More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3010 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2726  sodium:dicarboxylate symporter  89.89 
 
 		 445 aa  801    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.878758  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3010  Sodium:dicarboxylate symporter  100 
 
 		 445 aa  883    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0666603  normal  0.647042 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2859  sodium:dicarboxylate symporter  83.52 
 
 		 449 aa  756    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2441  sodium:dicarboxylate symporter  93.48 
 
 		 445 aa  837    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.990408  normal  0.705886 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4205  C4-dicarboxylate transport protein  81.35 
 
 		 445 aa  734    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1244  sodium:dicarboxylate symporter  73.12 
 
 		 444 aa  631  1e-180  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2234  sodium:dicarboxylate symporter  71.36 
 
 		 442 aa  620  1e-176  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.709095 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2241  sodium:dicarboxylate symporter  71 
 
 		 443 aa  613  9.999999999999999e-175  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.896869  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0330  C4-dicarboxylate transporter DctA  64.88 
 
 		 428 aa  506  9.999999999999999e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0192  C4-dicarboxylate transporter DctA  64.69 
 
 		 429 aa  506  9.999999999999999e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0620705 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0186  C4-dicarboxylate transporter DctA  64.45 
 
 		 429 aa  503  1e-141  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.436113  normal  0.912792 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0309  sodium:dicarboxylate symporter  63.35 
 
 		 453 aa  494  1e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3225  sodium:dicarboxylate symporter  60.66 
 
 		 439 aa  489  1e-137  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.891613  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6215  C4-dicarboxylate transporter DctA  61.45 
 
 		 429 aa  488  1e-137  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0399  C4-dicarboxylate transporter DctA  63.61 
 
 		 444 aa  490  1e-137  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4772  sodium:dicarboxylate symporter  59.2 
 
 		 449 aa  489  1e-137  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.234615  normal  0.37681 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3258  sodium:dicarboxylate symporter  58.85 
 
 		 446 aa  484  1e-136  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.823996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4744  sodium:dicarboxylate symporter  59.14 
 
 		 453 aa  486  1e-136  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.747826 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0228  C4-dicarboxylate transporter DctA  58.45 
 
 		 429 aa  486  1e-136  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2884  C4-dicarboxylate transporter DctA  61.36 
 
 		 430 aa  487  1e-136  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0997591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2259  C4-dicarboxylate transporter DctA  61.36 
 
 		 430 aa  487  1e-136  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0381  sodium:dicarboxylate symporter  58.88 
 
 		 437 aa  485  1e-136  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000240059  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2873  C4-dicarboxylate transporter DctA  61.36 
 
 		 430 aa  487  1e-136  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.259802  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0430  C4-dicarboxylate transporter DctA  61.68 
 
 		 429 aa  487  1e-136  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0476  C4-dicarboxylate transporter DctA  62.41 
 
 		 428 aa  482  1e-135  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.145716  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2601  sodium:dicarboxylate symporter  60.37 
 
 		 465 aa  482  1e-135  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0835858  normal  0.133431 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2129  sodium:dicarboxylate symporter  62.71 
 
 		 457 aa  482  1e-135  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.213541  normal  0.35814 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0640  C4-dicarboxylate transporter DctA  62.41 
 
 		 444 aa  482  1e-135  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.367999  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0456  C4-dicarboxylate transporter DctA  62.41 
 
 		 428 aa  482  1e-135  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1437  C4-dicarboxylate transporter DctA  58.06 
 
 		 447 aa  483  1e-135  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0432682  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2928  C4-dicarboxylate transporter DctA  62.74 
 
 		 429 aa  483  1e-135  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2324  sodium:dicarboxylate symporter  60.37 
 
 		 465 aa  482  1e-135  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.365188  normal  0.479162 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1039  sodium:dicarboxylate symporter  60.42 
 
 		 439 aa  483  1e-135  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.681651 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2790  C4-dicarboxylate transporter DctA  62.74 
 
 		 429 aa  484  1e-135  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.712352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3748  C4-dicarboxylate transporter DctA  57.31 
 
 		 448 aa  482  1e-135  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0367  sodium:dicarboxylate symporter  59.43 
 
 		 447 aa  484  1e-135  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2815  C4-dicarboxylate transporter DctA  62.17 
 
 		 428 aa  479  1e-134  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2279  sodium:dicarboxylate symporter  62.53 
 
 		 462 aa  480  1e-134  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.316015  normal  0.71556 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3228  C4-dicarboxylate transporter DctA  62.17 
 
 		 428 aa  479  1e-134  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1389  C4-dicarboxylate transporter DctA  62.17 
 
 		 428 aa  479  1e-134  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2297  sodium:dicarboxylate symporter  62.98 
 
 		 450 aa  478  1e-134  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.372192  normal  0.0362387 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0204  C4-dicarboxylate transporter DctA  62.17 
 
 		 428 aa  479  1e-134  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0132  sodium:dicarboxylate symporter  59.47 
 
 		 449 aa  478  1e-133  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0735159  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3283  sodium:dicarboxylate symporter  58.88 
 
 		 447 aa  475  1e-133  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3059  sodium:dicarboxylate symporter  58.88 
 
 		 447 aa  476  1e-133  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0356  sodium:dicarboxylate symporter  58.49 
 
 		 442 aa  473  1e-132  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.212213  normal  0.69556 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0277  C4-dicarboxylate transporter DctA  60.1 
 
 		 431 aa  467  9.999999999999999e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3480  C4-dicarboxylate transporter DctA  56.5 
 
 		 444 aa  467  9.999999999999999e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.327392  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03376  C4-dicarboxylate transport protein  56.9 
 
 		 428 aa  463  1e-129  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3731  C4-dicarboxylate transporter DctA  56.9 
 
 		 428 aa  463  1e-129  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0185  sodium:dicarboxylate symporter  56.9 
 
 		 428 aa  463  1e-129  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3836  C4-dicarboxylate transporter DctA  56.9 
 
 		 428 aa  463  1e-129  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.275466 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03329  hypothetical protein  56.9 
 
 		 428 aa  463  1e-129  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0518  C4-dicarboxylate transporter DctA  60.39 
 
 		 426 aa  462  1e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.51947  normal  0.633866 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0189  C4-dicarboxylate transporter DctA  56.9 
 
 		 428 aa  463  1e-129  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3934  C4-dicarboxylate transporter DctA  56.9 
 
 		 428 aa  463  1e-129  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5339  C4-dicarboxylate transporter DctA  57.24 
 
 		 465 aa  464  1e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4016  C4-dicarboxylate transporter DctA  56.9 
 
 		 428 aa  463  1e-129  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2717  C4-dicarboxylate transporter DctA  55.9 
 
 		 443 aa  461  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4892  C4-dicarboxylate transporter DctA  56.9 
 
 		 428 aa  464  1e-129  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.321398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0098  C4-dicarboxylate transporter DctA  57.41 
 
 		 429 aa  461  9.999999999999999e-129  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1856  sodium:dicarboxylate symporter  56.34 
 
 		 440 aa  458  9.999999999999999e-129  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6225  C4-dicarboxylate transport protein  54.71 
 
 		 444 aa  461  9.999999999999999e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2100  Sodium/dicarboxylate symporter  56.34 
 
 		 440 aa  458  9.999999999999999e-129  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0225  C4-dicarboxylate transporter DctA  59.86 
 
 		 426 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1777  sodium:dicarboxylate symporter  56.34 
 
 		 440 aa  458  9.999999999999999e-129  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4064  C4-dicarboxylate transporter DctA  57.41 
 
 		 429 aa  460  9.999999999999999e-129  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0083  C4-dicarboxylate transporter DctA  57.35 
 
 		 430 aa  459  9.999999999999999e-129  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4067  C4-dicarboxylate transporter DctA  57.41 
 
 		 429 aa  461  9.999999999999999e-129  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.409819 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2884  sodium:dicarboxylate symporter  55.9 
 
 		 425 aa  457  1e-127  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.701489  normal  0.137865 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3925  C4-dicarboxylate transporter DctA  56.29 
 
 		 428 aa  456  1e-127  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3501  C4-dicarboxylate transporter DctA  56.67 
 
 		 451 aa  456  1e-127  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0982  C4-dicarboxylate transporter DctA  55.08 
 
 		 452 aa  456  1e-127  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.206436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4108  sodium:dicarboxylate symporter  59.38 
 
 		 434 aa  456  1e-127  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0814495  normal  0.311636 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33260  C4-dicarboxylate transporter DctA  55.74 
 
 		 442 aa  452  1.0000000000000001e-126  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.36472  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0080  C4-dicarboxylate transporter DctA  56.87 
 
 		 430 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3060  sodium:dicarboxylate symporter  55.32 
 
 		 449 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.694529  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4178  C4-dicarboxylate transporter DctA  55.37 
 
 		 454 aa  454  1.0000000000000001e-126  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.174427 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2032  C4-dicarboxylate transporter DctA  55.48 
 
 		 447 aa  452  1.0000000000000001e-126  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1774  sodium:dicarboxylate symporter  56.71 
 
 		 448 aa  454  1.0000000000000001e-126  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.458594  normal  0.0497 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1682  C4-dicarboxylate transport protein  56.35 
 
 		 460 aa  449  1e-125  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.662063  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0153  C4-dicarboxylate transporter DctA  57.63 
 
 		 429 aa  450  1e-125  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.401467 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3707  C4-dicarboxylate transporter DctA  56.83 
 
 		 450 aa  450  1e-125  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151684 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3890  C4-dicarboxylate transporter DctA  56.29 
 
 		 430 aa  448  1e-125  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1188  C4-dicarboxylate transporter DctA  56.56 
 
 		 440 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.32454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4196  C4-dicarboxylate transporter DctA  55.56 
 
 		 436 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2034  C4-dicarboxylate transporter DctA  57.41 
 
 		 442 aa  446  1.0000000000000001e-124  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.636554  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0183  sodium:dicarboxylate symporter  56.74 
 
 		 434 aa  447  1.0000000000000001e-124  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4197  C4-dicarboxylate transporter DctA  60.87 
 
 		 426 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.481188 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2978  C4-dicarboxylate transporter DctA  57.25 
 
 		 444 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231883  normal  0.172231 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49130  C4-dicarboxylate transporter DctA  55.56 
 
 		 436 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000308919 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4078  C4-dicarboxylate transporter DctA  55.06 
 
 		 428 aa  445  1.0000000000000001e-124  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1218  C4-dicarboxylate transporter DctA  56.59 
 
 		 440 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.623958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1200  C4-dicarboxylate transporter DctA  56.83 
 
 		 440 aa  444  1e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3547  sodium:dicarboxylate symporter  55.71 
 
 		 454 aa  443  1e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0280524 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3353  sodium:dicarboxylate symporter  56.31 
 
 		 447 aa  445  1e-123  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1440  C4-dicarboxylate transporter DctA  56.61 
 
 		 448 aa  444  1e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.022063  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4228  C4-dicarboxylate transporter DctA  56.83 
 
 		 440 aa  444  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0009  sodium:dicarboxylate symporter  55.85 
 
 		 450 aa  442  1e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.767498  normal  0.693161 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0027  sodium:dicarboxylate symporter  56.09 
 
 		 450 aa  443  1e-123  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>