More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3871 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3871  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 70 aa  141  3e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0238675  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1425  transciptional regulator  69.23 
 
 		 69 aa  97.4  5e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.132768  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2208  XRE family transcriptional regulator  69.12 
 
 		 73 aa  97.8  5e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0421873 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0512  XRE family transcriptional regulator  70.31 
 
 		 72 aa  91.7  3e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.994286 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3519  XRE family transcriptional regulator  59.42 
 
 		 71 aa  91.3  4e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2822  transcriptional regulator, XRE family  60.94 
 
 		 73 aa  89.7  1e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00025519  hitchhiker  0.00632018 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3964  XRE family transcriptional regulator  65.08 
 
 		 77 aa  88.6  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.934118  normal  0.368551 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5460  transcriptional regulator, XRE family  61.9 
 
 		 79 aa  84.7  4e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0289484  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3817  XRE family transcriptional regulator  63.64 
 
 		 72 aa  84.7  4e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00145193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1932  XRE family transcriptional regulator  60.32 
 
 		 80 aa  82.4  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000103733  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2052  XRE family transcriptional regulator  53.62 
 
 		 84 aa  81.6  0.000000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.14736  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1409  transcriptional regulator, XRE family  55.56 
 
 		 75 aa  77.4  0.00000000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.503834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3036  XRE family transcriptional regulator  57.81 
 
 		 67 aa  72.8  0.000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1338  DNA-binding protein  53.97 
 
 		 69 aa  71.6  0.000000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1120  DNA-binding protein  52.38 
 
 		 69 aa  72  0.000000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0692  XRE family transcriptional regulator  56.25 
 
 		 74 aa  71.6  0.000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.782082  normal  0.118291 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1819  XRE family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 69 aa  71.2  0.000000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.344657  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1410  XRE family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 72 aa  70.5  0.000000000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1677  transcriptional regulator, XRE family  53.12 
 
 		 72 aa  70.1  0.000000000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1149  XRE family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 69 aa  70.1  0.00000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1517  XRE family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 73 aa  70.1  0.00000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.449113  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1630  XRE family transcriptional regulator  53.12 
 
 		 63 aa  69.3  0.00000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1649  XRE family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 69 aa  68.9  0.00000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.287153  hitchhiker  0.00253502 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1833  transcriptional regulator  53.12 
 
 		 65 aa  67.4  0.00000000006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000852884  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2218  XRE family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 68 aa  67.4  0.00000000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0370  transcriptional regulator  46.88 
 
 		 97 aa  67  0.00000000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.175998  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02797  helix-turn-helix, putative  55 
 
 		 62 aa  66.2  0.0000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4519  DNA-binding protein  46.88 
 
 		 101 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4366  transcriptional regulator  46.88 
 
 		 101 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0270567  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5666  DNA-binding protein  51.56 
 
 		 65 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4871  DNA-binding protein  46.88 
 
 		 101 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5278  DNA-binding protein  51.56 
 
 		 66 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5023  DNA-binding protein  51.56 
 
 		 65 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5336  DNA-binding protein  51.56 
 
 		 65 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4853  DNA-binding protein; transcriptional regulator  51.56 
 
 		 65 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0060  DNA-binding protein  50 
 
 		 65 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5261  DNA-binding protein  51.56 
 
 		 65 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5404  DNA-binding protein  51.56 
 
 		 70 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5291  DNA-binding protein  51.56 
 
 		 65 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4868  DNA-binding protein; transcriptional regulator  51.56 
 
 		 68 aa  65.1  0.0000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1211  XRE family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 67 aa  64.7  0.0000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0759  transcriptional regulator, XRE family  50.98 
 
 		 70 aa  64.7  0.0000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1472  transcriptional regulator, XRE family  47.62 
 
 		 69 aa  64.3  0.0000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.000374742  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4967  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 65 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0372  XRE family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 64 aa  64.7  0.0000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0794944  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0752  XRE family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 69 aa  64.7  0.0000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.273056  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2033  hypothetical protein  54.1 
 
 		 64 aa  64.3  0.0000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2552  transcriptional regulator  45.31 
 
 		 64 aa  64.3  0.0000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.954813 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0815  Cro/CI family transcriptional regulator  50.82 
 
 		 71 aa  63.9  0.0000000007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5696  XRE family transcriptional regulator  54 
 
 		 66 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  0.0346696 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3714  XRE family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 65 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0169  Cro/CI family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 68 aa  63.2  0.000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0106537  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1719  XRE family transcriptional regulator  50.82 
 
 		 65 aa  63.2  0.000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1159  transcriptional regulator  47.14 
 
 		 80 aa  62.8  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0737  transcriptional regulator, XRE family  50.77 
 
 		 65 aa  62.4  0.000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1381  DNA-binding protein  54.9 
 
 		 69 aa  62  0.000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1178  DNA-binding protein  54.9 
 
 		 69 aa  62  0.000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.826744  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0408  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 		 63 aa  61.6  0.000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1315  DNA-binding protein  54.9 
 
 		 69 aa  62  0.000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1153  transcriptional regulator  54.9 
 
 		 69 aa  62  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1341  DNA-binding protein  54.9 
 
 		 69 aa  62  0.000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.4555000000000005e-25 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1419  DNA-binding protein  54.9 
 
 		 69 aa  62  0.000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1167  XRE family transcriptional regulator  54.9 
 
 		 71 aa  62  0.000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1271  DNA-binding protein  54.9 
 
 		 65 aa  62  0.000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4029  DNA-binding protein  54.9 
 
 		 69 aa  62  0.000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.131881 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5366  transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 		 65 aa  62  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.53351  normal  0.352058 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2370  transcriptional regulator, XRE family  55.17 
 
 		 72 aa  62  0.000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.209758  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0505  DNA-binding protein  45.31 
 
 		 83 aa  61.2  0.000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.838657  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0377  DNA-binding protein  45.31 
 
 		 83 aa  61.2  0.000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00278297  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2347  DNA-binding protein  56 
 
 		 69 aa  61.2  0.000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.203994  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3732  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 63 aa  61.2  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00268378  normal  0.0189941 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0368  PbsX family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 83 aa  61.2  0.000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000574241  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2306  DNA-binding protein  56 
 
 		 69 aa  61.2  0.000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0129797  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0365  PbsX family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 83 aa  61.2  0.000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.450823  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2263  DNA-binding protein  56 
 
 		 66 aa  61.2  0.000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.784233  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1123  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 66 aa  61.2  0.000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.503479 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2523  DNA-binding protein  56 
 
 		 66 aa  61.2  0.000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1497  XRE family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 71 aa  61.2  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.764708  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2539  DNA-binding protein  56 
 
 		 66 aa  61.2  0.000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.10177e-42 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3903  transcriptional regulator, XRE family  46.15 
 
 		 64 aa  60.8  0.000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.009018  normal  0.0135287 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0753  DNA-binding protein  50 
 
 		 75 aa  60.8  0.000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.389457  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0597  transcriptional regulator  50 
 
 		 75 aa  60.8  0.000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0501  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 68 aa  60.5  0.000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.60564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0457  DNA-binding protein  45.31 
 
 		 64 aa  60.5  0.000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0106541  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0652  DNA-binding protein  50 
 
 		 75 aa  60.5  0.000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0596  transcriptional regulator  50 
 
 		 75 aa  60.5  0.000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.128395  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4745  XRE family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 77 aa  60.5  0.000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.143119 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0435  DNA-binding protein  45.31 
 
 		 64 aa  60.5  0.000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0505  DNA-binding protein  45.31 
 
 		 64 aa  60.5  0.000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0391  DNA-binding protein  45.31 
 
 		 64 aa  60.5  0.000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.174758  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4867  DNA-binding protein  45.31 
 
 		 64 aa  60.5  0.000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5640  XRE family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 64 aa  60.5  0.000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.731345  normal  0.328925 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02550  predicted transcriptional regulator  43.14 
 
 		 67 aa  59.7  0.00000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.596606  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0632  transcriptional regulator, XRE family  46 
 
 		 71 aa  60.1  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000285782  unclonable  0.0000000000746668 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1666  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 64 aa  60.1  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.494242 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0292  XRE family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 63 aa  59.7  0.00000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4364  transcriptional regulator protein-like protein  48.44 
 
 		 78 aa  60.1  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3627  XRE family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 65 aa  58.9  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0524  XRE family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 67 aa  58.9  0.00000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.138157  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1115  transcriptional regulator, Cro/CI family  46.97 
 
 		 77 aa  58.9  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.253142  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>