69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2655 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2655  blue (type1) copper domain-containing protein  100 
 
 		 164 aa  338  2e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.366193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1267  blue (type1) copper domain-containing protein  64.24 
 
 		 171 aa  207  4e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00034808 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1635  oxidoreductase  62.86 
 
 		 181 aa  201  5e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.400621  normal  0.0387336 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3980  blue (type 1) copper domain protein  63.89 
 
 		 166 aa  193  9e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2909  blue (type1) copper domain-containing protein  60.87 
 
 		 163 aa  193  9e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.272302  normal  0.0133564 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4053  transposase Tn3 family protein  62.5 
 
 		 166 aa  190  1e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0734  blue (type 1) copper domain protein  56.05 
 
 		 159 aa  185  2e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.227893  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1667  blue (type1) copper domain-containing protein  51.9 
 
 		 164 aa  176  1e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2601  blue (type1) copper domain-containing protein  49.69 
 
 		 160 aa  167  7e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.377321  normal  0.709674 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1207  blue (type 1) copper domain protein  49.69 
 
 		 160 aa  166  9e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0922177  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2721  blue (type1) copper domain-containing protein  51.26 
 
 		 166 aa  142  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0479159  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1260  blue (type1) copper domain-containing protein  55.46 
 
 		 272 aa  141  3e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0922125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2668  blue (type1) copper domain-containing protein  52.94 
 
 		 163 aa  141  5e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.975423  normal  0.234604 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2197  blue (type 1) copper domain protein  51.26 
 
 		 164 aa  140  7e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5685  blue (type 1) copper domain protein  52.94 
 
 		 168 aa  139  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4551  blue (type1) copper domain-containing protein  52.1 
 
 		 171 aa  135  3.0000000000000003e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3487  blue (type1) copper domain-containing protein  45.96 
 
 		 170 aa  133  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4824  blue (type1) copper domain-containing protein  40.85 
 
 		 160 aa  124  6e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.904248  normal  0.294152 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5106  blue (type 1) copper domain protein  52.07 
 
 		 160 aa  123  9e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00549955 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6116  putative oxido-reductase protein CopI  40.61 
 
 		 158 aa  123  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.251154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1833  blue (type 1) copper domain protein  50.42 
 
 		 159 aa  122  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00584393 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7873  blue (type 1) copper domain protein  44.09 
 
 		 156 aa  122  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3913  blue (type 1) copper domain protein  41.88 
 
 		 162 aa  121  4e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.444429  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4027  blue (type 1) copper domain protein  41.88 
 
 		 162 aa  121  4e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0457304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4269  blue (type1) copper domain-containing protein  38.41 
 
 		 161 aa  121  5e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.25109 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4603  blue (type1) copper domain-containing protein  45.53 
 
 		 160 aa  120  7e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.258245 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4902  blue (type1) copper domain-containing protein  41.73 
 
 		 156 aa  118  3.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0575  blue (type1) copper domain-containing protein  46.03 
 
 		 154 aa  115  3e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0159129  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9849  copper tolerance protein  40.36 
 
 		 159 aa  114  7.999999999999999e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9844  copper tolerance protein  40.96 
 
 		 159 aa  112  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6520  putative copper tolerance protein (cupredoxin)  43.7 
 
 		 153 aa  109  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.264526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5030  blue (type1) copper domain-containing protein  39.35 
 
 		 159 aa  109  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4583  normal  0.77741 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2231  blue (type1) copper domain-containing protein  40.69 
 
 		 177 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.503031  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1092  blue (type 1) copper domain protein  42.62 
 
 		 165 aa  108  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5863  blue (type 1) copper domain protein  40.62 
 
 		 159 aa  105  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2350  hypothetical protein  36.25 
 
 		 182 aa  104  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3425  putative copper tolerance protein  41.18 
 
 		 151 aa  103  9e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.792125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27840  hypothetical protein  36.25 
 
 		 205 aa  100  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3854  uncharacterized copper-binding protein  36.05 
 
 		 177 aa  99.4  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.874975 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3995  blue (type1) copper domain-containing protein  39.2 
 
 		 180 aa  94.4  7e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.704782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0125  copper-binding protein  35.46 
 
 		 177 aa  93.2  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3263  putative copper binding protein  41.82 
 
 		 176 aa  91.3  5e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1700  blue (type1) copper domain-containing protein  34.9 
 
 		 175 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00435665 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1676  blue (type1) copper domain-containing protein  36.88 
 
 		 167 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.549233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3583  hypothetical protein  34 
 
 		 175 aa  87.8  6e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2232  hypothetical protein  33.56 
 
 		 185 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.53865  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2159  plastocyanin/azurin family copper binding protein  33.33 
 
 		 175 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0076427  normal  0.727347 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0969  hypothetical protein  28.65 
 
 		 169 aa  79  0.00000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06367  hypothetical protein  32.79 
 
 		 188 aa  74.3  0.0000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0348  blue (type1) copper domain-containing protein  33.33 
 
 		 189 aa  74.3  0.0000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.471869 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001394  hypothetical protein  32.23 
 
 		 188 aa  74.7  0.0000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000508588  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0713  hypothetical protein  29.46 
 
 		 190 aa  69.7  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2073  blue (type1) copper domain-containing protein  31.2 
 
 		 161 aa  50.8  0.000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.256815  normal  0.746059 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2634  blue (type 1) copper domain protein  33.91 
 
 		 140 aa  50.1  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4485  hypothetical protein  34.43 
 
 		 178 aa  48.9  0.00003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.475375  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1880  blue (type 1) copper domain protein  25.4 
 
 		 722 aa  48.1  0.00005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.459048 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1576  hypothetical protein  26.13 
 
 		 167 aa  47.4  0.00008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0471287  hitchhiker  0.0000128418 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6137  blue (type 1) copper domain protein  26.23 
 
 		 669 aa  47  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2540  blue-copper-protein-like protein  28.57 
 
 		 153 aa  47  0.0001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00275414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18341  plastocyanin  32.43 
 
 		 119 aa  44.3  0.0007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.259314 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0759  blue (type1) copper domain-containing protein  26.23 
 
 		 287 aa  43.9  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00521723  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2109  hypothetical protein  26.62 
 
 		 153 aa  43.5  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2921  blue (type 1) copper domain protein  30.3 
 
 		 125 aa  42.7  0.002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0439603  normal  0.638215 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0581  plastocyanin  33.04 
 
 		 116 aa  42.7  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3489  multicopper oxidase, type 3  30 
 
 		 857 aa  42.4  0.003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.70701  normal  0.0660618 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06371  plastocyanin  33.04 
 
 		 116 aa  41.6  0.004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0952102  normal  0.874773 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2149  nitrite reductase, copper-containing  26.05 
 
 		 534 aa  42  0.004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0017  plastocyanin  33.04 
 
 		 116 aa  41.6  0.004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.771707  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06461  plastocyanin  32.14 
 
 		 116 aa  41.2  0.006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.937671  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>