21 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4566 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4566  hypothetical protein  100 
 
 		 380 aa  774    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1210  hypothetical protein  66.67 
 
 		 395 aa  542  1e-153  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0002  hypothetical protein  40.58 
 
 		 277 aa  196  4.0000000000000005e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.183279 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1999  hypothetical protein  40.14 
 
 		 278 aa  168  1e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.214007  normal  0.757582 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3496  hypothetical protein  38.63 
 
 		 335 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.260153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3808  hypothetical protein  38.63 
 
 		 278 aa  166  8e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2835  hypothetical protein  37.96 
 
 		 277 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.868461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2083  hypothetical protein  39.15 
 
 		 278 aa  164  2.0000000000000002e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.064212 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1919  hypothetical protein  33.99 
 
 		 576 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  unclonable  0.0000000000840766  unclonable  7.47349e-16 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2311  hypothetical protein  38.81 
 
 		 595 aa  92.8  1e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000201823  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1013  hypothetical protein  33.97 
 
 		 393 aa  92.4  1e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0132535  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1176  hypothetical protein  28.14 
 
 		 302 aa  83.6  0.000000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.127226 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02910  HNH endonuclease  48.91 
 
 		 395 aa  81.3  0.00000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0468  hypothetical protein  34.34 
 
 		 103 aa  63.9  0.000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.745097  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5551  restriction endonuclease-like protein  47.67 
 
 		 251 aa  63.5  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.945122  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3223  hypothetical protein  27.66 
 
 		 498 aa  62.8  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4297  HNH endonuclease  28.96 
 
 		 237 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.202378  normal  0.883789 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4228  HNH endonuclease  38.96 
 
 		 242 aa  52  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0110599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3155  HNH endonuclease  30.43 
 
 		 330 aa  51.6  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000147515  unclonable  2.36676e-16 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2928  putative hexulose 6 phosphate synthase  29.73 
 
 		 400 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000179254 
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C04  hypothetical protein  30.25 
 
 		 345 aa  45.1  0.002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>