57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0400 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_0400  uncharacterized protein-like protein  100 
 
 
238 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3920  uncharacterized protein-like protein  51.28 
 
 
241 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00106031  normal  0.125751 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5507  uncharacterized protein-like protein  45.83 
 
 
229 aa  151  8e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.250869 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4013  uncharacterized protein-like protein  44.92 
 
 
234 aa  132  6e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0859661 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4257  uncharacterized protein-like protein  57.94 
 
 
259 aa  118  9e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.683033 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4227  hypothetical protein  33.1 
 
 
294 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3889  uncharacterized protein-like protein  57.01 
 
 
259 aa  115  5e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.725868  normal  0.210735 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1097  hypothetical protein  35.66 
 
 
254 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3590  hypothetical protein  38.06 
 
 
233 aa  109  3e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.080762  normal  0.394996 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1826  hypothetical protein  31.33 
 
 
315 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0616664  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1085  putative transmembrane protein  33.2 
 
 
260 aa  101  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0888  hypothetical protein  33.6 
 
 
260 aa  100  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1137  hypothetical protein  31.97 
 
 
254 aa  99.4  5e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1332  hypothetical protein  35.15 
 
 
234 aa  99  5e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4360  hypothetical protein  35.06 
 
 
243 aa  97.4  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6587  hypothetical protein  31.93 
 
 
244 aa  97.1  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0308609  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4493  hypothetical protein  35.06 
 
 
243 aa  97.4  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00129044 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3548  hypothetical protein  35.74 
 
 
230 aa  95.9  5e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.390955  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5177  hypothetical protein  32.79 
 
 
235 aa  95.5  7e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4573  hypothetical protein  31.98 
 
 
260 aa  95.1  9e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0088  hypothetical protein  32.34 
 
 
239 aa  94.4  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0162  hypothetical protein  36.69 
 
 
245 aa  92.4  6e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.88805  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0361  hypothetical protein  33.06 
 
 
235 aa  91.7  9e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0073  hypothetical protein  31.33 
 
 
239 aa  91.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0271234 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3808  RNA polymerase sigma-70 family protein  34.71 
 
 
248 aa  89  6e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.178048  normal  0.362907 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3056  hypothetical protein  32.64 
 
 
243 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0461  hypothetical protein  31.33 
 
 
240 aa  84.7  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3908  hypothetical protein  43.48 
 
 
302 aa  83.6  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0132845  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1695  hypothetical protein  30.54 
 
 
238 aa  83.2  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6529  hypothetical protein  42.11 
 
 
328 aa  80.5  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.270942  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01781  hypothetical protein  30.65 
 
 
277 aa  80.5  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.270891  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1269  hypothetical protein  29.55 
 
 
249 aa  79.3  0.00000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000174467 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2488  hypothetical protein  30 
 
 
237 aa  79  0.00000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.101842 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3747  hypothetical protein  28.87 
 
 
231 aa  78.6  0.00000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.831367  normal  0.357527 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2362  hypothetical protein  32.62 
 
 
239 aa  77.8  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.170965 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1295  hypothetical protein  28.94 
 
 
237 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.785718  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0972  hypothetical protein  30.61 
 
 
250 aa  76.6  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.221303  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01570  hypothetical protein  32.91 
 
 
244 aa  75.5  0.0000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2172  hypothetical protein  32.22 
 
 
239 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2576  putative transmembrane protein  32.22 
 
 
239 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.245443 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3783  hypothetical protein  29.88 
 
 
228 aa  73.2  0.000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.619325  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3005  hypothetical protein  31.82 
 
 
233 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.660261  normal  0.0479294 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2687  hypothetical protein  31.82 
 
 
230 aa  69.3  0.00000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1647  hypothetical protein  29.96 
 
 
242 aa  68.6  0.00000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.042207  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7563  hypothetical protein  31.02 
 
 
234 aa  68.2  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.434123  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0696  transmembrane protein  29.71 
 
 
240 aa  67.8  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.220237  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0649  hypothetical protein  31.15 
 
 
227 aa  66.6  0.0000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2635  hypothetical protein  28.39 
 
 
232 aa  66.6  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.352315  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5289  putative transmembrane protein  27.69 
 
 
275 aa  65.1  0.0000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0076  hypothetical protein  28.87 
 
 
236 aa  64.3  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.499992  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1718  hypothetical protein  31.91 
 
 
242 aa  63.2  0.000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.202927 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3668  hypothetical protein  45.83 
 
 
299 aa  59.3  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3537  hypothetical protein  28.63 
 
 
234 aa  58.9  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.440642  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5200  hypothetical protein  43.75 
 
 
258 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.131551 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3491  hypothetical protein  43.1 
 
 
696 aa  50.1  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.445779  normal  0.366165 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0607  putative anti-sigmaE protein  31.17 
 
 
210 aa  44.7  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.116214 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3720  Anti-sigma-K factor RskA  32.79 
 
 
285 aa  44.7  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.68352  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>