39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3111 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3111  hypothetical protein  100 
 
 		 339 aa  671    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.374893 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3244  hypothetical protein  62.71 
 
 		 364 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.262677  normal  0.336955 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3869  hypothetical protein  64.24 
 
 		 346 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.649147  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2186  hypothetical protein  60.94 
 
 		 377 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.769638  normal  0.0774004 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1659  hypothetical protein  63.13 
 
 		 324 aa  379  1e-104  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1331  hypothetical protein  63.64 
 
 		 314 aa  363  2e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.392241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5181  hypothetical protein  58.91 
 
 		 339 aa  353  2e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.425684 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7204  hypothetical protein  44.64 
 
 		 336 aa  215  9.999999999999999e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2585  hypothetical protein  42.55 
 
 		 372 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.171189  normal  0.111269 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2310  hypothetical protein  42.76 
 
 		 372 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0151599 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2688  hypothetical protein  49.22 
 
 		 332 aa  188  1e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2267  hypothetical protein  42.32 
 
 		 370 aa  187  3e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.325406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1258  hypothetical protein  48.19 
 
 		 289 aa  181  2e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.364343 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0268  hypothetical protein  49.18 
 
 		 360 aa  178  1e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1844  hypothetical protein  47.49 
 
 		 291 aa  176  7e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6296  hypothetical protein  52.69 
 
 		 343 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0362049  normal  0.0617685 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3574  hypothetical protein  48.15 
 
 		 290 aa  162  9e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2904  lytic transglycosylase, catalytic  42.5 
 
 		 276 aa  151  2e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0638  hypothetical protein  38.25 
 
 		 638 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2556  hypothetical protein  33.82 
 
 		 381 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2779  hypothetical protein  33.82 
 
 		 381 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2487  hypothetical protein  34.53 
 
 		 377 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.867123  normal  0.0497364 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2720  hypothetical protein  42.63 
 
 		 361 aa  129  1.0000000000000001e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0758469  normal  0.520396 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5198  hypothetical protein  35.9 
 
 		 357 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0902474  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4453  hypothetical protein  36.08 
 
 		 360 aa  127  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.01877 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5606  hypothetical protein  36.06 
 
 		 388 aa  125  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.545793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2678  lytic transglycosylase catalytic  33.99 
 
 		 372 aa  124  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.782847 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2905  Lytic transglycosylase catalytic  33.99 
 
 		 372 aa  123  3e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.150747 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2800  Lytic transglycosylase catalytic  33.33 
 
 		 371 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3599  lytic transglycosylase catalytic  32.84 
 
 		 406 aa  116  6e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000515044 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2292  lytic transglycosylase catalytic  36.45 
 
 		 387 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.238503  normal  0.138362 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3051  hypothetical protein  35.39 
 
 		 435 aa  106  6e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.781459  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0316  Lytic transglycosylase catalytic  34.78 
 
 		 372 aa  100  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0454669  n/a   
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5452  hypothetical protein  32.97 
 
 		 1096 aa  54.7  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4086  Transglycosylase domain protein  28.02 
 
 		 1364 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3770  hypothetical protein  33.9 
 
 		 871 aa  50.4  0.00004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.591886  normal  0.0231351 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5677  hypothetical protein  33.07 
 
 		 255 aa  48.9  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.700746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3764  hypothetical protein  28.81 
 
 		 274 aa  46.2  0.0009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0811492  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0251  hypothetical protein  30.22 
 
 		 783 aa  45.4  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>