More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3717 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_0705  glutamyl-tRNA synthetase  71.06 
 
 		 471 aa  665    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3092  glutamyl-tRNA synthetase  71.27 
 
 		 471 aa  669    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.45014 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1995  glutamyl-tRNA synthetase  71.49 
 
 		 471 aa  669    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.249393  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1842  glutamyl-tRNA synthetase  69.26 
 
 		 470 aa  646    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0378644 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1805  glutamyl-tRNA synthetase  72.41 
 
 		 471 aa  650    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.492477  normal  0.241185 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1133  glutamyl-tRNA synthetase  71.61 
 
 		 466 aa  677    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.484042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3717  glutamyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 468 aa  947    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0517014 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1645  glutamyl-tRNA synthetase  58.64 
 
 		 475 aa  535  1e-151  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.821622  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1105  glutamyl-tRNA synthetase  57.63 
 
 		 473 aa  530  1e-149  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1147  glutamyl-tRNA synthetase  57.2 
 
 		 473 aa  525  1e-148  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2043  glutamyl-tRNA synthetase  55.51 
 
 		 473 aa  513  1e-144  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4501  glutamyl-tRNA synthetase  55.96 
 
 		 474 aa  514  1e-144  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.947625  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2451  glutamyl-tRNA synthetase  56.08 
 
 		 474 aa  511  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.456105 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5223  glutamyl-tRNA synthetase  57.23 
 
 		 474 aa  513  1e-144  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.142944  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3252  glutamyl-tRNA synthetase  56.48 
 
 		 473 aa  513  1e-144  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4369  glutamyl-tRNA synthetase  55.2 
 
 		 471 aa  512  1e-144  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4681  glutamyl-tRNA synthetase  57.02 
 
 		 474 aa  511  1e-143  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1844  glutamyl-tRNA synthetase  55.2 
 
 		 496 aa  508  1e-143  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.339002  normal  0.308571 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3180  glutamyl-tRNA synthetase  53.73 
 
 		 490 aa  511  1e-143  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.409628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3213  glutamyl-tRNA synthetase  56.08 
 
 		 474 aa  511  1e-143  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.948466  normal  0.0799476 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5146  glutamyl-tRNA synthetase  56.81 
 
 		 474 aa  508  1e-143  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.883623  normal  0.0418942 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2022  glutamyl-tRNA synthetase  56.05 
 
 		 475 aa  499  1e-140  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.862519 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1709  glutamyl-tRNA synthetase  54.27 
 
 		 491 aa  500  1e-140  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1410  glutamyl-tRNA synthetase  55.01 
 
 		 473 aa  496  1e-139  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.999682  normal  0.435226 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1601  glutamyl-tRNA synthetase  56.93 
 
 		 468 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2812  glutamyl-tRNA synthetase  56.69 
 
 		 473 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2842  glutamyl-tRNA synthetase  56.05 
 
 		 473 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0810716  normal  0.580851 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1396  glutamyl-tRNA synthetase  53.8 
 
 		 479 aa  493  9.999999999999999e-139  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00644149 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0600  glutamyl-tRNA synthetase  52.46 
 
 		 476 aa  494  9.999999999999999e-139  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.235091  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1523  glutamyl-tRNA synthetase  54.27 
 
 		 474 aa  484  1e-135  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.316174  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0647  glutamyl-tRNA synthetase  54.27 
 
 		 474 aa  483  1e-135  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5036  glutamyl-tRNA synthetase  53.85 
 
 		 474 aa  479  1e-134  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0830  glutamyl-tRNA synthetase  55.53 
 
 		 490 aa  481  1e-134  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.404768  hitchhiker  0.00478097 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1680  glutamyl-tRNA synthetase  53.75 
 
 		 473 aa  462  1e-129  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.596581 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2031  glutamyl-tRNA synthetase  52.24 
 
 		 487 aa  464  1e-129  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2786  glutamyl-tRNA synthetase  54.35 
 
 		 474 aa  459  9.999999999999999e-129  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.596064  normal  0.0148093 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1640  glutamyl-tRNA synthetase  50.54 
 
 		 466 aa  449  1e-125  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.416955 
 
 
-
 
NC_002978  WD0435  glutamyl-tRNA synthetase  44.56 
 
 		 473 aa  424  1e-117  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1959  glutamyl-tRNA synthetase  49.78 
 
 		 466 aa  421  1e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0605  glutamyl-tRNA synthetase  43.63 
 
 		 469 aa  413  1e-114  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0432  glutamyl-tRNA synthetase  42.33 
 
 		 469 aa  402  9.999999999999999e-111  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1604  glutamyl-tRNA synthetase  43.97 
 
 		 465 aa  392  1e-107  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.161822  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1650  glutamyl-tRNA synthetase  44.32 
 
 		 466 aa  384  1e-105  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.93151e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3210  glutamyl-tRNA synthetase  42.03 
 
 		 469 aa  372  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000000343347  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1600  glutamyl-tRNA synthetase  42.03 
 
 		 469 aa  372  1e-102  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000105625  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1376  glutamyl-tRNA synthetase  42.03 
 
 		 469 aa  372  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00012912  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1590  glutamyl-tRNA synthetase  44.3 
 
 		 467 aa  374  1e-102  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000281277 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0422  glutamyl-tRNA synthetase  44.4 
 
 		 466 aa  372  1e-102  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.869081  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0584  glutamyl-tRNA synthetase  44.4 
 
 		 466 aa  372  1e-102  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.779579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2103  glutamyl-tRNA synthetase  42.03 
 
 		 469 aa  372  1e-102  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014771  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2541  glutamyl-tRNA synthetase  42.03 
 
 		 504 aa  371  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.20953  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2628  glutamyl-tRNA synthetase  42.03 
 
 		 504 aa  371  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.00000000191371  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2300  glutamyl-tRNA synthetase  42.7 
 
 		 467 aa  369  1e-101  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0121801  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2487  glutamyl-tRNA synthetase  42.03 
 
 		 504 aa  371  1e-101  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000251622  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1984  glutamyl-tRNA synthetase  42.06 
 
 		 469 aa  369  1e-101  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000434285  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5365  glutamyl-tRNA synthetase  42.06 
 
 		 512 aa  367  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000051324  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0584  glutamyl-tRNA synthetase  42 
 
 		 466 aa  367  1e-100  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0242919  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1952  glutamyl-tRNA synthetase  43.63 
 
 		 472 aa  366  1e-100  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.247366  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3484  glutamyl-tRNA synthetase  42.16 
 
 		 469 aa  367  1e-100  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2919  glutamyl-tRNA synthetase  41.9 
 
 		 469 aa  363  4e-99  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000159151  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1734  glutamyl-tRNA synthetase  43.91 
 
 		 472 aa  360  2e-98  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.70962  normal  0.372059 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2088  glutamyl-tRNA synthetase  41.63 
 
 		 469 aa  361  2e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000151116  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1409  glutamyl-tRNA synthetase  42.89 
 
 		 463 aa  360  3e-98  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1219  glutamyl-tRNA synthetase  41.08 
 
 		 466 aa  359  6e-98  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.144634  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1274  glutamyl-tRNA synthetase  42.19 
 
 		 472 aa  358  9e-98  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0111  glutamyl-tRNA synthetase  39.87 
 
 		 462 aa  358  9.999999999999999e-98  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1055  glutamyl-tRNA synthetase  40.91 
 
 		 471 aa  358  9.999999999999999e-98  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.291926  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0944  glutamyl-tRNA synthetase  42.64 
 
 		 472 aa  358  9.999999999999999e-98  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000163057  hitchhiker  0.00772012 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0192  glutamyl-tRNA synthetase  44.37 
 
 		 463 aa  357  1.9999999999999998e-97  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3216  glutamyl-tRNA synthetase  41.98 
 
 		 470 aa  356  3.9999999999999996e-97  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0589016  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1302  glutamyl-tRNA synthetase  42.65 
 
 		 471 aa  356  3.9999999999999996e-97  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1321  glutamyl-tRNA synthetase  42.7 
 
 		 464 aa  356  5e-97  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000000246268  normal  0.0216762 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0548  glutamyl-tRNA synthetase  42.86 
 
 		 459 aa  356  5.999999999999999e-97  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.102119  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0075  glutamyl-tRNA synthetase  43.04 
 
 		 464 aa  354  2e-96  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1366  glutamyl-tRNA synthetase  42.52 
 
 		 468 aa  354  2e-96  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000255518  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1377  glutamyl-tRNA synthetase  41.08 
 
 		 469 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000079335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0145  glutamyl-tRNA synthetase  41.29 
 
 		 462 aa  353  4e-96  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.092829  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2075  glutamyl-tRNA synthetase  41.63 
 
 		 469 aa  353  5e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000467012  normal  0.81702 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2056  glutamyl-tRNA synthetase  41.63 
 
 		 469 aa  353  5e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000244557  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3084  glutamyl-tRNA synthetase  40 
 
 		 471 aa  353  5e-96  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00745356  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0242  glutamyl-tRNA synthetase  41.45 
 
 		 459 aa  352  5.9999999999999994e-96  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1736  glutamyl-tRNA synthetase  40.69 
 
 		 465 aa  352  8.999999999999999e-96  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.872954  normal  0.596825 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1216  glutamyl-tRNA synthetase  40.91 
 
 		 470 aa  352  1e-95  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000500466  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1456  glutamyl-tRNA synthetase  41.27 
 
 		 469 aa  351  1e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000100274  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1958  glutamyl-tRNA synthetase  41.63 
 
 		 469 aa  350  2e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000000846631  normal  0.452731 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0683  glutamyl-tRNA synthetase  43.62 
 
 		 467 aa  350  2e-95  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0814  glutamyl-tRNA synthetase  41.16 
 
 		 468 aa  350  2e-95  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.407873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2279  glutamyl-tRNA synthetase  40.85 
 
 		 467 aa  350  3e-95  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000050225  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1191  glutamyl-tRNA synthetase  39.78 
 
 		 471 aa  350  4e-95  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0302622  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0894  glutamyl-tRNA synthetase  39.91 
 
 		 468 aa  350  4e-95  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.101678  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1626  glutamyl-tRNA synthetase  40.17 
 
 		 470 aa  350  4e-95  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0744892  normal  0.201462 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6021  glutamyl-tRNA synthetase  41.42 
 
 		 469 aa  350  5e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.00000000513528  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1728  glutamyl-tRNA synthetase  41.32 
 
 		 469 aa  349  7e-95  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000433955  normal  0.283148 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1944  glutamyl-tRNA synthetase  40.56 
 
 		 467 aa  348  1e-94  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2906  glutamyl-tRNA synthetase  41.38 
 
 		 469 aa  348  1e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000836575  normal  0.409064 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2495  glutamyl-tRNA synthetase  41.58 
 
 		 469 aa  348  1e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000536822  hitchhiker  0.00468963 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1642  glutamyl-tRNA synthetase  41.58 
 
 		 469 aa  348  1e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000000000802053  normal  0.126608 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3417  glutamyl-tRNA synthetase  39.52 
 
 		 469 aa  348  1e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000634908  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2798  glutamyl-tRNA synthetase  39.74 
 
 		 472 aa  346  5e-94  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0783891  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1562  glutamyl-tRNA synthetase  39.7 
 
 		 460 aa  346  6e-94  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000571227  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>