20 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2183 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2183  cupin 2, barrel  100 
 
 		 166 aa  345  2e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0487258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2234  cupin 2, barrel  75.51 
 
 		 159 aa  241  5e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.328045 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3226  hypothetical protein  72.67 
 
 		 167 aa  235  2e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2463  Cupin 2 conserved barrel domain protein  70.55 
 
 		 165 aa  218  3e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0556151  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0323  Cupin 2 conserved barrel domain protein  62.69 
 
 		 151 aa  185  3e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0901  Cupin 2 conserved barrel domain-containing protein  59.57 
 
 		 151 aa  181  3e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.554615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2000  hypothetical protein  60.45 
 
 		 156 aa  166  1e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1243  Cupin 2 conserved barrel domain protein  54 
 
 		 161 aa  158  3e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.942705 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1883  Cupin 2 conserved barrel domain protein  50.37 
 
 		 157 aa  132  9.999999999999999e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1167  cupin 2 domain-containing protein  49.61 
 
 		 152 aa  128  3e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168838 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0468  cupin 2 domain-containing protein  41.73 
 
 		 157 aa  102  2e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1373  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  38.84 
 
 		 551 aa  88.6  3e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_88029  predicted protein  40 
 
 		 741 aa  65.9  0.0000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0692998 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0389  cupin 2 domain-containing protein  29.59 
 
 		 122 aa  48.1  0.00006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2026  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.56 
 
 		 116 aa  47.4  0.0001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0456493  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1397  cupin 2 domain-containing protein  32.86 
 
 		 115 aa  45.4  0.0004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0319163  normal  0.27943 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0432  cupin region  27.08 
 
 		 117 aa  43.5  0.001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.583729  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2408  cupin 2 domain-containing protein  35.8 
 
 		 100 aa  41.6  0.006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.231406 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0819  cupin 2 domain-containing protein  27.5 
 
 		 123 aa  41.2  0.007  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0134  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40 
 
 		 118 aa  40.4  0.01  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>