141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4688 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4688  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  100 
 
 		 182 aa  355  1.9999999999999998e-97  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.80799  normal  0.175977 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4290  ybaK/ebsC protein  59.38 
 
 		 157 aa  109  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.780598 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2425  ybaK/ebsC protein  60.71 
 
 		 157 aa  105  3e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4554  ybaK/ebsC protein  55.21 
 
 		 157 aa  99.4  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0136  hypothetical protein  53.12 
 
 		 157 aa  99.4  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2876  ybaK/ebsC protein  53.68 
 
 		 166 aa  98.6  5e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.10674 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3507  ybaK/ebsC protein  53.12 
 
 		 157 aa  98.2  5e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2421  ybaK/ebsC protein  48.96 
 
 		 157 aa  95.1  5e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.332084 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3668  hypothetical protein  53.12 
 
 		 157 aa  94.7  7e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3462  ybaK/ebsC protein  63.89 
 
 		 157 aa  94.4  9e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00996809 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1012  ybaK/ebsC protein  51.04 
 
 		 157 aa  94  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1120  hypothetical protein  50 
 
 		 157 aa  90.5  1e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1328  hypothetical protein  47.92 
 
 		 158 aa  79  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0917031  normal  0.183333 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4083  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  48.91 
 
 		 165 aa  78.2  0.00000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0122906 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0153  ybaK/ebsC protein  44.79 
 
 		 157 aa  78.2  0.00000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.548766  normal  0.0477422 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4093  hypothetical protein  51.04 
 
 		 157 aa  77.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.889047 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4777  ybaK/ebsC protein  48.96 
 
 		 158 aa  77  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.339025  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3407  ybaK/ebsC protein  45.95 
 
 		 158 aa  74.3  0.0000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04560  YbaK/ebsC protein  47.67 
 
 		 157 aa  71.6  0.000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.647549  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1391  ybaK/ebsC protein  50 
 
 		 166 aa  70.5  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.167107  normal  0.20271 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10900  ybaK/ebsC protein  44.09 
 
 		 170 aa  69.7  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.882195 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3047  ybaK/ebsC protein  46.15 
 
 		 163 aa  65.9  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.326078  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2376  ybaK/ebsC protein  42.68 
 
 		 169 aa  65.9  0.0000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1201  ybaK/ebsC protein  44.93 
 
 		 155 aa  62.8  0.000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00297582  hitchhiker  0.00069795 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0113  ybaK/ebsC protein  34.83 
 
 		 155 aa  62.4  0.000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2973  ybaK/ebsC protein  37.97 
 
 		 158 aa  61.6  0.000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2187  hypothetical protein  36.11 
 
 		 156 aa  59.7  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2730  YbaK/EbsC protein  44.44 
 
 		 155 aa  60.1  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3500  ybaK/ebsC protein  40.58 
 
 		 155 aa  59.7  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00301765  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1040  ybaK/ebsC protein  37.97 
 
 		 158 aa  60.1  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0196148  hitchhiker  0.0000171099 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6293  ybaK/ebsC protein  45.9 
 
 		 160 aa  60.1  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0955  ybaK/ebsC protein  39.24 
 
 		 158 aa  58.9  0.00000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0993  ybaK/ebsC protein  39.24 
 
 		 158 aa  58.9  0.00000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.206645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3413  ybaK/ebsC protein  37.97 
 
 		 158 aa  59.3  0.00000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0703981  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0957  ybaK/ebsC protein  39.24 
 
 		 158 aa  58.9  0.00000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5733  ybaK/ebsC protein  37.93 
 
 		 165 aa  58.5  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1696  ybaK/ebsC protein  40.79 
 
 		 168 aa  58.5  0.00000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0180556 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1124  hypothetical protein  37.97 
 
 		 158 aa  58.5  0.00000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3321  ybaK/ebsC protein  36.71 
 
 		 158 aa  57.8  0.00000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1181  ybaK/ebsC protein  41.76 
 
 		 166 aa  57.4  0.0000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0675087  normal  0.344163 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0012  ybaK/ebsC protein  35.53 
 
 		 157 aa  57.4  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0187594 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14010  hypothetical protein  41.56 
 
 		 155 aa  57.4  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2906  YbaK/EbsC protein  42.67 
 
 		 166 aa  57  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.334796  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0785  ybaK/ebsC protein  36.11 
 
 		 157 aa  56.6  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3539  ybaK/ebsC protein  36.71 
 
 		 158 aa  57  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.115352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0016  ybaK/ebsC protein  37.5 
 
 		 154 aa  55.8  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0587946  normal  0.636311 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0416  hypothetical protein  35.44 
 
 		 159 aa  54.7  0.0000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00432  hypothetical protein  35.44 
 
 		 159 aa  54.7  0.0000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.362307  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3129  ybaK/ebsC protein  35.44 
 
 		 159 aa  54.7  0.0000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.393401  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00437  hypothetical protein  35.44 
 
 		 159 aa  54.7  0.0000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.34185  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0558  hypothetical protein  35.44 
 
 		 159 aa  54.7  0.0000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0520  hypothetical protein  35.44 
 
 		 159 aa  54.7  0.0000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3135  hypothetical protein  35.44 
 
 		 159 aa  54.7  0.0000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.215151  unclonable  0.0000000116633 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0146  hypothetical protein  34.07 
 
 		 162 aa  54.3  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0135  hypothetical protein  32.97 
 
 		 162 aa  53.5  0.000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.248182 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0573  hypothetical protein  35.44 
 
 		 159 aa  53.1  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0525  hypothetical protein  34.18 
 
 		 159 aa  53.1  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3039  hypothetical protein  34.83 
 
 		 156 aa  52.4  0.000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.499163  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1850  ybaK/ebsC protein  41.98 
 
 		 167 aa  52.4  0.000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1106  ybaK/ebsC protein  38.96 
 
 		 156 aa  52  0.000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1664  ybaK/ebsC protein  40 
 
 		 170 aa  51.6  0.000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.773078  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0525  ybaK/ebsC protein  37.97 
 
 		 175 aa  51.2  0.000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.661143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0092  ybaK/ebsC protein  37.5 
 
 		 156 aa  51.2  0.000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1077  ybaK/ebsC protein  37.66 
 
 		 156 aa  50.4  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.593377  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3090  ybaK/ebsC protein  30.49 
 
 		 155 aa  50.8  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00342065  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2696  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated protein  40.51 
 
 		 161 aa  50.4  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1118  ybaK/ebsC protein  37.66 
 
 		 156 aa  50.4  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.081988  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0013  ybaK/ebsC protein  38.24 
 
 		 156 aa  50.4  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3195  ybaK/ebsC protein  37.5 
 
 		 161 aa  50.8  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.827708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4335  ybaK/ebsC protein  37.66 
 
 		 156 aa  50.4  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.319378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1593  hypothetical protein  38.96 
 
 		 163 aa  50.1  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.114153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17990  hypothetical protein  35.8 
 
 		 156 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.020982  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1563  hypothetical protein  35.8 
 
 		 156 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0018  ybaK/ebsC protein  34.29 
 
 		 155 aa  49.7  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00021851 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3903  hypothetical protein  35.9 
 
 		 156 aa  49.3  0.00003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.531772  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0541  hypothetical protein  34.18 
 
 		 159 aa  48.9  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0960  hypothetical protein  34.18 
 
 		 159 aa  48.9  0.00004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0543  hypothetical protein  34.18 
 
 		 159 aa  48.9  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.243871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0558  hypothetical protein  34.18 
 
 		 159 aa  48.9  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.743946  normal  0.562407 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0548  hypothetical protein  34.18 
 
 		 159 aa  48.9  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0135035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0602  hypothetical protein  34.18 
 
 		 159 aa  48.9  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000350431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0531  YbaK/EbsC protein  34.18 
 
 		 157 aa  48.1  0.00006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.969939  normal  0.0653141 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0576  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  38.96 
 
 		 163 aa  48.1  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.128455  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3346  ybaK/ebsC protein  38.71 
 
 		 156 aa  48.1  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2585  ybaK/ebsC protein  38.96 
 
 		 166 aa  48.1  0.00007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0115756 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0861  ybaK/ebsC protein  32.39 
 
 		 154 aa  47.8  0.00008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.935106  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0105  YbaK/ebsC protein  35.37 
 
 		 157 aa  47.8  0.00008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30720  ybaK/ebsC protein  35.82 
 
 		 158 aa  47.8  0.00008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.685744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4590  hypothetical protein  38.36 
 
 		 156 aa  47.8  0.00009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.938781  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3773  ybaK/ebsC protein  36.14 
 
 		 163 aa  47.8  0.00009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0470  YbaK/ebsC protein  33.33 
 
 		 166 aa  47  0.0001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4530  hypothetical protein  36.36 
 
 		 156 aa  47  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.666338  normal  0.145065 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1093  hypothetical protein  34.94 
 
 		 159 aa  47.4  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3210  ybaK/ebsC protein  37.66 
 
 		 163 aa  47.4  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.489164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0228  hypothetical protein  32.56 
 
 		 169 aa  47.4  0.0001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.822642  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0728  ybaK/ebsC protein  38.46 
 
 		 163 aa  46.2  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0752  hypothetical protein  37.66 
 
 		 163 aa  47  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1105  ybaK/ebsC protein  37.14 
 
 		 162 aa  46.6  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3222  hypothetical protein  34.94 
 
 		 159 aa  46.6  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2065  ybaK/ebsC protein  30.43 
 
 		 154 aa  45.8  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>