71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5030 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_5030  blue (type1) copper domain-containing protein  100 
 
 		 159 aa  325  2.0000000000000001e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4583  normal  0.77741 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9849  copper tolerance protein  83.02 
 
 		 159 aa  275  2e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9844  copper tolerance protein  81.13 
 
 		 159 aa  266  5.9999999999999995e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5863  blue (type 1) copper domain protein  75.54 
 
 		 159 aa  228  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3995  blue (type1) copper domain-containing protein  49.61 
 
 		 180 aa  149  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.704782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2668  blue (type1) copper domain-containing protein  46.75 
 
 		 163 aa  148  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.975423  normal  0.234604 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5685  blue (type 1) copper domain protein  57.03 
 
 		 168 aa  146  9e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3263  putative copper binding protein  51.18 
 
 		 176 aa  143  1e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4902  blue (type1) copper domain-containing protein  48.89 
 
 		 156 aa  142  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4824  blue (type1) copper domain-containing protein  46.45 
 
 		 160 aa  142  3e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.904248  normal  0.294152 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2721  blue (type1) copper domain-containing protein  47.14 
 
 		 166 aa  140  7e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0479159  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7873  blue (type 1) copper domain protein  45.83 
 
 		 156 aa  140  9e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2197  blue (type 1) copper domain protein  45.71 
 
 		 164 aa  139  9.999999999999999e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1260  blue (type1) copper domain-containing protein  47.92 
 
 		 272 aa  139  9.999999999999999e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0922125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3487  blue (type1) copper domain-containing protein  47.8 
 
 		 170 aa  139  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4603  blue (type1) copper domain-containing protein  48.85 
 
 		 160 aa  135  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.258245 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4269  blue (type1) copper domain-containing protein  43.33 
 
 		 161 aa  130  6e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.25109 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3425  putative copper tolerance protein  45.52 
 
 		 151 aa  130  6.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.792125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1092  blue (type 1) copper domain protein  43.14 
 
 		 165 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4027  blue (type 1) copper domain protein  43.14 
 
 		 162 aa  127  9.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0457304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3913  blue (type 1) copper domain protein  43.14 
 
 		 162 aa  127  9.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.444429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6520  putative copper tolerance protein (cupredoxin)  45.45 
 
 		 153 aa  125  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.264526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4551  blue (type1) copper domain-containing protein  51.2 
 
 		 171 aa  124  5e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6116  putative oxido-reductase protein CopI  40.67 
 
 		 158 aa  119  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.251154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1267  blue (type1) copper domain-containing protein  42.06 
 
 		 171 aa  116  9.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00034808 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1833  blue (type 1) copper domain protein  42.95 
 
 		 159 aa  114  6.9999999999999995e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00584393 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1207  blue (type 1) copper domain protein  39.74 
 
 		 160 aa  112  3e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0922177  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2601  blue (type1) copper domain-containing protein  39.1 
 
 		 160 aa  110  8.000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.377321  normal  0.709674 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2909  blue (type1) copper domain-containing protein  40 
 
 		 163 aa  109  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.272302  normal  0.0133564 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2655  blue (type1) copper domain-containing protein  43.09 
 
 		 164 aa  107  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.366193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1635  oxidoreductase  41.32 
 
 		 181 aa  105  2e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.400621  normal  0.0387336 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5106  blue (type 1) copper domain protein  42.74 
 
 		 160 aa  104  5e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00549955 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3980  blue (type 1) copper domain protein  40.62 
 
 		 166 aa  103  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0125  copper-binding protein  36.73 
 
 		 177 aa  102  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0734  blue (type 1) copper domain protein  36.65 
 
 		 159 aa  101  3e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.227893  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1667  blue (type1) copper domain-containing protein  39.84 
 
 		 164 aa  98.2  4e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4053  transposase Tn3 family protein  37.5 
 
 		 166 aa  98.2  4e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2350  hypothetical protein  33.93 
 
 		 182 aa  98.2  4e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0575  blue (type1) copper domain-containing protein  36.84 
 
 		 154 aa  93.6  1e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0159129  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27840  hypothetical protein  31.49 
 
 		 205 aa  92  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2231  blue (type1) copper domain-containing protein  33.77 
 
 		 177 aa  88.6  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.503031  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1676  blue (type1) copper domain-containing protein  31.07 
 
 		 167 aa  88.2  4e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.549233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3854  uncharacterized copper-binding protein  30.23 
 
 		 177 aa  88.2  4e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.874975 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2232  hypothetical protein  28.95 
 
 		 185 aa  85.5  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.53865  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1700  blue (type1) copper domain-containing protein  31.98 
 
 		 175 aa  83.6  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00435665 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2159  plastocyanin/azurin family copper binding protein  30.23 
 
 		 175 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0076427  normal  0.727347 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3583  hypothetical protein  29.65 
 
 		 175 aa  81.3  0.000000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0348  blue (type1) copper domain-containing protein  33.58 
 
 		 189 aa  74.3  0.0000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.471869 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0969  hypothetical protein  27.97 
 
 		 169 aa  71.2  0.000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06367  hypothetical protein  29.17 
 
 		 188 aa  69.3  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0713  hypothetical protein  29.37 
 
 		 190 aa  69.7  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001394  hypothetical protein  27.5 
 
 		 188 aa  67  0.00000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000508588  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2149  nitrite reductase, copper-containing  28.67 
 
 		 534 aa  60.1  0.00000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2238  multicopper oxidase type 3  25.48 
 
 		 505 aa  48.5  0.00004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.468125  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0759  blue (type1) copper domain-containing protein  24.59 
 
 		 287 aa  47.8  0.00007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00521723  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0581  plastocyanin  30.83 
 
 		 116 aa  47  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18341  plastocyanin  31.67 
 
 		 119 aa  45.8  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.259314 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10711  plastocyanin  31.67 
 
 		 128 aa  45.4  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.590546 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06071  plastocyanin  30.83 
 
 		 116 aa  45.1  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4485  hypothetical protein  30.43 
 
 		 178 aa  44.7  0.0005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.475375  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1660  blue (type 1) copper domain protein  26.02 
 
 		 314 aa  44.3  0.0006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06371  plastocyanin  30.33 
 
 		 116 aa  44.3  0.0007  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1833  blue (type 1) copper domain protein  38.46 
 
 		 241 aa  43.9  0.0008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.749286  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0017  plastocyanin  29.37 
 
 		 116 aa  43.5  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.771707  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2540  blue-copper-protein-like protein  27.48 
 
 		 153 aa  43.9  0.001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00275414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06461  plastocyanin  31.67 
 
 		 116 aa  43.5  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.937671  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06371  plastocyanin  29.37 
 
 		 116 aa  43.5  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0952102  normal  0.874773 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1088  plastocyanin  25.86 
 
 		 125 aa  42.4  0.002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000603452 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0916  plastocyanin  31.25 
 
 		 119 aa  42.7  0.002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.222865  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2634  blue (type 1) copper domain protein  27.27 
 
 		 140 aa  43.1  0.002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2109  hypothetical protein  21.02 
 
 		 153 aa  40.8  0.008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>