More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1805 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_1995  glutamyl-tRNA synthetase  72.26 
 
 		 471 aa  689    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.249393  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0705  glutamyl-tRNA synthetase  72.26 
 
 		 471 aa  688    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3092  glutamyl-tRNA synthetase  72.82 
 
 		 471 aa  699    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.45014 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1842  glutamyl-tRNA synthetase  70.21 
 
 		 470 aa  673    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0378644 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1805  glutamyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 471 aa  955    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.492477  normal  0.241185 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1133  glutamyl-tRNA synthetase  74.35 
 
 		 466 aa  719    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.484042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3717  glutamyl-tRNA synthetase  72.41 
 
 		 468 aa  685    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0517014 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2043  glutamyl-tRNA synthetase  57.78 
 
 		 473 aa  525  1e-148  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1645  glutamyl-tRNA synthetase  57.29 
 
 		 475 aa  521  1e-146  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.821622  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4501  glutamyl-tRNA synthetase  55.72 
 
 		 474 aa  512  1e-144  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.947625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1105  glutamyl-tRNA synthetase  56.72 
 
 		 473 aa  512  1e-144  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1709  glutamyl-tRNA synthetase  55.46 
 
 		 491 aa  514  1e-144  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3252  glutamyl-tRNA synthetase  56.17 
 
 		 473 aa  512  1e-144  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2451  glutamyl-tRNA synthetase  55.11 
 
 		 474 aa  510  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.456105 
 
 
-
 
NC_004310  BR1147  glutamyl-tRNA synthetase  56.29 
 
 		 473 aa  506  9.999999999999999e-143  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3180  glutamyl-tRNA synthetase  53 
 
 		 490 aa  503  1e-141  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.409628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3213  glutamyl-tRNA synthetase  55.84 
 
 		 474 aa  498  1e-140  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.948466  normal  0.0799476 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2022  glutamyl-tRNA synthetase  56.5 
 
 		 475 aa  498  1e-140  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.862519 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1523  glutamyl-tRNA synthetase  55.3 
 
 		 474 aa  500  1e-140  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.316174  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1844  glutamyl-tRNA synthetase  53.93 
 
 		 496 aa  500  1e-140  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.339002  normal  0.308571 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0647  glutamyl-tRNA synthetase  54.87 
 
 		 474 aa  495  1e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0830  glutamyl-tRNA synthetase  57.63 
 
 		 490 aa  495  1e-139  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.404768  hitchhiker  0.00478097 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5036  glutamyl-tRNA synthetase  54.87 
 
 		 474 aa  496  1e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5223  glutamyl-tRNA synthetase  55.6 
 
 		 474 aa  497  1e-139  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.142944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4369  glutamyl-tRNA synthetase  54.39 
 
 		 471 aa  494  9.999999999999999e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1601  glutamyl-tRNA synthetase  56.34 
 
 		 468 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5146  glutamyl-tRNA synthetase  55.44 
 
 		 474 aa  490  1e-137  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.883623  normal  0.0418942 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2812  glutamyl-tRNA synthetase  56.53 
 
 		 473 aa  489  1e-137  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4681  glutamyl-tRNA synthetase  55.44 
 
 		 474 aa  491  1e-137  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2842  glutamyl-tRNA synthetase  55.67 
 
 		 473 aa  487  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0810716  normal  0.580851 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0600  glutamyl-tRNA synthetase  51.61 
 
 		 476 aa  482  1e-135  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.235091  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1410  glutamyl-tRNA synthetase  54.37 
 
 		 473 aa  484  1e-135  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.999682  normal  0.435226 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2031  glutamyl-tRNA synthetase  54.89 
 
 		 487 aa  473  1e-132  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1680  glutamyl-tRNA synthetase  54.94 
 
 		 473 aa  462  1e-129  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.596581 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1396  glutamyl-tRNA synthetase  52.67 
 
 		 479 aa  458  9.999999999999999e-129  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00644149 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2786  glutamyl-tRNA synthetase  52.65 
 
 		 474 aa  447  1.0000000000000001e-124  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.596064  normal  0.0148093 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1640  glutamyl-tRNA synthetase  50.76 
 
 		 466 aa  436  1e-121  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.416955 
 
 
-
 
NC_002978  WD0435  glutamyl-tRNA synthetase  43.61 
 
 		 473 aa  428  1e-119  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1959  glutamyl-tRNA synthetase  47.38 
 
 		 466 aa  406  1.0000000000000001e-112  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0605  glutamyl-tRNA synthetase  41.38 
 
 		 469 aa  404  1e-111  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0432  glutamyl-tRNA synthetase  40.91 
 
 		 469 aa  397  1e-109  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1604  glutamyl-tRNA synthetase  43.23 
 
 		 465 aa  392  1e-108  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.161822  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1650  glutamyl-tRNA synthetase  44.3 
 
 		 466 aa  384  1e-105  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.93151e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0422  glutamyl-tRNA synthetase  42.89 
 
 		 466 aa  373  1e-102  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.869081  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0584  glutamyl-tRNA synthetase  42.89 
 
 		 466 aa  373  1e-102  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.779579  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1409  glutamyl-tRNA synthetase  43.84 
 
 		 463 aa  369  1e-101  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1590  glutamyl-tRNA synthetase  42.92 
 
 		 467 aa  365  1e-99  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000281277 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2919  glutamyl-tRNA synthetase  42.3 
 
 		 469 aa  364  2e-99  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000159151  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1219  glutamyl-tRNA synthetase  41.29 
 
 		 466 aa  362  7.0000000000000005e-99  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.144634  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1274  glutamyl-tRNA synthetase  42.74 
 
 		 472 aa  362  1e-98  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2300  glutamyl-tRNA synthetase  42.22 
 
 		 467 aa  362  1e-98  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0121801  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1952  glutamyl-tRNA synthetase  43.13 
 
 		 472 aa  362  1e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.247366  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0075  glutamyl-tRNA synthetase  43.04 
 
 		 464 aa  361  1e-98  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1984  glutamyl-tRNA synthetase  41.63 
 
 		 469 aa  359  5e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000434285  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2103  glutamyl-tRNA synthetase  41.29 
 
 		 469 aa  359  7e-98  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014771  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1376  glutamyl-tRNA synthetase  41.29 
 
 		 469 aa  359  7e-98  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00012912  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1600  glutamyl-tRNA synthetase  41.29 
 
 		 469 aa  359  7e-98  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000105625  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0264  glutamyl-tRNA synthetase  42.19 
 
 		 469 aa  359  7e-98  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.530461  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3210  glutamyl-tRNA synthetase  41.29 
 
 		 469 aa  359  7e-98  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000000343347  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0814  glutamyl-tRNA synthetase  41.65 
 
 		 468 aa  359  7e-98  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.407873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2541  glutamyl-tRNA synthetase  41.2 
 
 		 504 aa  358  8e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.20953  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2628  glutamyl-tRNA synthetase  41.2 
 
 		 504 aa  358  8e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.00000000191371  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5365  glutamyl-tRNA synthetase  40.38 
 
 		 512 aa  358  1.9999999999999998e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000051324  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1321  glutamyl-tRNA synthetase  43.01 
 
 		 464 aa  357  2.9999999999999997e-97  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000000246268  normal  0.0216762 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2487  glutamyl-tRNA synthetase  40.99 
 
 		 504 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000251622  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1736  glutamyl-tRNA synthetase  41.03 
 
 		 465 aa  357  2.9999999999999997e-97  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.872954  normal  0.596825 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1366  glutamyl-tRNA synthetase  42.24 
 
 		 468 aa  356  3.9999999999999996e-97  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000255518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1626  glutamyl-tRNA synthetase  40.69 
 
 		 470 aa  356  5e-97  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0744892  normal  0.201462 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1944  glutamyl-tRNA synthetase  41.29 
 
 		 467 aa  355  7.999999999999999e-97  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004184  glutamyl-tRNA synthetase  41.31 
 
 		 475 aa  354  2e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.926878  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2088  glutamyl-tRNA synthetase  40.65 
 
 		 469 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000151116  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1437  glutamyl-tRNA synthetase  39.26 
 
 		 471 aa  353  4e-96  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000838412  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1325  glutamyl-tRNA synthetase  39.26 
 
 		 471 aa  353  4e-96  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.99689e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0944  glutamyl-tRNA synthetase  41.96 
 
 		 472 aa  352  5.9999999999999994e-96  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000163057  hitchhiker  0.00772012 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2739  glutamyl-tRNA synthetase  39.05 
 
 		 471 aa  352  7e-96  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000464093  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2279  glutamyl-tRNA synthetase  41.31 
 
 		 467 aa  352  7e-96  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000050225  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0145  glutamyl-tRNA synthetase  41.45 
 
 		 462 aa  351  1e-95  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.092829  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1302  glutamyl-tRNA synthetase  42.67 
 
 		 471 aa  352  1e-95  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1806  glutamyl-tRNA synthetase  40.43 
 
 		 509 aa  351  2e-95  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0584  glutamyl-tRNA synthetase  40.81 
 
 		 466 aa  351  2e-95  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0242919  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0683  glutamyl-tRNA synthetase  43.29 
 
 		 467 aa  350  3e-95  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1875  glutamyl-tRNA synthetase  39.74 
 
 		 470 aa  350  4e-95  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1734  glutamyl-tRNA synthetase  42.18 
 
 		 472 aa  349  6e-95  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.70962  normal  0.372059 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1377  glutamyl-tRNA synthetase  39.74 
 
 		 469 aa  349  6e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000079335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1264  glutamyl-tRNA synthetase  42.95 
 
 		 471 aa  349  7e-95  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0111  glutamyl-tRNA synthetase  39.48 
 
 		 462 aa  349  7e-95  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2597  glutamyl-tRNA synthetase  42.49 
 
 		 474 aa  349  8e-95  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0548  glutamyl-tRNA synthetase  42.37 
 
 		 459 aa  348  8e-95  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.102119  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1293  glutamyl-tRNA synthetase  40.65 
 
 		 463 aa  348  1e-94  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01271  glutamyl-tRNA synthetase  40.68 
 
 		 475 aa  348  1e-94  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1055  glutamyl-tRNA synthetase  39.83 
 
 		 471 aa  348  1e-94  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.291926  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1892  glutamyl-tRNA synthetase  39.36 
 
 		 473 aa  348  2e-94  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.935684  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0298  glutamyl-tRNA synthetase  39.36 
 
 		 469 aa  347  2e-94  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1251  glutamyl-tRNA synthetase  42.28 
 
 		 474 aa  347  3e-94  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.75767  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1886  glutamyl-tRNA synthetase  39.31 
 
 		 470 aa  347  3e-94  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1352  glutamyl-tRNA synthetase  42.28 
 
 		 474 aa  347  3e-94  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0213404  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1579  glutamyl-tRNA synthetase  41.79 
 
 		 470 aa  347  4e-94  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.496089  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0242  glutamyl-tRNA synthetase  40.56 
 
 		 459 aa  347  4e-94  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1562  glutamyl-tRNA synthetase  39.22 
 
 		 460 aa  346  6e-94  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000571227  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2798  glutamyl-tRNA synthetase  39.61 
 
 		 472 aa  345  8.999999999999999e-94  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0783891  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>