More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0418 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_0308  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  93.07 
 
 
433 aa  815    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1240  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  78.85 
 
 
435 aa  689    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.543485 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2296  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  75.63 
 
 
435 aa  660    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.238027 
 
 
-
 
NC_004310  BR2079  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  77.42 
 
 
434 aa  681    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0129  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  87.3 
 
 
433 aa  771    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.768224  normal  0.321326 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1999  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  76.96 
 
 
434 aa  675    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.432724  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3266  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  74.08 
 
 
435 aa  646    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0841  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  76.27 
 
 
434 aa  672    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0152  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  88.25 
 
 
434 aa  771    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0403  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  95.84 
 
 
433 aa  830    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.236378 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0031  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  72.64 
 
 
435 aa  634    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0302  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  90.32 
 
 
434 aa  789    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0418  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  100 
 
 
433 aa  859    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0120  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  87.99 
 
 
433 aa  777    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.417089  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4311  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  74.02 
 
 
435 aa  639    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5465  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  75.06 
 
 
437 aa  639    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3490  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  73.62 
 
 
436 aa  635    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3983  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  73.79 
 
 
435 aa  639    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0251  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  74.94 
 
 
435 aa  655    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.600656  normal  0.544782 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1260  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  73.61 
 
 
436 aa  658    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0257  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  74.83 
 
 
437 aa  632  1e-180  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0116604 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2983  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  72.18 
 
 
435 aa  632  1e-180  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2559  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  75.29 
 
 
437 aa  630  1e-179  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.358535 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3084  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  74.6 
 
 
437 aa  629  1e-179  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0435809  normal  0.960617 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0656  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  74.83 
 
 
437 aa  621  1e-177  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.162698 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0624  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  75.29 
 
 
437 aa  623  1e-177  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.67253  normal  0.770577 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0645  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  74.83 
 
 
437 aa  620  1e-176  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.883439  normal  0.159408 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3600  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  71.49 
 
 
435 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00234742  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2851  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  67.51 
 
 
436 aa  586  1e-166  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.192992  normal  0.735765 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3441  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  65.98 
 
 
437 aa  568  1e-161  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.37686  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0182  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  65.21 
 
 
433 aa  565  1e-160  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.997171  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2948  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  65.21 
 
 
433 aa  565  1e-160  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.474337  normal  0.124858 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1532  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  65.21 
 
 
433 aa  564  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0187  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  65.6 
 
 
438 aa  562  1.0000000000000001e-159  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0444321  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3083  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  66.89 
 
 
438 aa  560  1e-158  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0175697 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2790  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  65.37 
 
 
435 aa  558  1e-158  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5052  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  69.35 
 
 
431 aa  540  9.999999999999999e-153  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.42386  normal  0.164562 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1409  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  67.13 
 
 
439 aa  530  1e-149  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1190  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  60.41 
 
 
437 aa  526  1e-148  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.298692  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0805  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  57.93 
 
 
492 aa  525  1e-148  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.332648  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2015  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  61.71 
 
 
440 aa  521  1e-146  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.788051  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0997  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  57.93 
 
 
487 aa  517  1.0000000000000001e-145  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3782  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  59.59 
 
 
441 aa  515  1.0000000000000001e-145  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.268349  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0067  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  60.5 
 
 
440 aa  514  1.0000000000000001e-145  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2114  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  62.5 
 
 
465 aa  513  1e-144  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0599  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  60.81 
 
 
441 aa  512  1e-144  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0711171  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0374  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  59.37 
 
 
441 aa  513  1e-144  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.191094  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0015  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  59.18 
 
 
461 aa  512  1e-144  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0817  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  58.43 
 
 
443 aa  511  1e-144  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.544231  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0072  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  62.28 
 
 
447 aa  512  1e-144  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03816  ATP-dependent protease ATP-binding subunit  59.42 
 
 
443 aa  509  1e-143  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4054  heat shock protein HslVU, ATPase subunit HslU  59.42 
 
 
443 aa  509  1e-143  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3385  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  59.64 
 
 
443 aa  510  1e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03765  hypothetical protein  59.42 
 
 
443 aa  509  1e-143  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4370  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  60.67 
 
 
443 aa  511  1e-143  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.347338  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5388  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  59.42 
 
 
443 aa  509  1e-143  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0530  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  59.01 
 
 
441 aa  511  1e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.10008  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4087  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  59.42 
 
 
443 aa  509  1e-143  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4430  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  59.46 
 
 
441 aa  511  1e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.193952  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4467  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  59.64 
 
 
443 aa  509  1e-143  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4373  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  59.64 
 
 
443 aa  511  1e-143  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.611238 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3708  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  59.41 
 
 
443 aa  509  1e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4163  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  59.42 
 
 
443 aa  509  1e-143  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4421  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  58.74 
 
 
443 aa  505  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.732607  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4307  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  58.74 
 
 
443 aa  505  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.114857  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0446  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  58.43 
 
 
442 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4413  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  59.42 
 
 
443 aa  508  9.999999999999999e-143  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.137212  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4423  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  58.74 
 
 
443 aa  505  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4337  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  58.74 
 
 
443 aa  505  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.321775  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3522  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  58.43 
 
 
442 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0433  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  58.2 
 
 
442 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.715653 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4491  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  58.74 
 
 
443 aa  505  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3700  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  58.43 
 
 
442 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62855  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4042  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  59.19 
 
 
443 aa  506  9.999999999999999e-143  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3868  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  58.2 
 
 
442 aa  501  1e-141  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4163  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  58.47 
 
 
440 aa  504  1e-141  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0112  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  58.3 
 
 
443 aa  503  1e-141  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0112  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  58.3 
 
 
443 aa  503  1e-141  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0168  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  59.64 
 
 
443 aa  503  1e-141  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0472  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  58.2 
 
 
442 aa  501  1e-141  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4104  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  58.3 
 
 
443 aa  503  1e-141  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3798  heat shock protein HslVU, ATPase subunit HslU  59.06 
 
 
443 aa  502  1e-141  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0113  heat shock protein HslVU, ATPase subunit HslU  57.98 
 
 
443 aa  504  1e-141  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2247  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  59.55 
 
 
443 aa  503  1e-141  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0057  heat shock protein HslVU, ATPase subunit HslU  60.04 
 
 
444 aa  504  1e-141  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.408482  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1542  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  58.43 
 
 
443 aa  501  1e-141  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0462  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  58.2 
 
 
442 aa  501  1e-141  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0179  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  57.62 
 
 
443 aa  499  1e-140  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.763175  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0165  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  57.85 
 
 
443 aa  498  1e-140  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00723  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  59.55 
 
 
443 aa  501  1e-140  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4793  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  57.94 
 
 
444 aa  499  1e-140  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000260414 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0811  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  59.55 
 
 
438 aa  500  1e-140  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.706239  normal  0.908147 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3362  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  58.92 
 
 
441 aa  501  1e-140  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1595  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  63.74 
 
 
433 aa  501  1e-140  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.472132  normal  0.884744 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4192  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  58.88 
 
 
443 aa  500  1e-140  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3765  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  58.01 
 
 
441 aa  501  1e-140  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000246667  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001749  ATP-dependent hsl protease ATP-binding subunit HslU  58.88 
 
 
443 aa  499  1e-140  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28369  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3390  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  59.56 
 
 
448 aa  499  1e-140  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0502353 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0440  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  58.43 
 
 
441 aa  499  1e-140  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0003  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  58.3 
 
 
444 aa  499  1e-140  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.834513 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>