58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4493 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010678  Rpic_4360  hypothetical protein  100 
 
 
243 aa  486  1e-136  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4493  hypothetical protein  100 
 
 
243 aa  486  1e-136  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00129044 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6587  hypothetical protein  44.35 
 
 
244 aa  203  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0308609  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3590  hypothetical protein  36.63 
 
 
233 aa  112  6e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.080762  normal  0.394996 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0088  hypothetical protein  33.05 
 
 
239 aa  111  9e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0073  hypothetical protein  33.76 
 
 
239 aa  108  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0271234 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0461  hypothetical protein  32.07 
 
 
240 aa  108  6e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01781  hypothetical protein  30.12 
 
 
277 aa  106  4e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.270891  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3747  hypothetical protein  31.36 
 
 
231 aa  105  6e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.831367  normal  0.357527 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0888  hypothetical protein  33.6 
 
 
260 aa  103  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5177  hypothetical protein  32.16 
 
 
235 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1269  hypothetical protein  33.33 
 
 
249 aa  100  3e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000174467 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4573  hypothetical protein  33.2 
 
 
260 aa  99.4  5e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1695  hypothetical protein  31.62 
 
 
238 aa  98.6  8e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0361  hypothetical protein  30.4 
 
 
235 aa  98.2  9e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5507  uncharacterized protein-like protein  35.71 
 
 
229 aa  97.1  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.250869 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1097  hypothetical protein  32.53 
 
 
254 aa  97.1  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0400  uncharacterized protein-like protein  34.94 
 
 
238 aa  94  2e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3920  uncharacterized protein-like protein  35.71 
 
 
241 aa  93.2  3e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00106031  normal  0.125751 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4227  hypothetical protein  29.23 
 
 
294 aa  89  7e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0696  transmembrane protein  32.77 
 
 
240 aa  87.8  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.220237  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3005  hypothetical protein  30.96 
 
 
233 aa  85.5  6e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.660261  normal  0.0479294 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3548  hypothetical protein  31.36 
 
 
230 aa  85.1  9e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.390955  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3908  hypothetical protein  29.23 
 
 
302 aa  85.1  9e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0132845  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4257  uncharacterized protein-like protein  34.66 
 
 
259 aa  85.1  9e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.683033 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3889  uncharacterized protein-like protein  34.66 
 
 
259 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.725868  normal  0.210735 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2576  putative transmembrane protein  30.42 
 
 
239 aa  84  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.245443 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2172  hypothetical protein  30.42 
 
 
239 aa  84  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0162  hypothetical protein  32.23 
 
 
245 aa  83.2  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.88805  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3668  hypothetical protein  28.93 
 
 
299 aa  83.6  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2687  hypothetical protein  31.8 
 
 
230 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3056  hypothetical protein  29.49 
 
 
243 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0076  hypothetical protein  29.79 
 
 
236 aa  81.3  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.499992  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1137  hypothetical protein  28.51 
 
 
254 aa  81.3  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0649  hypothetical protein  34.02 
 
 
227 aa  80.5  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5200  hypothetical protein  34.48 
 
 
258 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.131551 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1085  putative transmembrane protein  28.85 
 
 
260 aa  80.9  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3783  hypothetical protein  31.54 
 
 
228 aa  76.6  0.0000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.619325  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1826  hypothetical protein  29.57 
 
 
315 aa  76.3  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0616664  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0972  hypothetical protein  26.69 
 
 
250 aa  75.1  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.221303  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3537  hypothetical protein  32.2 
 
 
234 aa  74.3  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.440642  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3808  RNA polymerase sigma-70 family protein  28.94 
 
 
248 aa  73.6  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.178048  normal  0.362907 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4013  uncharacterized protein-like protein  32.64 
 
 
234 aa  72  0.000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0859661 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01570  hypothetical protein  30.77 
 
 
244 aa  71.6  0.00000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2362  hypothetical protein  29.17 
 
 
239 aa  71.2  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.170965 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1647  hypothetical protein  28.74 
 
 
242 aa  67.8  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.042207  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1332  hypothetical protein  29.83 
 
 
234 aa  67.8  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2488  hypothetical protein  26.61 
 
 
237 aa  65.9  0.0000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.101842 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1295  hypothetical protein  27.75 
 
 
237 aa  65.9  0.0000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.785718  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7563  hypothetical protein  27.39 
 
 
234 aa  63.9  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.434123  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1718  hypothetical protein  25.71 
 
 
242 aa  62.4  0.000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.202927 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6529  hypothetical protein  40.48 
 
 
328 aa  62.4  0.000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.270942  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0607  putative anti-sigmaE protein  32.88 
 
 
210 aa  60.5  0.00000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.116214 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5289  putative transmembrane protein  26.52 
 
 
275 aa  59.3  0.00000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3491  hypothetical protein  49.25 
 
 
696 aa  58.2  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.445779  normal  0.366165 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0288  Anti-sigma-K factor RskA  25.32 
 
 
224 aa  55.8  0.0000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2635  hypothetical protein  24.89 
 
 
232 aa  53.5  0.000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.352315  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0341  hypothetical protein  25.86 
 
 
259 aa  46.2  0.0005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>