More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0310 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0310  ribosomal protein S18  100 
 
 		 82 aa  163  1.0000000000000001e-39  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0899357 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23240  30S ribosomal protein S18  86.96 
 
 		 79 aa  121  3e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26570  30S ribosomal protein S18  79.17 
 
 		 81 aa  121  3e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.265078 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1217  30S ribosomal protein S18  91.46 
 
 		 82 aa  120  6e-27  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.86687  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31760  30S ribosomal protein S18  75 
 
 		 78 aa  117  4.9999999999999996e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3889  30S ribosomal protein S18  81.16 
 
 		 79 aa  115  1.9999999999999998e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0224203 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2523  30S ribosomal protein S18  76.81 
 
 		 78 aa  115  1.9999999999999998e-25  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.799503  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4118  30S ribosomal protein S18  81.16 
 
 		 79 aa  115  1.9999999999999998e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4179  30S ribosomal protein S18  72.37 
 
 		 78 aa  114  3.9999999999999997e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4337  30S ribosomal protein S18  78.46 
 
 		 78 aa  113  1.0000000000000001e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3353  ribosomal protein S18  77.27 
 
 		 78 aa  112  2.0000000000000002e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.358999  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3698  ribosomal protein S18  78.46 
 
 		 78 aa  112  2.0000000000000002e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37790  SSU ribosomal protein S18P  74.24 
 
 		 78 aa  109  1.0000000000000001e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.122065  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0129  30S ribosomal protein S18  70.27 
 
 		 79 aa  107  7.000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0292915 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4554  30S ribosomal protein S18  75.36 
 
 		 93 aa  106  1e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0362577  normal  0.782649 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5066  30S ribosomal protein S18  75.36 
 
 		 79 aa  106  1e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.994208  hitchhiker  0.000134834 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4662  30S ribosomal protein S18  66.67 
 
 		 78 aa  94.7  4e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9355  30S ribosomal protein S18  59.21 
 
 		 78 aa  94.4  5e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.792157 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3559  30S ribosomal protein S18  63.77 
 
 		 78 aa  94.4  5e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.842484 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3093  30S ribosomal protein S18  69.49 
 
 		 78 aa  92.8  1e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0103903  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0604  ribosomal protein S18  61.04 
 
 		 77 aa  92.8  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0335  ribosomal protein S18  57.14 
 
 		 78 aa  91.3  4e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.793411 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4947  ribosomal protein S18  67.8 
 
 		 78 aa  91.3  4e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7310  30S ribosomal protein S18  62.32 
 
 		 78 aa  90.5  7e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.879868  normal  0.0299055 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5492  30S ribosomal protein S18  62.12 
 
 		 83 aa  89.7  1e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.115937  normal  0.0428851 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5066  ribosomal protein S18  67.8 
 
 		 78 aa  88.6  2e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.185041  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5744  30S ribosomal protein S18  55.56 
 
 		 84 aa  88.2  3e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.241708 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10054  30S ribosomal protein S18  56.79 
 
 		 84 aa  88.2  3e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000781394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5368  30S ribosomal protein S18  55.56 
 
 		 84 aa  88.2  3e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5457  30S ribosomal protein S18  55.56 
 
 		 84 aa  88.2  3e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.18106  normal  0.0124957 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4738  ribosomal protein S18  70.91 
 
 		 85 aa  87  7e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7041  30S ribosomal protein S18  70.91 
 
 		 79 aa  86.7  9e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2341  ribosomal protein S18  61.04 
 
 		 85 aa  86.3  1e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.252822  normal  0.159544 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1465  ribosomal protein S18  56.16 
 
 		 84 aa  86.3  1e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.159175  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2131  30S ribosomal protein S18  65.52 
 
 		 78 aa  86.7  1e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5367  ribosomal protein S18  70.91 
 
 		 78 aa  86.7  1e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4842  ribosomal protein S18  67.27 
 
 		 78 aa  84.7  4e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39410  SSU ribosomal protein S18P  69.09 
 
 		 82 aa  84.3  5e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.535788 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4520  30S ribosomal protein S18  56.52 
 
 		 78 aa  84.3  6e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.30336  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4167  ribosomal protein S18  56.94 
 
 		 85 aa  83.6  8e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6032  30S ribosomal protein S18  54.22 
 
 		 87 aa  83.2  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.449228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5912  ribosomal protein S18  56.25 
 
 		 108 aa  81.6  0.000000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0876  30S ribosomal protein S18  54.22 
 
 		 88 aa  81.6  0.000000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1309  ribosomal protein S18  64.91 
 
 		 63 aa  81.6  0.000000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27900  SSU ribosomal protein S18P  62.07 
 
 		 86 aa  80.1  0.000000000000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000408904  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0850  SSU ribosomal protein S18P  49.35 
 
 		 81 aa  79.7  0.00000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0043  ribosomal protein S18  52 
 
 		 135 aa  79  0.00000000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0024  ribosomal protein S18  68.63 
 
 		 86 aa  77.4  0.00000000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000175752  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11540  SSU ribosomal protein S18P  66.67 
 
 		 87 aa  76.6  0.0000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0244306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12092  30S ribosomal protein S18  63.64 
 
 		 88 aa  75.1  0.0000000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000379639  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3415  30S ribosomal protein S18  56.25 
 
 		 78 aa  74.7  0.0000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000533335  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3544  30S ribosomal protein S18  60.34 
 
 		 78 aa  74.7  0.0000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4012  30S ribosomal protein S18  56.25 
 
 		 77 aa  74.3  0.0000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.211645  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0021  ribosomal protein S18  64.71 
 
 		 90 aa  73.6  0.0000000000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00224831  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5660  30S ribosomal protein S18  56.25 
 
 		 77 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000002548  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5336  30S ribosomal protein S18  56.25 
 
 		 77 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000178788  hitchhiker  0.000000190479 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5623  30S ribosomal protein S18  56.25 
 
 		 77 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00085236  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5599  30S ribosomal protein S18  56.25 
 
 		 77 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00341857  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0485  ribosomal protein S18  49.33 
 
 		 75 aa  72.8  0.000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000213822  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5325  30S ribosomal protein S18  54.69 
 
 		 77 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0312656  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5153  30S ribosomal protein S18  54.69 
 
 		 77 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000135632  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5169  30S ribosomal protein S18  54.69 
 
 		 77 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00278275  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5265  30S ribosomal protein S18  54.69 
 
 		 77 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0224612  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5582  30S ribosomal protein S18  54.69 
 
 		 77 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.46232e-17 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5721  30S ribosomal protein S18  54.69 
 
 		 77 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000587708  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0046  30S ribosomal protein S18  53.97 
 
 		 80 aa  72  0.000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10131  30S ribosomal protein S18  53.73 
 
 		 73 aa  72  0.000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.249582  hitchhiker  0.00103726 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0340  30S ribosomal protein S18  53.73 
 
 		 73 aa  72  0.000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.042391  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14781  30S ribosomal protein S18  53.73 
 
 		 73 aa  71.6  0.000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.120716 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3294  ribosomal protein S18  63.46 
 
 		 79 aa  72  0.000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0415  30S ribosomal protein S18  52.38 
 
 		 80 aa  70.9  0.000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000675119  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0426  30S ribosomal protein S18  52.38 
 
 		 80 aa  70.9  0.000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000528471  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1712  30S ribosomal protein S18  51.52 
 
 		 79 aa  71.2  0.000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00000256542  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1726  30S ribosomal protein S18  51.52 
 
 		 79 aa  70.9  0.000000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.146764  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1123  30S ribosomal protein S18  53.85 
 
 		 71 aa  70.9  0.000000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.561974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0164  30S ribosomal protein S18  45.95 
 
 		 91 aa  70.9  0.000000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000186991  normal  0.608438 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2501  30S ribosomal protein S18  51.56 
 
 		 81 aa  70.9  0.000000000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.171733  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08951  30S ribosomal protein S18  52.11 
 
 		 73 aa  70.5  0.000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.519961  decreased coverage  0.000000161977 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl082  30S ribosomal protein S18  55.74 
 
 		 76 aa  69.7  0.00000000001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000103271  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1137  30S ribosomal protein S18  52.24 
 
 		 73 aa  69.7  0.00000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0842555  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1337  30S ribosomal protein S18  52.24 
 
 		 73 aa  69.7  0.00000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.156602 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0026  30S ribosomal protein S18  54.1 
 
 		 75 aa  70.1  0.00000000001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2511  30S ribosomal protein S18  53.12 
 
 		 92 aa  69.7  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.460729  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5173  30S ribosomal protein S18  52.31 
 
 		 71 aa  69.7  0.00000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0057  30S ribosomal protein S18  56.25 
 
 		 97 aa  69.7  0.00000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000101407  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1338  30S ribosomal protein S18  50 
 
 		 76 aa  69.3  0.00000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0621321  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6994  ribosomal protein S18  50.77 
 
 		 88 aa  68.9  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.139456 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1641  30S ribosomal protein S18  51.56 
 
 		 75 aa  68.9  0.00000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0283547  normal  0.0346788 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0075  30S ribosomal protein S18  54.69 
 
 		 96 aa  68.9  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000152962  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1031  30S ribosomal protein S18  50 
 
 		 76 aa  69.3  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1196  30S ribosomal protein S18  45.57 
 
 		 82 aa  68.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.215666  normal  0.0237747 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2392  30S ribosomal protein S18  59.26 
 
 		 88 aa  68.9  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000479009  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1053  30S ribosomal protein S18  45.57 
 
 		 82 aa  68.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.271077 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09911  30S ribosomal protein S18  52.24 
 
 		 73 aa  68.6  0.00000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0454  30S ribosomal protein S18  47.3 
 
 		 82 aa  68.6  0.00000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0234797  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0902  30S ribosomal protein S18  49.23 
 
 		 71 aa  68.2  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.568033 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0932  30S ribosomal protein S18  52.24 
 
 		 73 aa  68.6  0.00000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0943286  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1621  30S ribosomal protein S18  49.3 
 
 		 75 aa  68.6  0.00000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0249871  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1687  30S ribosomal protein S18  50.77 
 
 		 71 aa  68.6  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1669  30S ribosomal protein S18  50.77 
 
 		 71 aa  68.6  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>