28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3154 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3154  CI repressor  100 
 
 		 285 aa  580  1e-164  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2082  CI repressor  55.12 
 
 		 287 aa  293  2e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0877  CI repressor  51.64 
 
 		 288 aa  288  9e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.277312  normal  0.131119 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1837  CI repressor  52.94 
 
 		 270 aa  284  2.0000000000000002e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.526818  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1342  bacteriophage CI repressor  35.39 
 
 		 198 aa  123  3e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0453655  normal  0.646856 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2793  CI repressor  35.6 
 
 		 189 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.130496  normal  0.0967608 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00833  hypothetical protein  35.08 
 
 		 189 aa  120  3e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.463042  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00817  Repressor protein  34.55 
 
 		 187 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.392805  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0911  putative bacteriophage CI repressor protein  34.55 
 
 		 189 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000321718  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0883  CI repressor  32.63 
 
 		 187 aa  117  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05009  hypothetical protein  32.02 
 
 		 208 aa  91.3  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3513  bacteriophage CI repressor  26.92 
 
 		 195 aa  81.3  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0780259  normal  0.0343315 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1269  bacteriophage CI repressor  25.33 
 
 		 233 aa  68.9  0.00000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.613908  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3505  repressor protein  27.97 
 
 		 137 aa  67.8  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.07388e-18 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0700  bacteriophage CI repressor  23.79 
 
 		 255 aa  61.2  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000290373 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1076  putative bacteriophage CI repressor protein  23.11 
 
 		 215 aa  56.6  0.0000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3065  phage repressor protein cI  27.1 
 
 		 134 aa  56.6  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1010  probable phage regulatory protein CI  20.75 
 
 		 318 aa  50.8  0.00003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1615  hypothetical protein  30.86 
 
 		 174 aa  49.3  0.00007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2707  putative PAS/PAC sensor protein  40.68 
 
 		 640 aa  47  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.109569 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0506  hypothetical protein, putative phage gene  24.78 
 
 		 147 aa  45.4  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0589697  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1261  putative phage repressor  26.01 
 
 		 236 aa  44.7  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000205761 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3705  CI repressor  33.33 
 
 		 126 aa  44.7  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.126263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1427  CI repressor  27.27 
 
 		 240 aa  43.9  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0976  putative phage repressor  30.56 
 
 		 284 aa  43.9  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.786838  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0819  putative phage repressor  28.46 
 
 		 229 aa  43.1  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2067  putative phage repressor  28.87 
 
 		 247 aa  42.4  0.009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000502138  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04120  transcriptional regulator  40.38 
 
 		 129 aa  42.4  0.01  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>