56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3005 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3005  hypothetical protein  100 
 
 		 233 aa  456  1e-127  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.660261  normal  0.0479294 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2687  hypothetical protein  96.09 
 
 		 230 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3056  hypothetical protein  63.79 
 
 		 243 aa  272  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0361  hypothetical protein  59.39 
 
 		 235 aa  259  3e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5177  hypothetical protein  58.08 
 
 		 235 aa  257  1e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3747  hypothetical protein  58.8 
 
 		 231 aa  234  9e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.831367  normal  0.357527 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1269  hypothetical protein  50 
 
 		 249 aa  209  3e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000174467 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3808  RNA polymerase sigma-70 family protein  54.81 
 
 		 248 aa  202  4e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.178048  normal  0.362907 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0162  hypothetical protein  44.49 
 
 		 245 aa  166  2e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.88805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2488  hypothetical protein  45.49 
 
 		 237 aa  148  8e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.101842 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0972  hypothetical protein  34.18 
 
 		 250 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.221303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3548  hypothetical protein  41.26 
 
 		 230 aa  112  3e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.390955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1718  hypothetical protein  36.63 
 
 		 242 aa  107  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.202927 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7563  hypothetical protein  36.99 
 
 		 234 aa  91.7  8e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.434123  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4493  hypothetical protein  30.96 
 
 		 243 aa  83.2  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129044 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4360  hypothetical protein  30.96 
 
 		 243 aa  83.2  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1097  hypothetical protein  32.34 
 
 		 254 aa  80.1  0.00000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1332  hypothetical protein  31.74 
 
 		 234 aa  78.6  0.00000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3920  uncharacterized protein-like protein  36.05 
 
 		 241 aa  77.8  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00106031  normal  0.125751 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3537  hypothetical protein  31.88 
 
 		 234 aa  77  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.440642  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0400  uncharacterized protein-like protein  30.71 
 
 		 238 aa  73.6  0.000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1085  putative transmembrane protein  29.3 
 
 		 260 aa  70.9  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3590  hypothetical protein  31.51 
 
 		 233 aa  69.3  0.00000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.080762  normal  0.394996 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6587  hypothetical protein  28.63 
 
 		 244 aa  68.9  0.00000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0308609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1295  hypothetical protein  28.64 
 
 		 237 aa  68.6  0.00000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.785718  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0649  hypothetical protein  32.03 
 
 		 227 aa  68.6  0.00000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1695  hypothetical protein  27.07 
 
 		 238 aa  66.6  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0073  hypothetical protein  29.82 
 
 		 239 aa  65.5  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0271234 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1137  hypothetical protein  23.77 
 
 		 254 aa  64.3  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0088  hypothetical protein  28.11 
 
 		 239 aa  64.3  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4573  hypothetical protein  29.53 
 
 		 260 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2576  putative transmembrane protein  31.25 
 
 		 239 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.245443 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2172  hypothetical protein  31.25 
 
 		 239 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0888  hypothetical protein  29.13 
 
 		 260 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01781  hypothetical protein  26.47 
 
 		 277 aa  61.6  0.00000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.270891  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0696  transmembrane protein  29.07 
 
 		 240 aa  60.1  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.220237  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4013  uncharacterized protein-like protein  30.38 
 
 		 234 aa  59.7  0.00000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0859661 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0461  hypothetical protein  29.28 
 
 		 240 aa  58.9  0.00000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5507  uncharacterized protein-like protein  34.91 
 
 		 229 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.250869 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4227  hypothetical protein  22.18 
 
 		 294 aa  56.6  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0076  hypothetical protein  29.63 
 
 		 236 aa  56.6  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.499992  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1647  hypothetical protein  28.98 
 
 		 242 aa  55.8  0.0000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.042207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1826  hypothetical protein  22.19 
 
 		 315 aa  55.5  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0616664  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2635  hypothetical protein  25 
 
 		 232 aa  55.1  0.0000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.352315  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3783  hypothetical protein  29.02 
 
 		 228 aa  52  0.000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.619325  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2362  hypothetical protein  28.14 
 
 		 239 aa  50.1  0.00003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170965 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0607  putative anti-sigmaE protein  32.38 
 
 		 210 aa  47  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.116214 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5200  hypothetical protein  28.05 
 
 		 258 aa  45.8  0.0006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.131551 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3491  hypothetical protein  42.19 
 
 		 696 aa  45.4  0.0007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.445779  normal  0.366165 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01570  hypothetical protein  25.9 
 
 		 244 aa  44.7  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3908  hypothetical protein  36.23 
 
 		 302 aa  45.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0132845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3668  hypothetical protein  35.29 
 
 		 299 aa  44.3  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00553  hypothetical protein  31.19 
 
 		 253 aa  43.5  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3889  uncharacterized protein-like protein  42.5 
 
 		 259 aa  43.1  0.004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.725868  normal  0.210735 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6529  hypothetical protein  36.23 
 
 		 328 aa  43.1  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.270942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4257  uncharacterized protein-like protein  42.5 
 
 		 259 aa  43.1  0.004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.683033 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>