68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GstmRNA1 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GstmRNA1  sRNA  100 
 
 		 356 bp  706    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0117994  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0026    93.39 
 
 		 356 bp  375  1e-102  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.73285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0027    81.92 
 
 		 351 bp  163  4e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0065    91.18 
 
 		 351 bp  87.7  0.000000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0064    91.18 
 
 		 330 bp  87.7  0.000000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00788989  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0027    91.18 
 
 		 351 bp  87.7  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0045    88.71 
 
 		 358 bp  67.9  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000107831  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0047    100 
 
 		 344 bp  60  0.0000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0014    96.88 
 
 		 370 bp  56  0.000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0018    96.88 
 
 		 366 bp  56  0.000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0045    96.77 
 
 		 403 bp  54  0.00003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000694892 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4975    94.29 
 
 		 363 bp  54  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0450462  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4764    94.29 
 
 		 363 bp  54  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000108878  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2909    94.29 
 
 		 363 bp  54  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0323379 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2910    94.29 
 
 		 363 bp  54  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.93402 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2891    94.29 
 
 		 363 bp  54  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.171814 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5057  10Sa RNA (tmRNA)  94.29 
 
 		 363 bp  54  0.00003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.434725  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0045    96.77 
 
 		 374 bp  54  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.105672  normal  0.819759 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2840    94.29 
 
 		 363 bp  54  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3023    94.29 
 
 		 363 bp  54  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0263643 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3862    94.29 
 
 		 363 bp  54  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.896825  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0014    96.77 
 
 		 384 bp  54  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.508496 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0019    96.77 
 
 		 373 bp  54  0.00003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.286054  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2839    94.12 
 
 		 362 bp  52  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0065    94.12 
 
 		 363 bp  52  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0072    94.12 
 
 		 380 bp  52  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0024    96.67 
 
 		 362 bp  52  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0060    96.67 
 
 		 403 bp  52  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0066    96.67 
 
 		 370 bp  52  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.658787  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0030    94.12 
 
 		 362 bp  52  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.462293  normal  0.749063 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0026    94.12 
 
 		 362 bp  52  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0016    96.67 
 
 		 383 bp  52  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.24704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01123    94.12 
 
 		 367 bp  52  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0038    94.12 
 
 		 360 bp  52  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.272329  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0806  hypothetical protein  96.67 
 
 		 1224 bp  52  0.0001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0046    96.67 
 
 		 370 bp  52  0.0001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.6957  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0030    94.12 
 
 		 361 bp  52  0.0001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000540536  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0006    86.15 
 
 		 348 bp  50.1  0.0004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0038    93.94 
 
 		 359 bp  50.1  0.0004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00765135 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0019    93.94 
 
 		 352 bp  50.1  0.0004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.103312 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0025    96.55 
 
 		 362 bp  50.1  0.0004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0036    93.94 
 
 		 359 bp  50.1  0.0004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.777782  normal  0.19234 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0005    96.55 
 
 		 356 bp  50.1  0.0004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1628  sRNA  93.75 
 
 		 370 bp  48.1  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0060    93.75 
 
 		 370 bp  48.1  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.147223  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0035    91.67 
 
 		 370 bp  48.1  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.451039  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0020    93.75 
 
 		 361 bp  48.1  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0016    93.75 
 
 		 370 bp  48.1  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0005    93.75 
 
 		 425 bp  48.1  0.002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000193634  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0063    93.75 
 
 		 351 bp  48.1  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000276637  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3005  sRNA  93.75 
 
 		 370 bp  48.1  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2584  sRNA  93.75 
 
 		 370 bp  48.1  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0958  10Sa RNA (tmRNA)  93.75 
 
 		 370 bp  48.1  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.455203  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2956  10Sa RNA (tmRNA)  93.75 
 
 		 370 bp  48.1  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0189  sRNA  93.75 
 
 		 370 bp  48.1  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0003    93.75 
 
 		 358 bp  48.1  0.002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.162726  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0033    93.75 
 
 		 360 bp  48.1  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.631712  hitchhiker  0.000000433603 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tmRNA1  10Sa RNA  93.75 
 
 		 370 bp  48.1  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0034    93.55 
 
 		 360 bp  46.1  0.007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0241117  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpltmRNA1    93.55 
 
 		 405 bp  46.1  0.007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpptmRNA1    93.55 
 
 		 405 bp  46.1  0.007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0045    93.55 
 
 		 349 bp  46.1  0.007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.858368  normal  0.0337314 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0050  tmRNA  93.55 
 
 		 365 bp  46.1  0.007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.720301 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0001    93.55 
 
 		 369 bp  46.1  0.007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.972861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0032    93.55 
 
 		 369 bp  46.1  0.007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0495012 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0032    93.55 
 
 		 369 bp  46.1  0.007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0507829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0054    93.55 
 
 		 369 bp  46.1  0.007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.413577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0060    93.55 
 
 		 358 bp  46.1  0.007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000359953  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>