34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2311 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2311  hypothetical protein  100 
 
 		 595 aa  1225    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000201823  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1919  hypothetical protein  42.47 
 
 		 576 aa  110  8.000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  unclonable  0.0000000000840766  unclonable  7.47349e-16 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1013  hypothetical protein  43.14 
 
 		 393 aa  108  2e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0132535  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1999  hypothetical protein  40.91 
 
 		 278 aa  107  5e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.214007  normal  0.757582 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3496  hypothetical protein  41.3 
 
 		 335 aa  102  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.260153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3808  hypothetical protein  41.3 
 
 		 278 aa  101  5e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2835  hypothetical protein  38.69 
 
 		 277 aa  99.8  1e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.868461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0002  hypothetical protein  38.17 
 
 		 277 aa  99.8  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.183279 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1210  hypothetical protein  39.42 
 
 		 395 aa  99.4  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2083  hypothetical protein  39.13 
 
 		 278 aa  99  2e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.064212 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4566  hypothetical protein  38.81 
 
 		 380 aa  92.8  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3223  hypothetical protein  34.31 
 
 		 498 aa  84.7  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1176  hypothetical protein  26.92 
 
 		 302 aa  67.4  0.0000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.127226 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0004  GTPase subunit of restriction endonuclease-like protein  52.73 
 
 		 914 aa  65.1  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0928262  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3182  type III restriction protein res subunit  29.53 
 
 		 1029 aa  64.3  0.000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3192  type III restriction enzyme, res subunit  25.29 
 
 		 928 aa  56.2  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3530  transposase, IS4 family protein  26.14 
 
 		 956 aa  54.7  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.793252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C04  hypothetical protein  33.61 
 
 		 345 aa  53.1  0.00001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2928  putative hexulose 6 phosphate synthase  40.74 
 
 		 400 aa  52.4  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000179254 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0468  hypothetical protein  39.39 
 
 		 103 aa  52.8  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.745097  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2492  type III restriction protein res subunit  28.48 
 
 		 1066 aa  49.7  0.0001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1707  type III restriction protein res subunit  28.57 
 
 		 1287 aa  50.1  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.730362  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4521  hypothetical protein  24.66 
 
 		 328 aa  49.7  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2921  hypothetical protein  27.66 
 
 		 315 aa  48.1  0.0005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0449  type III restriction enzyme, res subunit  29.49 
 
 		 1062 aa  47.8  0.0005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.457161  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4706  hypothetical protein  24.14 
 
 		 311 aa  46.6  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0127144  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2528  hypothetical protein  32.58 
 
 		 431 aa  46.6  0.001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000441271  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2134  restriction endonuclease-like protein  28.89 
 
 		 431 aa  46.2  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00973341 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0025  hypothetical protein  32.58 
 
 		 418 aa  46.2  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00000254674  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0025  hypothetical protein  32.58 
 
 		 418 aa  46.2  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000509485  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0357  type III restriction protein res subunit  28.28 
 
 		 1053 aa  45.8  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3738  type III restriction protein res subunit  25.15 
 
 		 1035 aa  45.8  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2246  hypothetical protein  24.66 
 
 		 323 aa  45.4  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0492047 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2220  hypothetical protein  26.27 
 
 		 294 aa  44.7  0.004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.562631  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>