41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2856 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2856  type IV pilus assembly PilZ  100 
 
 		 249 aa  517  1e-146  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0535348  normal  0.192411 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20700  putative glycosyltransferase  60.24 
 
 		 263 aa  322  3e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1777  type IV pilus assembly protein PilZ  59.44 
 
 		 251 aa  313  9.999999999999999e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1923  hypothetical protein  57.85 
 
 		 248 aa  300  2e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.442768  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4397  type IV pilus assembly PilZ  56.56 
 
 		 247 aa  293  1e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.822283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3490  hypothetical protein  57.44 
 
 		 248 aa  293  2e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.291919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3958  type IV pilus assembly PilZ  56.56 
 
 		 247 aa  293  2e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1457  type IV pilus assembly PilZ  56.15 
 
 		 247 aa  291  6e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.200257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3738  type IV pilus assembly PilZ  56.56 
 
 		 247 aa  290  2e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.146635  normal  0.808645 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4257  hypothetical protein  55.74 
 
 		 244 aa  287  1e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.821712 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1211  glycosyltransferase-like protein  27.11 
 
 		 246 aa  80.5  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0920  hypothetical protein  27.03 
 
 		 238 aa  65.1  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4582  YcgR family protein  25.44 
 
 		 257 aa  62  0.000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000154259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2358  YcgR family protein  25.64 
 
 		 243 aa  60.5  0.00000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.482275  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2895  type IV pilus assembly PilZ  25 
 
 		 263 aa  60.5  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.483653  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1606  YcgR  27.04 
 
 		 258 aa  59.3  0.00000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.017859  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27860  Metal-dependent phosphohydrolase, HD domain protein  32.59 
 
 		 563 aa  58.5  0.00000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0896  putative YcgR-like protein  25.33 
 
 		 258 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.74738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1520  YcgR family protein  25.52 
 
 		 244 aa  54.3  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1597  hypothetical protein  22.84 
 
 		 255 aa  53.9  0.000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1936  YcgR family protein  25.1 
 
 		 244 aa  53.1  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.447296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1940  YcgR family protein  25.1 
 
 		 244 aa  52.8  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.426731  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2957  YcgR family protein  25.54 
 
 		 249 aa  51.6  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.4331 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1335  YcgR family protein  24.69 
 
 		 244 aa  50.4  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0341188  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1996  hypothetical protein  23.97 
 
 		 244 aa  49.3  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1954  putative type IV pilus assembly protein PilZ  24.14 
 
 		 244 aa  47.4  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.165667  normal  0.123156 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2454  YcgR family protein  24.24 
 
 		 244 aa  46.6  0.0004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00258374  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01169  YcgR  24.24 
 
 		 244 aa  46.6  0.0004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.563205  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01179  hypothetical protein  24.24 
 
 		 244 aa  46.6  0.0004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.507814  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2431  YcgR family protein  24.24 
 
 		 244 aa  46.6  0.0004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.517403  normal  0.384993 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1339  putative type IV pilus assembly protein PilZ  24.68 
 
 		 244 aa  46.6  0.0004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.905836  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1297  putative type IV pilus assembly protein PilZ  24.68 
 
 		 244 aa  46.6  0.0004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.396022  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2541  metal dependent phosphohydrolase  26.09 
 
 		 588 aa  46.6  0.0004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1850  YcgR family protein  25 
 
 		 257 aa  45.8  0.0007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.184522 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3785  YcgR family protein  25.32 
 
 		 257 aa  45.4  0.0008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2567  YcgR family protein  25.33 
 
 		 237 aa  44.3  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2894  type IV pilus assembly PilZ  27.22 
 
 		 259 aa  44.3  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.893186  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1352  putative type IV pilus assembly protein PilZ  23.38 
 
 		 244 aa  43.5  0.003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2926  YcgR family protein  24.27 
 
 		 251 aa  43.9  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.764768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0149  hypothetical protein  24.29 
 
 		 257 aa  43.9  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.554596 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3061  YcgR family protein  24.27 
 
 		 251 aa  43.9  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>