26 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3705 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3705  CI repressor  100 
 
 		 126 aa  256  8e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.126263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1732  bacteriophage CI repressor  83.33 
 
 		 125 aa  217  5e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000144956  normal  0.557146 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4133  transcriptional regulator-related protein  82.54 
 
 		 125 aa  214  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1859  CI repressor  61.98 
 
 		 128 aa  159  9e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00836044  normal  0.0132709 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04120  transcriptional regulator  44.07 
 
 		 129 aa  96.7  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0804  hypothetical protein  38.03 
 
 		 236 aa  55.5  0.0000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.00564078  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1615  hypothetical protein  40 
 
 		 174 aa  49.3  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1261  putative phage repressor  34.38 
 
 		 236 aa  48.9  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000205761 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0272  putative phage repressor  31.15 
 
 		 235 aa  46.6  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0877  CI repressor  38.1 
 
 		 288 aa  46.6  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.277312  normal  0.131119 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2082  CI repressor  38.1 
 
 		 287 aa  45.1  0.0004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3154  CI repressor  33.33 
 
 		 285 aa  44.7  0.0005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0335  putative phage repressor  27.42 
 
 		 230 aa  44.7  0.0005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0163  transcriptional regulator, XRE family  22.69 
 
 		 141 aa  42.7  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.953205  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1837  CI repressor  36.23 
 
 		 270 aa  42.7  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.526818  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1586  putative PAS/PAC sensor protein  37.29 
 
 		 541 aa  42.4  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.822014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0976  putative phage repressor  31.94 
 
 		 284 aa  42  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.786838  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1427  CI repressor  33.33 
 
 		 240 aa  42  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0700  bacteriophage CI repressor  32.79 
 
 		 255 aa  42  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000290373 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1980  transcriptional regulator, putative  37.1 
 
 		 219 aa  41.6  0.004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00751555  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1994  putative PAS/PAC sensor protein  35.09 
 
 		 543 aa  41.2  0.005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.199074  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05009  hypothetical protein  30.99 
 
 		 208 aa  40.8  0.007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0819  putative phage repressor  34.38 
 
 		 229 aa  40.4  0.008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2949  DNA-binding protein, putative  32.84 
 
 		 231 aa  40.4  0.008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1230  hypothetical protein  26.47 
 
 		 179 aa  40.4  0.008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.384901  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2707  putative PAS/PAC sensor protein  35.59 
 
 		 640 aa  40.4  0.009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.109569 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>