44.3  0.0007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0664618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1734  cupin 2 domain-containing protein  29.76 
 
 		 162 aa  44.3  0.0007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0522  cupin 2 domain-containing protein  29.76 
 
 		 162 aa  44.3  0.0008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.722857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0568  cupin 2 domain-containing protein  29.76 
 
 		 148 aa  43.9  0.0008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1706  cupin 2, barrel  29.76 
 
 		 148 aa  44.3  0.0008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.129353  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1397  cupin 2 domain-containing protein  30 
 
 		 115 aa  43.5  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0319163  normal  0.27943 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2400  Cupin 2 conserved barrel domain protein  25 
 
 		 127 aa  42  0.004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1036  cupin 2 domain-containing protein  30 
 
 		 104 aa  41.2  0.006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.276855  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>