59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3061 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_3061  YcgR family protein  100 
 
 		 251 aa  510  1e-144  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2926  YcgR family protein  100 
 
 		 251 aa  510  1e-144  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.764768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6362  YcgR family protein  96.02 
 
 		 251 aa  495  1e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3035  YcgR family protein  95.62 
 
 		 251 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3016  YcgR family protein  95.62 
 
 		 251 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0561484  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2402  YcgR  95.62 
 
 		 251 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3011  YcgR family protein  90.84 
 
 		 251 aa  474  1e-133  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0249  YcgR protein superfamily protein  76.98 
 
 		 252 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0472  YcgR protein superfamily protein  78.72 
 
 		 252 aa  391  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3345  hypothetical protein  78.72 
 
 		 252 aa  391  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0287  hypothetical protein  78.72 
 
 		 252 aa  391  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0275  hypothetical protein  78.72 
 
 		 252 aa  391  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2090  hypothetical protein  78.72 
 
 		 252 aa  391  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3334  hypothetical protein  78.72 
 
 		 252 aa  391  1e-108  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3003  hypothetical protein  78.72 
 
 		 252 aa  391  1e-108  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.551391  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0149  hypothetical protein  72.06 
 
 		 257 aa  364  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.554596 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3785  YcgR family protein  72.11 
 
 		 257 aa  363  1e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2957  YcgR family protein  68.09 
 
 		 249 aa  333  2e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.4331 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0896  putative YcgR-like protein  45.49 
 
 		 258 aa  224  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.74738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4582  YcgR family protein  46.96 
 
 		 257 aa  217  1e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000154259  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2316  YcgR family protein  38.24 
 
 		 250 aa  165  8e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2214  YcgR family protein  38.53 
 
 		 252 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2031  YcgR family protein  35.68 
 
 		 254 aa  157  2e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1758  YcgR family protein  36.12 
 
 		 255 aa  156  3e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3299  hypothetical protein  31.8 
 
 		 252 aa  137  1e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0132332  normal  0.0732799 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3148  pilZ family protein  31.8 
 
 		 249 aa  137  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.337895  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3286  YcgR family protein  31.8 
 
 		 252 aa  137  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1954  putative type IV pilus assembly protein PilZ  30.42 
 
 		 244 aa  133  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.165667  normal  0.123156 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1352  putative type IV pilus assembly protein PilZ  30.42 
 
 		 244 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2431  YcgR family protein  30.83 
 
 		 244 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.517403  normal  0.384993 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2454  YcgR family protein  30.83 
 
 		 244 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00258374  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01179  hypothetical protein  30.83 
 
 		 244 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.507814  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01169  YcgR  30.83 
 
 		 244 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.563205  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1339  putative type IV pilus assembly protein PilZ  30.42 
 
 		 244 aa  132  5e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.905836  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1297  putative type IV pilus assembly protein PilZ  30.42 
 
 		 244 aa  132  5e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.396022  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5917  putative YcgR-like protein; putative protein involved in flagellar function  32.26 
 
 		 264 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.73115 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2358  YcgR family protein  30.64 
 
 		 243 aa  121  9.999999999999999e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.482275  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5312  YcgR  33.47 
 
 		 265 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1996  hypothetical protein  31.49 
 
 		 244 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1936  YcgR family protein  31.62 
 
 		 244 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.447296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1335  YcgR family protein  31.06 
 
 		 244 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0341188  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1520  YcgR family protein  31.06 
 
 		 244 aa  119  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1940  YcgR family protein  31.2 
 
 		 244 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.426731  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3338  YcgR  32.02 
 
 		 247 aa  103  3e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0035221 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0777  YcgR  27.64 
 
 		 264 aa  100  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.101382 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1597  hypothetical protein  28.96 
 
 		 255 aa  84.7  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00049  type IV pilus assembly protein PilZ  28.21 
 
 		 265 aa  84.3  0.000000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2567  YcgR family protein  31.33 
 
 		 237 aa  77  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2895  type IV pilus assembly PilZ  26.34 
 
 		 263 aa  73.2  0.000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.483653  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1606  YcgR  28.14 
 
 		 258 aa  71.6  0.00000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.017859  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2894  type IV pilus assembly PilZ  27.97 
 
 		 259 aa  69.7  0.00000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.893186  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1850  YcgR family protein  27.07 
 
 		 257 aa  68.6  0.00000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.184522 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0920  hypothetical protein  28.93 
 
 		 238 aa  62.4  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0380  type IV pilus assembly PilZ  24.03 
 
 		 228 aa  57  0.0000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2862  glycosyltransferase-like protein  32.62 
 
 		 229 aa  50.8  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1014  type IV pilus assembly PilZ  27.57 
 
 		 251 aa  50.4  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1211  glycosyltransferase-like protein  25 
 
 		 246 aa  47.4  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2856  type IV pilus assembly PilZ  24.27 
 
 		 249 aa  43.9  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0535348  normal  0.192411 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1416  type IV pilus assembly PilZ  29.8 
 
 		 225 aa  42  0.008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.689221 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>