51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4227 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4227  hypothetical protein  100 
 
 		 294 aa  585  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3908  hypothetical protein  63.85 
 
 		 302 aa  354  1e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0132845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3668  hypothetical protein  63.92 
 
 		 299 aa  346  3e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1826  hypothetical protein  60.95 
 
 		 315 aa  338  8e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0616664  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6529  hypothetical protein  53.19 
 
 		 328 aa  273  3e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.270942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0400  uncharacterized protein-like protein  33.1 
 
 		 238 aa  107  3e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1097  hypothetical protein  32.14 
 
 		 254 aa  107  3e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1137  hypothetical protein  32.99 
 
 		 254 aa  105  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3590  hypothetical protein  31.07 
 
 		 233 aa  95.9  7e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.080762  normal  0.394996 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3920  uncharacterized protein-like protein  42.62 
 
 		 241 aa  86.7  4e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00106031  normal  0.125751 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4573  hypothetical protein  28.26 
 
 		 260 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4493  hypothetical protein  28.87 
 
 		 243 aa  82.4  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129044 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4360  hypothetical protein  28.87 
 
 		 243 aa  82.4  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1085  putative transmembrane protein  29.18 
 
 		 260 aa  82  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0088  hypothetical protein  28.07 
 
 		 239 aa  79.3  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4013  uncharacterized protein-like protein  40.71 
 
 		 234 aa  78.6  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0859661 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1295  hypothetical protein  26.13 
 
 		 237 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.785718  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0461  hypothetical protein  28.62 
 
 		 240 aa  76.3  0.0000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0162  hypothetical protein  27.53 
 
 		 245 aa  74.3  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.88805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01781  hypothetical protein  27.11 
 
 		 277 aa  74.3  0.000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.270891  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0888  hypothetical protein  28.26 
 
 		 260 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0073  hypothetical protein  25.96 
 
 		 239 aa  68.6  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0271234 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5177  hypothetical protein  24.57 
 
 		 235 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3548  hypothetical protein  28.52 
 
 		 230 aa  65.1  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.390955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0361  hypothetical protein  23.99 
 
 		 235 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0972  hypothetical protein  25.96 
 
 		 250 aa  64.3  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.221303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3056  hypothetical protein  24.47 
 
 		 243 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3808  RNA polymerase sigma-70 family protein  24.91 
 
 		 248 aa  63.5  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.178048  normal  0.362907 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1269  hypothetical protein  25.35 
 
 		 249 aa  63.5  0.000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000174467 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3747  hypothetical protein  22.57 
 
 		 231 aa  63.2  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.831367  normal  0.357527 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3491  hypothetical protein  41.79 
 
 		 696 aa  60.8  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.445779  normal  0.366165 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2576  putative transmembrane protein  26.95 
 
 		 239 aa  60.1  0.00000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.245443 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3889  uncharacterized protein-like protein  53.45 
 
 		 259 aa  60.1  0.00000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.725868  normal  0.210735 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2172  hypothetical protein  26.95 
 
 		 239 aa  60.1  0.00000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4257  uncharacterized protein-like protein  53.45 
 
 		 259 aa  59.7  0.00000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.683033 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0696  transmembrane protein  24.73 
 
 		 240 aa  58.2  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.220237  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6587  hypothetical protein  39.06 
 
 		 244 aa  54.3  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0308609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3783  hypothetical protein  23.76 
 
 		 228 aa  50.4  0.00003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.619325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0649  hypothetical protein  31.33 
 
 		 227 aa  50.8  0.00003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01570  hypothetical protein  22.85 
 
 		 244 aa  50.1  0.00004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1647  hypothetical protein  24.01 
 
 		 242 aa  50.1  0.00005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.042207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0076  hypothetical protein  25.18 
 
 		 236 aa  48.9  0.00009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.499992  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2362  hypothetical protein  33.04 
 
 		 239 aa  48.1  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170965 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2635  hypothetical protein  24.31 
 
 		 232 aa  47.4  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.352315  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2488  hypothetical protein  38.57 
 
 		 237 aa  47  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.101842 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1695  hypothetical protein  46.48 
 
 		 238 aa  47  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5200  hypothetical protein  36.28 
 
 		 258 aa  46.2  0.0007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.131551 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5507  uncharacterized protein-like protein  43.94 
 
 		 229 aa  45.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.250869 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3537  hypothetical protein  25.71 
 
 		 234 aa  43.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.440642  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2687  hypothetical protein  25.21 
 
 		 230 aa  43.1  0.006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3005  hypothetical protein  34.85 
 
 		 233 aa  42.4  0.009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.660261  normal  0.0479294 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>