91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_R0065 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_R0065    100 
 
 		 351 bp  696    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0064    99.39 
 
 		 330 bp  638    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00788989  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0027    90.62 
 
 		 351 bp  420  9.999999999999999e-116  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0027    85.47 
 
 		 351 bp  276  4.0000000000000004e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GstmRNA1  sRNA  91.18 
 
 		 356 bp  87.7  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0117994  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0026    90.77 
 
 		 356 bp  81.8  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.73285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0045    90.16 
 
 		 358 bp  73.8  0.00000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000107831  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0030    97.3 
 
 		 361 bp  65.9  0.000000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000540536  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0018    100 
 
 		 366 bp  63.9  0.00000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0019    100 
 
 		 373 bp  61.9  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.286054  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0014    100 
 
 		 384 bp  61.9  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.508496 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0045    100 
 
 		 374 bp  61.9  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.105672  normal  0.819759 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0003    97.14 
 
 		 358 bp  61.9  0.0000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.162726  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0016    100 
 
 		 383 bp  60  0.0000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.24704  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0066    100 
 
 		 370 bp  60  0.0000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.658787  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0806  hypothetical protein  100 
 
 		 1224 bp  60  0.0000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0046    100 
 
 		 370 bp  60  0.0000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.6957  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0038    96.97 
 
 		 360 bp  58  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.272329  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpptmRNA1    94.59 
 
 		 405 bp  58  0.000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0024    100 
 
 		 362 bp  58  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpltmRNA1    94.59 
 
 		 405 bp  58  0.000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0019    96.97 
 
 		 352 bp  58  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.103312 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0033    96.88 
 
 		 360 bp  56  0.000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.631712  hitchhiker  0.000000433603 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0005    96.88 
 
 		 425 bp  56  0.000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000193634  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0054    96.77 
 
 		 369 bp  54  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.413577  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2909    100 
 
 		 363 bp  54  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0323379 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0001    96.77 
 
 		 369 bp  54  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.972861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0032    96.77 
 
 		 369 bp  54  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0495012 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0032    96.77 
 
 		 369 bp  54  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0507829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0030    100 
 
 		 362 bp  54  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.462293  normal  0.749063 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2839    100 
 
 		 362 bp  54  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0056    94.29 
 
 		 359 bp  54  0.00003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0060    96.77 
 
 		 358 bp  54  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000359953  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2910    100 
 
 		 363 bp  54  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.93402 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2891    100 
 
 		 363 bp  54  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.171814 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4975    100 
 
 		 363 bp  54  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0450462  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2840    100 
 
 		 363 bp  54  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3023    100 
 
 		 363 bp  54  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0263643 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3862    100 
 
 		 363 bp  54  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.896825  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0025    100 
 
 		 362 bp  54  0.00003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tmRNA1  10Sa RNA  96.77 
 
 		 370 bp  54  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0026    100 
 
 		 362 bp  54  0.00003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0045    96.77 
 
 		 349 bp  54  0.00003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.858368  normal  0.0337314 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0958  10Sa RNA (tmRNA)  96.77 
 
 		 370 bp  54  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.455203  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2956  10Sa RNA (tmRNA)  96.77 
 
 		 370 bp  54  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0189  sRNA  96.77 
 
 		 370 bp  54  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2584  sRNA  96.77 
 
 		 370 bp  54  0.00003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0020    96.77 
 
 		 361 bp  54  0.00003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0016    96.77 
 
 		 370 bp  54  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3005  sRNA  96.77 
 
 		 370 bp  54  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0050  tmRNA  96.77 
 
 		 365 bp  54  0.00003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.720301 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0034    96.77 
 
 		 360 bp  54  0.00003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0241117  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0060    96.77 
 
 		 370 bp  54  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.147223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4764    100 
 
 		 363 bp  54  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000108878  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5057  10Sa RNA (tmRNA)  100 
 
 		 363 bp  54  0.00003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.434725  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1628  sRNA  96.77 
 
 		 370 bp  54  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0895.1    92.11 
 
 		 360 bp  52  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.285075  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0023    96.67 
 
 		 371 bp  52  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000931822  normal  0.479767 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0047    96.67 
 
 		 344 bp  52  0.0001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0057    96.67 
 
 		 356 bp  52  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0035    94.12 
 
 		 370 bp  52  0.0001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.451039  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0042    96.67 
 
 		 354 bp  52  0.0001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.396552  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0026    93.94 
 
 		 351 bp  50.1  0.0004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00225362  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0069    96.55 
 
 		 360 bp  50.1  0.0004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.217492 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20280    93.94 
 
 		 370 bp  50.1  0.0004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.901931  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0096    96.55 
 
 		 348 bp  50.1  0.0004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000600137  normal  0.594614 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0023    93.75 
 
 		 363 bp  48.1  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0014    93.75 
 
 		 370 bp  48.1  0.002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0007    93.75 
 
 		 360 bp  48.1  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.371342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0015  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.685184  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_MctmRNA1  sRNA  93.75 
 
 		 356 bp  48.1  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0072    88.64 
 
 		 380 bp  48.1  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0065    88.64 
 
 		 363 bp  48.1  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0027    93.75 
 
 		 378 bp  48.1  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0060    93.75 
 
 		 377 bp  48.1  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.709504 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0023    93.75 
 
 		 367 bp  48.1  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0039    93.75 
 
 		 358 bp  48.1  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000972065  hitchhiker  3.4201500000000003e-23 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0039    93.75 
 
 		 362 bp  48.1  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.174278  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0067    93.75 
 
 		 357 bp  48.1  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.162671  normal  0.0116195 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0014  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000379014  normal  0.408699 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0045    93.75 
 
 		 360 bp  48.1  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1411  AftmRNA  93.75 
 
 		 364 bp  48.1  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0008    93.75 
 
 		 357 bp  48.1  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.144827 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0043    91.43 
 
 		 350 bp  46.1  0.007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0014    100 
 
 		 356 bp  46.1  0.007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00683811  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0045    93.55 
 
 		 403 bp  46.1  0.007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000694892 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0008    93.55 
 
 		 340 bp  46.1  0.007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.390782  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0036    91.43 
 
 		 350 bp  46.1  0.007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0043    91.43 
 
 		 350 bp  46.1  0.007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01123    91.43 
 
 		 367 bp  46.1  0.007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0015    93.55 
 
 		 375 bp  46.1  0.007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.48116  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>