74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1833 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_1833  blue (type 1) copper domain protein  100 
 
 
159 aa  326  6e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00584393 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5106  blue (type 1) copper domain protein  81.88 
 
 
160 aa  272  1.0000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00549955 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6116  putative oxido-reductase protein CopI  50.31 
 
 
158 aa  165  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.251154  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3487  blue (type1) copper domain-containing protein  47.8 
 
 
170 aa  149  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3913  blue (type 1) copper domain protein  44.44 
 
 
162 aa  148  4e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.444429  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4027  blue (type 1) copper domain protein  44.44 
 
 
162 aa  148  4e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0457304  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5685  blue (type 1) copper domain protein  55.46 
 
 
168 aa  145  3e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4551  blue (type1) copper domain-containing protein  54.62 
 
 
171 aa  145  3e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2197  blue (type 1) copper domain protein  52.94 
 
 
164 aa  145  3e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1260  blue (type1) copper domain-containing protein  50 
 
 
272 aa  144  3e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0922125  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2668  blue (type1) copper domain-containing protein  45.06 
 
 
163 aa  144  4.0000000000000006e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.975423  normal  0.234604 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2721  blue (type1) copper domain-containing protein  52.1 
 
 
166 aa  144  4.0000000000000006e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0479159  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1267  blue (type1) copper domain-containing protein  42.33 
 
 
171 aa  131  3.9999999999999996e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00034808 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3980  blue (type 1) copper domain protein  43.97 
 
 
166 aa  129  2.0000000000000002e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2909  blue (type1) copper domain-containing protein  50.42 
 
 
163 aa  127  8.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.272302  normal  0.0133564 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0734  blue (type 1) copper domain protein  42.21 
 
 
159 aa  126  1.0000000000000001e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.227893  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4053  transposase Tn3 family protein  44.68 
 
 
166 aa  125  2.0000000000000002e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1207  blue (type 1) copper domain protein  40.51 
 
 
160 aa  124  6e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0922177  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1635  oxidoreductase  48.74 
 
 
181 aa  124  7e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.400621  normal  0.0387336 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2655  blue (type1) copper domain-containing protein  50.42 
 
 
164 aa  122  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.366193  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1667  blue (type1) copper domain-containing protein  48.74 
 
 
164 aa  123  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2601  blue (type1) copper domain-containing protein  47.9 
 
 
160 aa  122  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.377321  normal  0.709674 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4824  blue (type1) copper domain-containing protein  42.31 
 
 
160 aa  122  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.904248  normal  0.294152 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4603  blue (type1) copper domain-containing protein  43.9 
 
 
160 aa  120  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.258245 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7873  blue (type 1) copper domain protein  41.83 
 
 
156 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5863  blue (type 1) copper domain protein  44.12 
 
 
159 aa  118  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0575  blue (type1) copper domain-containing protein  39.86 
 
 
154 aa  115  1.9999999999999998e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0159129  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4902  blue (type1) copper domain-containing protein  42.42 
 
 
156 aa  115  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3995  blue (type1) copper domain-containing protein  42.96 
 
 
180 aa  114  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.704782  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1092  blue (type 1) copper domain protein  42.74 
 
 
165 aa  114  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5030  blue (type1) copper domain-containing protein  42.95 
 
 
159 aa  114  6.9999999999999995e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4583  normal  0.77741 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3425  putative copper tolerance protein  40.5 
 
 
151 aa  112  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.792125  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3263  putative copper binding protein  45.95 
 
 
176 aa  111  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9844  copper tolerance protein  38.67 
 
 
159 aa  108  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9849  copper tolerance protein  38.82 
 
 
159 aa  107  1e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6520  putative copper tolerance protein (cupredoxin)  38.02 
 
 
153 aa  104  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.264526  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4269  blue (type1) copper domain-containing protein  35.57 
 
 
161 aa  102  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.25109 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0125  copper-binding protein  38.57 
 
 
177 aa  97.1  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2231  blue (type1) copper domain-containing protein  36.99 
 
 
177 aa  96.3  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.503031  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27840  hypothetical protein  33.15 
 
 
205 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2350  hypothetical protein  32.61 
 
 
182 aa  94.7  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0969  hypothetical protein  36.72 
 
 
169 aa  93.6  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1676  blue (type1) copper domain-containing protein  36.88 
 
 
167 aa  92.8  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.549233  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3854  uncharacterized copper-binding protein  35.62 
 
 
177 aa  90.9  6e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.874975 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06367  hypothetical protein  38.33 
 
 
188 aa  89  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001394  hypothetical protein  36.72 
 
 
188 aa  89  3e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000508588  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1700  blue (type1) copper domain-containing protein  34.9 
 
 
175 aa  88.2  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00435665 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0713  hypothetical protein  36.36 
 
 
190 aa  87.4  7e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2159  plastocyanin/azurin family copper binding protein  35.36 
 
 
175 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0076427  normal  0.727347 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3583  hypothetical protein  35.57 
 
 
175 aa  86.3  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2232  hypothetical protein  33.54 
 
 
185 aa  85.5  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.53865  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0348  blue (type1) copper domain-containing protein  37.12 
 
 
189 aa  82  0.000000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.471869 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2149  nitrite reductase, copper-containing  28.46 
 
 
534 aa  58.9  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1802  blue (type1) copper domain-containing protein  21.79 
 
 
179 aa  49.3  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.495145 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2238  multicopper oxidase type 3  29.36 
 
 
505 aa  48.1  0.00005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.468125  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0759  blue (type1) copper domain-containing protein  26.96 
 
 
287 aa  47.8  0.00006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00521723  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2540  blue-copper-protein-like protein  26.89 
 
 
153 aa  47.8  0.00006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00275414  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2921  blue (type 1) copper domain protein  29.52 
 
 
125 aa  46.6  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0439603  normal  0.638215 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1088  plastocyanin  30.09 
 
 
125 aa  46.2  0.0002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000603452 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2073  blue (type1) copper domain-containing protein  22.6 
 
 
161 aa  44.7  0.0006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.256815  normal  0.746059 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1660  blue (type 1) copper domain protein  25.21 
 
 
314 aa  44.3  0.0006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06071  plastocyanin  28.7 
 
 
116 aa  43.5  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0185  blue (type1) copper domain-containing protein  33.33 
 
 
315 aa  43.1  0.002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.312922 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3677  hypothetical protein  25.96 
 
 
157 aa  42.4  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0916  plastocyanin  27.19 
 
 
119 aa  42.7  0.002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.222865  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2745  plastocyanin  25.64 
 
 
139 aa  42.4  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.412974 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4485  hypothetical protein  30 
 
 
178 aa  42.4  0.003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.475375  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0017  plastocyanin  31.3 
 
 
116 aa  41.6  0.005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.771707  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06371  plastocyanin  31.3 
 
 
116 aa  41.6  0.005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0952102  normal  0.874773 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1576  hypothetical protein  25.5 
 
 
167 aa  41.2  0.006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0471287  hitchhiker  0.0000128418 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1244  blue (type1) copper domain-containing protein  31.96 
 
 
173 aa  40.8  0.007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0177218  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1015  plastocyanin  27.19 
 
 
126 aa  40.8  0.008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.381594  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1209  blue (type 1) copper domain protein  28 
 
 
147 aa  40.8  0.009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1833  blue (type 1) copper domain protein  24.56 
 
 
241 aa  40.4  0.009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.749286  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>