57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2231 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2231  blue (type1) copper domain-containing protein  100 
 
 		 177 aa  365  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.503031  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27840  hypothetical protein  60.77 
 
 		 205 aa  209  1e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2350  hypothetical protein  58.33 
 
 		 182 aa  204  4e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3854  uncharacterized copper-binding protein  64.56 
 
 		 177 aa  198  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.874975 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2232  hypothetical protein  45.41 
 
 		 185 aa  170  7.999999999999999e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.53865  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0125  copper-binding protein  51.37 
 
 		 177 aa  157  7e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1676  blue (type1) copper domain-containing protein  47.13 
 
 		 167 aa  149  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.549233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3583  hypothetical protein  44.69 
 
 		 175 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2159  plastocyanin/azurin family copper binding protein  44.13 
 
 		 175 aa  137  7e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0076427  normal  0.727347 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1700  blue (type1) copper domain-containing protein  45.35 
 
 		 175 aa  135  4e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00435665 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2655  blue (type1) copper domain-containing protein  40.69 
 
 		 164 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.366193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1267  blue (type1) copper domain-containing protein  40 
 
 		 171 aa  107  7.000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00034808 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4824  blue (type1) copper domain-containing protein  35.83 
 
 		 160 aa  104  5e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.904248  normal  0.294152 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1635  oxidoreductase  40.69 
 
 		 181 aa  104  5e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.400621  normal  0.0387336 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1833  blue (type 1) copper domain protein  35.91 
 
 		 159 aa  102  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00584393 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1260  blue (type1) copper domain-containing protein  40 
 
 		 272 aa  100  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0922125  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0734  blue (type 1) copper domain protein  35.2 
 
 		 159 aa  100  1e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.227893  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2721  blue (type1) copper domain-containing protein  34.42 
 
 		 166 aa  99.8  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0479159  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2197  blue (type 1) copper domain protein  34.42 
 
 		 164 aa  99  3e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3425  putative copper tolerance protein  33.77 
 
 		 151 aa  99  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.792125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6116  putative oxido-reductase protein CopI  35.62 
 
 		 158 aa  99  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.251154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1667  blue (type1) copper domain-containing protein  33.7 
 
 		 164 aa  98.6  4e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5106  blue (type 1) copper domain protein  38.36 
 
 		 160 aa  98.2  6e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00549955 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5685  blue (type 1) copper domain protein  38.78 
 
 		 168 aa  97.8  7e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7873  blue (type 1) copper domain protein  35.09 
 
 		 156 aa  97.8  8e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3913  blue (type 1) copper domain protein  31.84 
 
 		 162 aa  97.1  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.444429  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4027  blue (type 1) copper domain protein  31.84 
 
 		 162 aa  97.1  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0457304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3980  blue (type 1) copper domain protein  34.03 
 
 		 166 aa  96.3  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4902  blue (type1) copper domain-containing protein  34.44 
 
 		 156 aa  94.4  9e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2668  blue (type1) copper domain-containing protein  34.01 
 
 		 163 aa  94  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.975423  normal  0.234604 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1092  blue (type 1) copper domain protein  35.1 
 
 		 165 aa  94  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4053  transposase Tn3 family protein  32.29 
 
 		 166 aa  93.2  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3487  blue (type1) copper domain-containing protein  33.91 
 
 		 170 aa  92.4  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5030  blue (type1) copper domain-containing protein  33.9 
 
 		 159 aa  91.7  5e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4583  normal  0.77741 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4603  blue (type1) copper domain-containing protein  35.37 
 
 		 160 aa  91.7  5e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.258245 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6520  putative copper tolerance protein (cupredoxin)  34.01 
 
 		 153 aa  91.3  7e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.264526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4269  blue (type1) copper domain-containing protein  33.77 
 
 		 161 aa  91.3  7e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.25109 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0575  blue (type1) copper domain-containing protein  32.02 
 
 		 154 aa  90.1  1e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0159129  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4551  blue (type1) copper domain-containing protein  37.16 
 
 		 171 aa  90.5  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2909  blue (type1) copper domain-containing protein  35.86 
 
 		 163 aa  89  4e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.272302  normal  0.0133564 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9849  copper tolerance protein  32.4 
 
 		 159 aa  88.6  5e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9844  copper tolerance protein  31.84 
 
 		 159 aa  86.7  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0348  blue (type1) copper domain-containing protein  37.31 
 
 		 189 aa  86.3  2e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.471869 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5863  blue (type 1) copper domain protein  33.12 
 
 		 159 aa  85.5  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06367  hypothetical protein  31.71 
 
 		 188 aa  85.1  4e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001394  hypothetical protein  33.56 
 
 		 188 aa  83.6  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000508588  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2601  blue (type1) copper domain-containing protein  34 
 
 		 160 aa  83.6  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.377321  normal  0.709674 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0713  hypothetical protein  30.67 
 
 		 190 aa  82.4  0.000000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1207  blue (type 1) copper domain protein  33.33 
 
 		 160 aa  82.8  0.000000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0922177  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0969  hypothetical protein  32.19 
 
 		 169 aa  80.9  0.00000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3995  blue (type1) copper domain-containing protein  30.59 
 
 		 180 aa  77  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.704782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3263  putative copper binding protein  32.82 
 
 		 176 aa  73.6  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2149  nitrite reductase, copper-containing  24.83 
 
 		 534 aa  49.3  0.00003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2073  blue (type1) copper domain-containing protein  27.85 
 
 		 161 aa  45.8  0.0004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.256815  normal  0.746059 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1667  hypothetical protein  26.45 
 
 		 129 aa  42.7  0.003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1421  hypothetical protein  28.1 
 
 		 131 aa  41.2  0.008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.753032  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1802  blue (type1) copper domain-containing protein  28.25 
 
 		 179 aa  40.8  0.009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.495145 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>