53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3908 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3908  hypothetical protein  100 
 
 		 302 aa  601  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0132845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3668  hypothetical protein  85.1 
 
 		 299 aa  474  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1826  hypothetical protein  69.35 
 
 		 315 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0616664  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4227  hypothetical protein  64.86 
 
 		 294 aa  360  1e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6529  hypothetical protein  53.82 
 
 		 328 aa  305  9.000000000000001e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.270942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1097  hypothetical protein  32.52 
 
 		 254 aa  121  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3920  uncharacterized protein-like protein  34.02 
 
 		 241 aa  97.4  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00106031  normal  0.125751 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3590  hypothetical protein  30.9 
 
 		 233 aa  97.4  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.080762  normal  0.394996 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1137  hypothetical protein  29.43 
 
 		 254 aa  96.3  6e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5507  uncharacterized protein-like protein  34.26 
 
 		 229 aa  95.5  8e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.250869 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1085  putative transmembrane protein  30.18 
 
 		 260 aa  86.3  7e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4360  hypothetical protein  29.97 
 
 		 243 aa  83.2  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4493  hypothetical protein  29.97 
 
 		 243 aa  83.2  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129044 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0400  uncharacterized protein-like protein  43.48 
 
 		 238 aa  82.8  0.000000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0162  hypothetical protein  30.74 
 
 		 245 aa  82.8  0.000000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.88805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01781  hypothetical protein  29.55 
 
 		 277 aa  82  0.00000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.270891  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1295  hypothetical protein  28.07 
 
 		 237 aa  79  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.785718  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5177  hypothetical protein  25.85 
 
 		 235 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3548  hypothetical protein  31.69 
 
 		 230 aa  73.9  0.000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.390955  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0088  hypothetical protein  27.78 
 
 		 239 aa  73.6  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0972  hypothetical protein  27.36 
 
 		 250 aa  72.8  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.221303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4013  uncharacterized protein-like protein  40.91 
 
 		 234 aa  72.8  0.000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0859661 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0361  hypothetical protein  26.53 
 
 		 235 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0696  transmembrane protein  27.37 
 
 		 240 aa  66.2  0.0000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.220237  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4573  hypothetical protein  26.41 
 
 		 260 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0461  hypothetical protein  42.59 
 
 		 240 aa  63.9  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3056  hypothetical protein  25.61 
 
 		 243 aa  63.2  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0888  hypothetical protein  26.41 
 
 		 260 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3491  hypothetical protein  42.86 
 
 		 696 aa  62  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.445779  normal  0.366165 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0649  hypothetical protein  31.67 
 
 		 227 aa  61.6  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1269  hypothetical protein  25.25 
 
 		 249 aa  59.7  0.00000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000174467 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5289  putative transmembrane protein  35.71 
 
 		 275 aa  58.5  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3747  hypothetical protein  38.57 
 
 		 231 aa  57  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.831367  normal  0.357527 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1647  hypothetical protein  26.22 
 
 		 242 aa  57.4  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.042207  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3889  uncharacterized protein-like protein  43.42 
 
 		 259 aa  55.5  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.725868  normal  0.210735 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4257  uncharacterized protein-like protein  43.42 
 
 		 259 aa  55.5  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.683033 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0073  hypothetical protein  37.61 
 
 		 239 aa  53.5  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0271234 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2362  hypothetical protein  34.78 
 
 		 239 aa  52.8  0.000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170965 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1695  hypothetical protein  48.05 
 
 		 238 aa  52.4  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2488  hypothetical protein  27.97 
 
 		 237 aa  52  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.101842 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01570  hypothetical protein  26.48 
 
 		 244 aa  52  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2576  putative transmembrane protein  35.04 
 
 		 239 aa  50.8  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.245443 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2172  hypothetical protein  35.04 
 
 		 239 aa  50.8  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3783  hypothetical protein  23.43 
 
 		 228 aa  50.1  0.00004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.619325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3808  RNA polymerase sigma-70 family protein  38.24 
 
 		 248 aa  50.1  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.178048  normal  0.362907 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6587  hypothetical protein  39.06 
 
 		 244 aa  49.7  0.00007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0308609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5200  hypothetical protein  41.07 
 
 		 258 aa  49.7  0.00007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.131551 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0076  hypothetical protein  25.35 
 
 		 236 aa  47.8  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.499992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2687  hypothetical protein  36.23 
 
 		 230 aa  45.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3005  hypothetical protein  36.23 
 
 		 233 aa  44.7  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.660261  normal  0.0479294 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3700  hypothetical protein  39.34 
 
 		 250 aa  44.3  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.677468  normal  0.239626 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2635  hypothetical protein  25.17 
 
 		 232 aa  43.1  0.005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.352315  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0636  putative transmembrane protein  24.83 
 
 		 171 aa  43.1  0.006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>